2012 Fiscal Year Research-status Report
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24500337
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Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
冨田 誠 東京医科歯科大学, 医学部附属病院, 特任准教授 (20399025)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | SNP解析 / 空間集積性 / 関連解析 |
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| Research Abstract |
連鎖不平衡が強いblock領域の推定と空間統計学などによるハプロタイプ・ブロック同定の各種手法の比較・検討、および新しく提案する部分空間法を利用したブロック同定法との比較を実データを用いて行う。
量的表現型(QTL)との関連解析のより効率的な手法を構築するため、既存の各種手法の比較・検討を行い、Tomita et al. (2011)の手法の大きな利点である確率的なディプロタイプ形への適用可能を保ちつつ、ドミナンス分散を用いたフレキシブルな発現モデルを適用した関連解析手法を提案し、検討する、としていた計画について、Tomita et al. (2011)の手法を包括したハプロタイプ解析の周辺の問題を統合的にまとめたものを「ハプロタイプ解析における推定・ブロック同定および関連解析」として投稿し、計算機統計学 25(1), 53-68, (2012, 12) に掲載された。
また、ブロック同定ではEchelon以外の空間集積性方法を適用した場合について、Comparison among spatial clustering methods on hierarchical structures for DNA markersとして国際会議COMPSTAT2012にて口頭発表し、ブロック同定およびタグSNP選択法についてまとめたものを国際会議Analysis and Modeling of Complex Data in Behavioural and Social Sciences, p. 83 (2012, 9)として国際会議JCS-CLADAG2012に招待され、講演を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ハプロタイプ解析の周辺の問題を統合的にまとめたものを「ハプロタイプ解析における推定・ブロック同定および関連解析」として投稿し、計算機統計学 25(1), 53-68, (2012, 12) に掲載されたため、初年度の情報収集としては目的を達成できている。
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| Strategy for Future Research Activity |
既に取り組んでいる、Echelon以外の空間集積性の手法を利用した新しいブロック同定の方法の提案や、関連解析におけるドミナンス分散(パラメータ)を用いた新たなモデルの確定を進める。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
各種、関連する国際学会を中心に、研究発表および情報収集を行う。また、関係する諸分野での研究者らと研究打合せを行う。海外で行われることが多くなる予定で、研究費の大部分が旅費および学会参加費に費やされる見込みである。
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