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2013 Fiscal Year Annual Research Report

酵素による難分解性ポリマーの分解・除去・加工技術の開発

Research Project

Project/Area Number 24380055
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

金谷 茂則  大阪大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (30273585)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Keywordsサチライシン / セリンプロテアーゼ / 超好熱菌 / プリオン分解 / クチナーゼ / 速度論的安定性 / ジスルフィド結合 / 菌体外漏出
Research Abstract

(1)分子設計法によるLC-cutinaseの高活性化と安定化:基質結合部位のTyr95をPheに置換することによりLC-cutinaseを安定化することに成功した。LC-cutinaseは平衡論的にも速度論的にも極めて安定であることを明らかにした。また、LC-cutinaseのC末端領域に存在するジスルフィド結合(Cys275-Cys292)は平衡論的にも速度論的にもLC-cutinaseの安定性に寄与することを明らかにした。さらに、PEGや長鎖の基質が結合すると活性部位が安定化するため、LC-cutinaseの活性の至適温度が向上することを明らかにした。
(2)LC-cutinaseの大腸菌菌体外漏出機構の解析:昨年度に引き続き、N末端領域の欠失変異体を各種構築し、菌体外漏出を解析した。その結果、13番目から23番目あるいは23番目から33番目のどちらの領域を欠失させてもほとんど漏出しなくなることを明らかにした。この結果、LC-cutinaseの特定の領域が漏出に必要なわけではなく、全体の構造が漏出に必要であることが示唆された。
(3)Tk-subtilisinとTk-SPの高機能化と大量生産: Tk-SPの活性中心変異体を用いることにより、EDTA処理しても安定性の低下しない変異体の構築に成功した。また、Pro-Tk-subtilisin変異体を低温で成熟化することにより、従来より約10倍の濃度でTk-subtilisinを成熟化することに成功した。さらに、Tk-subtilisinのプロペプチド(Tkpro)と共発現することにより、Pro-Tk-SPの生産量を約20倍向上させることに成功した。
(4)Tk-subtilisinとTk-SPによる異常プリオン分解:プリオン病に感染したマウスの脳からとりだした異常プリオンタンパク質をTk-subtilisinで分解した後、正常マウスの脳に注入し、プリオン病の発症を観察することにより、分解産物の感染性を解析した。その結果、Tk-SPで分解する方法は熱処理、SDS処理などの従来法より感染性除去効果が高いことを明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

目標としていた、1)LC-cutinaseの高活性化、2)LC-cutinaseの安定化、3)LC-cutinaseの大腸菌菌体外漏出機構の解明、4)Tk-subtilisinとTk-SPの高機能化、5)Tk-subtilisinとTk-SPの大量生産、6)Tk-subtilisinとTk-SPによる異常プリオン分解機構の解明、のうち、2)、3)、5)についてはほぼ完全に目的を達成したため。また、1)、4)、6)についても、来年度中に目的を達成できる目途がついたため。

Strategy for Future Research Activity

LC-cutinaseの漏出シグナルの同定に関する研究は今年度で終了する。LC-cutinaseの高活性化と安定化、Tk-subtilisinの高機能化、Tk-SPのキレート剤に対する安定化と高活性化、Tk-subtilisinやTk-SPによる異常プリオンタンパク質分解機構の解析に関する研究は今後も引き続き取り組む。また、新たに、メタゲノム法により単離した新規セルラーゼの構造と機能の研究に取り組む。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

本研究課題は3年の予定で実施しており、今年度はその2年目となる。本研究はここまでおおむね順調に進展しているが、当初の研究目標を達成するためには、次年度(最終年度)の予算がやや不足することが心配される。なぜなら、最終年度の予算は1、2年目よりかなり少ないからである。そこで、この不足分を少しでも補うために、今年度の予算のうち約19万円を次年度に繰り越すこととした。なお、繰り越し額はそれほど多くないので(今年度の直接経費の約4%)、今年度の研究の進展に対する影響はない。
次年度に繰り越した基金助成金約19万円は物品費や旅費に充当する。

  • Research Products

    (21 results)

All 2014 2013

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (11 results)

  • [Journal Article] Structural and mechanistic insights into the kynurenine aminotransferase-mediated excretion of kynurenic acid.2014

    • Author(s)
      Okada, K., Angkawidjaja, C., Koga, Y., and Kanaya, S.
    • Journal Title

      J. Struct. Biol.

      Volume: 185 Pages: 257-266

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2014.01.009

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Proteolysis of abnormal prion protein with a thermostable protease from Thermococcus kodakarensis KOD1.2014

    • Author(s)
      Koga, Y., Sakudo, A., Aranishi, M., Tanaka, S., Hirata, A., Takano, K., Ikuta, K., and Kanaya, S.
    • Journal Title

      Appl. Microbiol. Biotechnol.

      Volume: 98 Pages: 2113-2120

    • DOI

      10.1007/s00253-013-5091-7

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure and thermodynamic and kinetic stability of metagenome-derived LC-cutinase.2014

    • Author(s)
      Sulaiman, S., You, D.-J., Kanaya, E., Koga, Y., and Kanaya, S.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 53 Pages: 1858-1869

    • DOI

      10.1021/bi401561p

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Investigating the structural dependence of protein stabilization by amino acid substitution.2013

    • Author(s)
      Tadokoro, T., Kazama, H., Koga, Y., Takano, K., and Kanaya, S.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 52 Pages: 2839-2847

    • DOI

      10.1021/bi400076f

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of metagenome-derived LC9-RNase H1 with atypical DEDN active site motif.2013

    • Author(s)
      Nguyen, T.-N., You, D.-J., Kanaya, E., Koga, Y., and Kanaya, S.
    • Journal Title

      FEBS Lett.

      Volume: 587 Pages: 1418-1423

    • DOI

      10.1016/j.febslet

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of metagenome-derived LC11-RNase H1 in complex with RNA/DNA hybrid.2013

    • Author(s)
      Nguyen, T.-N., You, D.-J., Matsumoto, H., Kanaya, E., Koga, Y., and Kanaya, S.
    • Journal Title

      J. Struct. Biol.

      Volume: 182 Pages: 144-154

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2013.02.018

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolvability of thermophilic proteins from archaea and bacteria2013

    • Author(s)
      Takano, K., Aoi, A., Koga, Y., and Kanaya, S.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 52 Pages: 4774-4780

    • DOI

      10.1021/bi400652c

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of N-terminal extension of Bacillus stearothermophilus RNase H2 and C-terminal extension of Thermotoga maritima RNase H2.2013

    • Author(s)
      Permanasari, E.-D., Angkawidjaja, C., Koga, Y., and Kanaya, S.
    • Journal Title

      FEBS J.

      Volume: 280 Pages: 5065-5079

    • DOI

      10.1111/febs.12479

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Increase in activation rate of Pro-Tk-subtilisin by a single nonpolar-to-polar amino acid substitution at the hydrophobic core of the propeptide domain.2013

    • Author(s)
      Yuzaki, K., Sanda, Y., You, D.-J., Uehara, R., Koga, Y., and Kanaya, S.
    • Journal Title

      Protein Sci.

      Volume: 22 Pages: 1711-1721

    • DOI

      10.1002/pro.2371

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Formation of the high-affinity calcium binding site in Pro-subtilisin E with the insertion sequence IS1 of Pro-Tk-subtilisin.2013

    • Author(s)
      Uehara, R., Angkawidjaja, C., Koga, Y., and Kanaya, S.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 52 Pages: 9080-9088

    • DOI

      10.1021/bi401342k

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 超好熱菌由来セリンプロテアーゼTk-SPの安定性:活性部位の水素結合の重要性2013

    • Author(s)
      阿部一勝、古賀雄一、金谷茂則
    • Organizer
      第36回日本分子生物会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場、神戸
    • Year and Date
      20131203-20131206
  • [Presentation] Ca2+結合部位の変異による超好熱菌由来セリンプロテアーゼTk-SPの安定化2013

    • Author(s)
      三浦明子、洪 遜、阿部一勝、Tita Foophow、古賀雄一、金谷茂則
    • Organizer
      第36回日本分子生物会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場、神戸
    • Year and Date
      20131203-20131206
  • [Presentation] Role of disulfide bond in stability and activity of metagenome-derived LC-cutinase with PET degrading activity2013

    • Author(s)
      Sintawee Sulaiman, Dong Ju You, Eiko Kanaya, Yuichi Koga, and Shigenori Kanaya
    • Organizer
      第36回日本分子生物会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場、神戸
    • Year and Date
      20131203-20131206
  • [Presentation] メタゲノム法により枝葉コンポストから単離した新規セルラーゼの構造機能解析2013

    • Author(s)
      Hiroyuki Okano, Eiko Kanaya, Masashi Ozaki, Clement Angkawidjaja, Yuichi Koga, Shigenori Kanaya
    • Organizer
      第36回日本分子生物会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場、神戸
    • Year and Date
      20131203-20131206
  • [Presentation] 超好熱古細菌由来Tk-subtilisin の高効率成熟化法の開発2013

    • Author(s)
      勇崎孝太、上原了、古賀雄一、金谷茂則
    • Organizer
      第36回日本分子生物会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場、神戸
    • Year and Date
      20131203-20131206
  • [Presentation] 基質結合部位への変異導入によるLC-cutinaseの機能改変2013

    • Author(s)
      森数渉、Sintawee Sulaiman、金谷栄子、古賀雄一、金谷茂則
    • Organizer
      第36回日本分子生物会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場、神戸
    • Year and Date
      20131203-20131206
  • [Presentation] Thermal adaptation of Tk-subtilisin from a hyperthermophilic archaeon2013

    • Author(s)
      Ryo Uehara, Yuichi Koga, Shigenori Kanaya
    • Organizer
      SeleCa Symposium
    • Place of Presentation
      アーヘン、ドイツ
    • Year and Date
      20131202-20131203
  • [Presentation] Evolvability of thermophilic proteins from archaea and bacteria2013

    • Author(s)
      Kazufumi Takano, Atsushi Aoi, Yuichi Koga, Shigenori Kanaya
    • Organizer
      Thermophiles 2013
    • Place of Presentation
      レゲンスブルグ、ドイツ
    • Year and Date
      20130908-20130913
  • [Presentation] Characterization of novel metagenome-derived esterase and cutinase from leaf- branch compost2013

    • Author(s)
      Hiroyuki Okano, Sintawee Sulaiman, Eiko kanaya, Dong-Ju You, Yuichi Koga, and Shigenori Kanaya
    • Organizer
      5th Congress of the European Microbiologists (FEMS 2013)
    • Place of Presentation
      ライプチヒ、ドイツ
    • Year and Date
      20130721-20130725
  • [Presentation] Isolation of novel cellulolytic enzymes from leaf-branch compost by a metagenomic approach2013

    • Author(s)
      Masashi Ozaki, Eiko kanaya, Hiroyuki Okano, Yuichi Koga, and Shigenori Kanaya
    • Organizer
      5th Congress of the European Microbiologists (FEMS 2013)
    • Place of Presentation
      ライプチヒ、ドイツ
    • Year and Date
      20130721-20130725
  • [Presentation] アミノ酸変異によるタンパク質安定化の部位依存性の評価2013

    • Author(s)
      田所高志、風間洋隆、古賀雄一、高野和文、金谷茂則
    • Organizer
      第13回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      とりぎん文化会館、鳥取
    • Year and Date
      20130612-20130614

URL: 

Published: 2015-05-28  

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