2012 Fiscal Year Annual Research Report
我が国の代表的な薬用植物のディープ・トランスクリプトームとメタボロームの統合解析
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24390030
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Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Research Institution | Chiba University |
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Principal Investigator |
齊藤 和季 千葉大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (00146705)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山崎 真巳 千葉大学, 大学院・薬学研究院, 准教授 (70222370)
吉本 尚子 千葉大学, 大学院・薬学研究院, 助教 (10415333)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 薬用資源 / トランスクリプトーム / メタボローム / 二次代謝産物 |
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| Research Abstract |
次世代DNAシークエンサーやメタボロミクス解析の技術進展により、統合オミクスを駆使した植物ゲノム機能科学が注目されている。特に、薬用植物、農作物、工業原料植物など植物の有用性を決めているのは、植物に特徴的な代謝産物であり、植物の有する化学的多様性のゲノム基盤解明とその応用は、人口の爆発的増加とそれに伴う感染症の拡大、食料不足、地球温暖化など地球規模での喫緊の諸問題解決のために極めて重要なテーマである。植物代謝産物の総数は20万～100万種に達すると言われ、その植物化学的多様性のゲノム基盤解明と応用(ファンクショナルファイトケミカルゲノミクス)は、植物遺伝子資源の有効利用にとって重要かつ急務である。
そこで本研究では、日本で生育する代表的な薬用植物のディープ・トランスクリプトーム解析を次世代DNAシークエンサーを用いて行い、薬用二次代謝産物と可能ならばその生合成中間体に関する代謝産物データを取得する。このトランスクリプトームとメタボロームの統合解析によって、これらの重要な薬用植物の化学的多様性を決めている鍵遺伝子と遺伝子-代謝産物の関係を推定する。本年度は、日本で生育可能な代表的な薬用植物について数種のそれぞれの薬用成分を含む部位からRNAを調整し、ディープ・トランスクリプトーム(RNASeq)データ取得を行った。配列データ取得はイルミナ社のHiSeqシステムを用いて、断片化したcDNAクローンを両端から配列を解読した。その後、得られた断片化ディープ・トランスクリプトームデータのうち生薬「苦参」の基原植物であるクララ(Sophora flavescens)のトランスクリプトームデータについて複数の手法を用いてアセンブルを行った。アセンブルしたデータについて、さらに機能アノテーション、発現、遺伝子オントロジー、KEGGマップへの投影などの解析を行っている.
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
数種の代表的な薬用植物からRNAを調整し、ディープ・トランスクリプトーム(RNASeq)データ取得を行った。そのうち1種についてさらにアセンブル解析とその後の解析が進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
特に変更はせずに計画通り進める。
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