2012 Fiscal Year Annual Research Report
ヒメミカヅキモの性染色体領域解析による生殖様式進化の解明
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24370038
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Research Institution | Japan Women's University |
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Principal Investigator |
関本 弘之 日本女子大学, 理学部, 教授 (20281652)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | ミカヅキモ / 性フェロモン / 性染色体 / 性決定 / ゲノム |
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| Research Abstract |
卑細胞シャジクモ藻類ヒメミカヅキモには、生殖隔離した系統、自殖する系統があり、生殖様式の進化、種分化の実体を捉える上で、非常に適した研究材料である。これまで有性生殖期に関連した多くの遺伝子群がクローニングされているが、これらを統御する接合型特異的なゲノム領域、性決定遺伝子の実体は不明であった。我々は、次世代シーケンサー(IlluminaHiSeq2000)を用いて、+型、=型両性のゲノム解析を進めており、今年度はさらに180bpのpaired-end libraryの配列決定などを進め、allpaths-1gを用いたアセンブルを、様々な条件のもとで行った。
1kb以上のcontigに注目したところ、現時点で+型のN50は、contig長で5.5kb,scaffolds長で70kb,total contig長で198Mb、total scaffold長で246Mbとなり、一型のN50は、contig長で6.3kb,scaffolds長で57kb,total contig長で211Mb、total scaffold長で248Mbとなった。両ゲノムを比較した結果、多くは塩基レベルでの差が見られなかったが、いくつかの遺伝子については、顕著に多型が検出された。
また、+型細胞および一型細胞のBACライブラリーが作製され、最終的に平均84-107kb以上のインサートを含む、15 x coverage相当の複数のグリセロールストックが得られた。
また生活環の各ステージからRNAを調製し、transcriptome解析を進めた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
概要ゲノム解析は予定通り進んでいる。transcriptomeについては、サンプル調製がやや遅れたため、顔在までに解析結果を得ていない。しかしながら、今年度前半には、結果を得られる予定であるため、大きな遅滞てはない。
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| Strategy for Future Research Activity |
PacBIORSによるゲノム解析を加える。すべてのゲノム情報をアセンブルした結果を比較し、接合型特異的なcontigを検索する。またtranscriptome解析結果をもとに、それぞれの接合型特異的に発現する遺伝子を検出する。
100%片方の接合型細胞のみで発現している遺伝子群について、子孫の分離集団において、接合型と連鎖しているかどうかをPCR解析によって確認する。性染色体候補領域について、対応するBACクローンをPCRベースでスクリーニングする。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
今年度は、ゲノム解析にPacBIORSによる解析を加える予定であり、その配列決定費用に充当する予定である。定量PCRによる解析、BACクローンのスクリーニングなどに使用する遺伝子工学的試薬の購入を予定している。
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[Journal Article] The evolution of Male-Female sexual dimorphism predates the gender-based divergence of mating locus gene Mat3/RB2013
Author(s)
Hiraide, R., Kawai-Toyooka, H., Hamaji, T., Matsuzaki, R., Kawafune, K., Abe, J., Sekimoto, H., Umen, J, Nozaki. H.
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Journal Title
Mol. Biol. Evol.
Volume: 30(Epub 2013 Jan 30.)
Pages: 1038-1040
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Intercellular communication in sexual reproduction of a unicellular charaphycean alga, Closterium peracerosum-strigosum-littorale comple2012
Author(s)
Sekimoto, H., Hirano, N., Marukawa, Y., Tsuchikane, Y., Abe, J.
Organizer
International Symposium on the Mechanisms of Sexual Reproduction in Animals and Plants
Place of Presentation
名古屋ガーデンパレス(名古屋市)(招待講演)
Year and Date
2012-11-16
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[Presentation] A novel receptor-like protein kinase, CpRLKl, involved in the sexual rep roduction of a unicellular charophycean alga, Closteriurm peracerosum-strigosum-littorale complex2012
Author(s)
Hirano, N., Marukawa, Y., Hashiba, S., Tsuchikane, Y., Abe, J., Sekimoto, H.
Organizer
International Symposium on the Mechanisms of Sexual Reproduction in Animals and Plants
Place of Presentation
名古屋ガーデンパレス(名古屋市)
Year and Date
2012-11-14
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