2013 Fiscal Year Annual Research Report
シャジクモ概要ゲノムの解読と遺伝学的地図の同時構築による陸上植物進化の解明
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24370095
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
西山 智明 金沢大学, 学際科学実験センター, 助教 (50390688)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
坂山 英俊 神戸大学, 理学(系)研究科(研究院), 講師 (60391108)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | ゲノム / アセンブリー / 多型 |
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| Research Abstract |
本研究では、陸上植物に近縁なシャジクモ藻類のシャジクモの概要ゲノム配列を次世代シーケンサーを用いて安価に決定するとともに、遺伝学的地図を作成して、染色体レベルのスーパースキャッフォルドを作成する事を目指している。
平成２５年度は、シャジクモ標準株の概要ゲノム配列を進めた。
インサート長が220 bpのペアエンドライブラリー１つと様々なインサート長のメイトペアライブラリー１２個のデータをアセンブルし、全長2.1 Gb, Scaffold N50 2.2 Mb, Contig N50 8.7 kbのアセンブリーを得た。RNA-seqのデータを利用して遺伝子構造を調べると、100 kbを越えるような大きな遺伝子が数多くあり、遺伝子中にGapある場合が多い事がわかった。さらに別株S277のペアエンドライブラリーのシーケンシングを行い、共通にはタグが検出されない、バクテリアなどのコンタミと疑われる配列250 Mbを識別した。
また、このS277の配列を利用して標準株とS277を区別できるPCR-RFLPマーカーを開発した。S277株と標準株を同じ容器で培養して得られた子孫を育てており、このマーカーを利用する事で、交配による子孫であるかどうかを容易に判定できるようになった。
平成２６年度以降交配による子孫のシーケンシングをすることによって遺伝学的地図を作成するとともに残されているGapを減らす方法について検討し、遺伝子のアノテーションと、他生物とのゲノム比較を行う。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
初年度に、高純度高分子のDNAを抽出するのに予想外に苦労した分の遅れがあるが、DNAアセンブリー自体はうまく行っていると言って良いと判断している。
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| Strategy for Future Research Activity |
交配による子孫が得られる効率が、まだわかっていないがなるべく早急に交配による子孫の同定に努める。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
当初予定では、交配による子孫株の大量シーケンスを25年度中に実施する事を目指していたが、遅れのため、26年度に実施する事になったため。
26年度に子孫株のシーケンスを実施する
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[Journal Article] Molecular and biochemical analysis of the first ARA6 homologue, a RAB5 GTPase, from green algae2013
Author(s)
Marion C. Hoepflinger, Anja Geretschlaeger, Aniela Sommer, Margit Hoeftberger, Tomoaki Nishiyama, Hidetoshi Sakayama, Peter Hammerl, Raimund Tenhaken, Takashi Ueda and Ilse Foissner
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Journal Title
Journal of Experimental Botany
Volume: 64
Pages: 5553-5568
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] シャジクモのゲノム解読2014
Author(s)
西山 智明, 豊田 敦, 鈴木 穣, 藤山 秋佐夫, 坂山 英俊
Organizer
日本植物分類学会第13回大会
Place of Presentation
熊本（熊本大学）
Year and Date
20140320-20140323
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