2013 Fiscal Year Annual Research Report
脳悪性リンパ腫の全エクソンシーケンスを応用したゲノム創薬・バイオマーカー研究
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24390347
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| Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
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Principal Investigator |
山中 龍也 京都府立医科大学, 医学部, 教授 (20323991)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
池中 一裕 生理学研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 教授 (00144527)
川口 淳 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (60389319)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 脳腫瘍 / 中枢神経原発悪性リンパ腫 / エクソーム解析 / 遺伝子発現 / miRNA / 薬剤耐性 |
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| Research Abstract |
中枢神経原発悪性リンパ腫50症例の凍結組織サンプルのゲノム解析データを基盤とし、幹細胞、薬剤耐性細胞株を樹立し （１）遺伝子発現情報、 （２） microRNA、（３）次世代シーケンサーを用いた全エクソン解析を行い統合的な統計解析を進めin vitro, in vivoの実験後にバイオマーカー、治療標的遺伝子を選択し、さらに創薬に向けた研究を展開する事を目標に研究を継続している。
現在まで、枢神経原発悪性リンパ腫腫瘍組織と末梢血正常リンパ球を次世代シーケンサーを用いた全エクソン解析がほぼ終了し、情報解析中である。また、mRNA, miRNAの解析から患者の予後と相関する分子を選択し、in vitro, in vivoの確認実験中である。mRNAに関しては、マイクロアレイのデータから発現レベルと患者の生存日数とをRadom survival forest法を用いて解析を行い、患者の生存と相関のある２５の遺伝子を選択し、それらの遺伝子の発現値を用いた予後予測式を考案した。 さらに、２５種類の遺伝子の中から３種類を選択して、簡便な予後予測式も考案した。miRNAに関しても、同様な方法で１９種類の分子を選択し、さらに３種類の分子を用いた簡便式を考案した。以上の、選択されたmRNA, miRNAを培養腫瘍細胞に導入し、細胞増殖能、薬剤耐性の変化などについて実験中である。また、中枢神経原発悪性リンパ腫細胞株を用いてMTX薬剤耐性細胞株を樹立しつつあり、そのmRNA, miRNAの発現プロファイルの特徴につき検討を進める予定でいる。
以上の、研究結果を統合し、疾患特異的なバイオマーカー、治療標的遺伝子を選択し、創薬に向けた研究を展開する予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
当初の予定では、エクソーム解析を終了し、情報解析まで終了している予定であった。
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| Strategy for Future Research Activity |
エクソーム解析を終了し、情報解析まで終了する。mRNA,miRNAのin vitroの実験を終了し、また薬剤耐性株の遺伝子発現プロファイル解析を進める。以上から、統合的な解析を進め、標的分子の選択を行う。
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[Journal Article] Phase II study of personalized peptide vaccination for refractory bone and soft tissue sarcoma patients.2013
Author(s)
Takahashi R, Ishibashi Y, Hiraoka K, Matsueda S, Kawano K, Kawahara A, Kage M, Ohshima K, Yamanaka R, Shichijo S, Shirouzu K, Itoh K, Sasada T.
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Journal Title
Cancer Sci
Volume: 104
Pages: 1285-1294
DOI
Peer Reviewed
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