2014 Fiscal Year Annual Research Report
シャジクモ概要ゲノムの解読と遺伝学的地図の同時構築による陸上植物進化の解明
| Project/Area Number |
24370095
|
|---|
| Research Institution | Kanazawa University |
|---|
Principal Investigator |
西山 智明 金沢大学, 学際科学実験センター, 助教 (50390688)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
坂山 英俊 神戸大学, 理学研究科, 講師 (60391108)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2016-03-31
|
| Keywords | シャジクモ / ゲノムアセンブリー / アノテーション / PCR-RFLP |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
前年度までに収集したデータについてゲノムアセンブリーを行い、スキャッフォールドN50が2Mbを越えるアセンブリーを得た。この中には、培養に共存していたバクテリアの配列が含まれていたが、別株S277の配列をマッピングしてマッピング頻度が100分の1未満の配列をバクテリアの配列とみなし、シャジクモ由来と考えられる配列として、11808スキャッフォルド(N50 2.26 Mb)計1.75 Gbの配列を得た。
この配列について種特異的な反復配列データベースの作成と網羅的な同定を行い、学習よう正解データをcufflinks transcriptにもとづいて作成した上で、種特異的パラメータをトレーニングしたAugustusを用い、RNA-seqのデータ、ヒメツリガネゴケ及びシロイヌナズナ遺伝子のアミノ酸配列等を用いて遺伝子構造のアノテーションを進め計35,883遺伝子座、36,877転写産物を推定した。このなかに真核生物で非常に良く保存されている248遺伝子の存在を調べると、87.50%がほぼ全長を有し、91.94%が少なくとも一部を検出できる状態に至っていることが確認された。
また、湖沼型株S277との多型を区別するPCR-RFLPマーカーを設計してS276株とS277株の子孫の遺伝子型判定を行うことにより、S277株を母とする接合子の半数程度が交配に由来する株として得られることが分かった。これまでに53株の交配株を得ており、数を増やした上で、ランダムシーケンシングを行うことで染色体スケールのスーパースキャッフォルドを構成することができると期待される。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
初年度に高品質のDNA抽出法が得られず苦労した分の遅れが一部残っており、交配子孫株のシーケンシングに至っていない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
交配子孫株の取得確認がやや遅れていたものの、既に53株の交配由来株を確認しており、27年度内にシーケンシングすることにより当初の目的を十分達成出来ると期待される。
|
| Causes of Carryover |
交配子孫株の単離・同定が遅れ、シーケンシングにいたらなかったため未使用額が生じた。
|
| Expenditure Plan for Carryover Budget |
株の単離は、遅れつつも進行しており、既に５３株を取得しているので、このゲノムライブラリーを調整し、シーケンシングを行い、scaffoldを遺伝学的地図に整列する。
|
Research Products
(5 results)
-
-
[Presentation] The Chara braunii Genome2015
Author(s)
Tomoaki Nishiyama, Atsushi Toyoda, Yutaka Suzuki, Asao Fujiyama, Stefan A. Rensing, Hidetoshi Sakayama
Organizer
International Symposium on Genome Science 2015, “Expanding Frontiers of Genome Science”
Place of Presentation
一橋講堂，東京都千代田区
Year and Date
2015-01-20 – 2015-01-21
-
-
[Presentation] The Chara braunii Genome2015
Author(s)
Tomoaki Nishiyama, Atsushi Toyoda, Yutaka Suzuki, Asao Fujiyama, Stefan A. Rensing, Hidetoshi Sakayama
Organizer
Plant & Animal Genomes XXIII
Place of Presentation
Town&Country Hotel, 米国サンディエゴ
Year and Date
2015-01-10 – 2015-01-10
Invited
-
