2012 Fiscal Year Annual Research Report
悪性脳腫瘍のヒエラルキーと可塑性の解析に基づくエピゲノム創薬
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24390341
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
夏目 敦至 名古屋大学, 医学系研究科, 准教授 (30362255)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
若林 俊彦 名古屋大学, 医学系研究科, 教授 (50220835)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 脳腫瘍 / エピジェネティクス / ポリコーム / 次世代シークエンス |
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| Research Abstract |
ユエピジェネティクスプロファイリングによるバイオマーカーの開発
悪性脳腫瘍の分化制御に関わるエピジェネティクス機構の解明を行う際に、次世代シークエンサーを用いて、脳腫瘍の発生から悪性化に関わる遺伝子変化の解析を行った。
MDAMマウスモデルで、腫瘍発生から腫瘍軽々までのエピゲノム・ゲノム異常を解析
散発的なp53,NF1遺伝子欠損をもつGFP陽性細胞から悪性神経膠芽腫を自然発生するMADMマウスモデルを確立している。今回共同研究として正常細胞、腫瘍細胞に加えて腫瘍化する前の段階の細胞、すなわち将来的に腫瘍化する細胞においてエピジェネティクス異常の解析を行った。正常細胞と、腫瘍(生後150日}と生後8日、60日のGFP陽性細胞にクロマチン免疫沈降法(ChlP)を用いてピストンH3K4me3, H3K27me3の、発現の解析としてRNA polymerasell (pol ll)の結合部位をマイクロアレイにて解析する。またMIRA法とマイクロアレイを用いて網羅的なDNAのメチル化部位の同定を行った。予備実験では、生後150日目(P150)のMDAM脳腫瘍ではポリコームタンパク群(K27me3)によって制御されるだけでなく、H3K4メチル化によって制御される遺伝子群も多くあり、正常脳の発達の時間的変化も同時に検討しなくてはいけないことがわかった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
解析に用いるinternalindexという手法に問題があることがわかり、やり直さないと220検体のラージスケールの変異の確定とアレル頻度がぬけてしまったためそこの部分をやり直している。
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| Strategy for Future Research Activity |
多数例の解析データ:IDH1 219検体のやり直しが必要であり、予後データの収集を行う。
目指すところは、各変異・コピー数以上のアレル頻度の同定をし、それぞれの変異がどの順番で入っていくのかというところと臨床経過に及ぼす影響を検討する
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
コピー数補正に使用する。それが終了すればクラスター解析(もしくはpycloneという手法)を行う費用に充当する。
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[Journal Article] Immunohistochemical analysis-based proteomic subclassification of newly diagnosed glioblastomas.2012
Author(s)
Motomura K, Natsume A, Watanabe R, Ito l, Kato Y, Momota H, Nishikawa R, Mishima K, Nakasu Y; Abe I, Namba H, Nakazato Y, Tashiro H, Takeuchi I, Mori T, Wakabayashi T.
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Journal Title
Cancer Sci.
Volume: 103
Pages: 1871-9
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Girdin maintains the sternness of glioblastoma stem cells.2012
Author(s)
Natsume A, Kato T, Kinjo S, Enomoto A, Toda H, Shimato S, Ohka F, Motomura K, Kondo Y, Miyata T, Takahashi M, Wakabayashi T.
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Journal Title
Oncogene
Volume: 31
Pages: 2715-24
DOI
Peer Reviewed
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