2015 Fiscal Year Annual Research Report
シャジクモ概要ゲノムの解読と遺伝学的地図の同時構築による陸上植物進化の解明
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24370095
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
西山 智明 金沢大学, 学際科学実験センター, 助教 (50390688)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
坂山 英俊 神戸大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (60391108)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 遺伝学的地図 / ゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、シャジクモの染色体スケールのゲノムを新規に得ることを目的とし、前年度までに、Illuminaシーケンシングによって概要ゲノムを得ている。
S276株とS277株の交配によって得られた子孫では、S276株由来の染色体領域とS277株由来の染色体領域を持つことで確認することができる。シャジクモのS276株とSS277株に由来する染色体領域を、一塩基多型に基づくPCR-RFLP法に基づいて同定する方法を、同時に複数の目標領域を増幅するマルチプレックスPCRにより効率化した。こうして、S276株とS277株の交配による株を約100系統得た。このうち24系統について、Illuminaシーケンシングライブラリーを作成し、HiSEQ2500でマルチプレックスランで１レーン解読し、ゲノム上の多型を検出することができることを確認した。今後、さらに解読系統数を増やし解読し、多型の相関を解析することで配列と遺伝学的連鎖を結びつけ、染色体スケールのゲノム配列を完成される。
造精器、生卵器ひとつずつからRNAを得てcDNAを増幅してライブラリーを作成し、Illuminaで配列決定することにより、それぞれの組織特異的な遺伝子発現を調べることができるようになった。
こうした、RNAの情報を合わせてアノテーションを完成させ、陸上植物との比較を進めることで、ストレプトファイツ類の進化を解明する基盤ができる。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(5 results)
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[Presentation] Evolutional analysis of phosphate transport mechanism in plant cells2016
Author(s)
Hitomi Fujiwara, Miwa Ohnishi, Hidetoshi Sakayama, Kimitsune Ishizaki, Koichi Toyokura, Tatsuaki Goh, Hiroyuki Sekimoto, Tomoaki Nishiyama, Hisato Ikegaya, Satamoi Kanno, Atsushi Nagano, Keiko Kosuge, Hidehiro Fukaki, Tetsuro Mimura
Organizer
第５７回日本植物生理学会年会
Place of Presentation
盛岡
Year and Date
2016-03-18 – 2016-03-20
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