2015 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムから１遺伝子まで網羅的ＤＮＡ配列情報を使った分子系統解析法の確立
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24370033
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
戸田 正憲 北海道大学, 総合博物館, 資料部研究員 (40113592)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
和多田 正義 愛媛大学, 理工学研究科, 教授 (00210881)
田村 浩一郎 首都大学東京, 理工学研究科, 教授 (00254144)
加藤 徹 北海道大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (80374198)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 系統 / ショウジョウバエ科 / トランスクリプトーム / 100遺伝子 / 網羅的分子系統樹 / PCRプライマー / 国際情報交換 / 中国：英国 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
（1）2014年度に行ったDrosophila immigrans種群の単系統性の解析と，Drosophila亜属内quinaria sectionの代表的種群間の系統解析で用いた大規模遺伝子配列データを統合し，新たにSiphlodora亜属の3種D. lacertosa，D. moriwakii，D. polychaeta，およびD. histrio，Lordiphosa collinera，Dichaetophora tenuicaudaの合計6種についてもRNA-Seqによるトランスクリプトーム解析を行い，それらの配列データも加えたデータセットを作成し，分子系統解析を行った．その結果，D. immigrans種群は分類学上多系統群を形成することや，quinaria sectionの新大陸産ショウジョウバエ (D. tripunctata，D. guarani，D. cardini )が単系統群になることをより信頼性高く明らかにすることができた．
（2）Sophophora亜属とその関連分類群の55種について53遺伝子座の塩基配列を用いて信頼性の高い分子系統樹を作成した．その結果に基づいて，この亜属の中に3種群の新設と，D. melanogaster種群内に2種亜群の新設と1種亜群の統合を提唱した．
（3）キノコ食ショウジョウバエ96種を対象に，本研究課題で新規開発した27遺伝子のプライマーを用いて塩基配列の増幅を試み，うち最も多くの種で増幅が確認されたErp60，Pdiおよびburの3遺伝子を中心に塩基配列を決定した．そして，これらの塩基配列と前年度までに決定した塩基配列を合わせて分子系統樹を構築し，分岐年代推定と食性の祖先形質推定を行った．その結果，キノコ食のショウジョウバエは，Drosophila 亜属からなる系統と、それ以外の属・亜属からなる系統の2つに大別されること，またキノコ食形質は複数の系統で少なくとも2度独立に獲得されたであろうことが明らかとなった．
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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