2013 Fiscal Year Research-status Report
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24500337
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
冨田 誠 東京医科歯科大学, 医学部附属病院, 准教授 (20399025)
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| Keywords | 遺伝統計学 / 集積性 / 空間統計学 |
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| Research Abstract |
遺伝子多様性の研究には、多因子疾患関連遺伝子の探索を目的とした場合、 従来から用いられている連鎖解析に加え、 連鎖不平衡を利用した相関解析、 ハプロタイプ解析が有力な手法として、世界的にも注目されている。座位数が少ないデータであるが連鎖不平衡と呼ばれる現象を解析的に把握することにより、ブロック領域というものを絞り込むことができる。Haploviewというソフトウェアで描写されたLD図というものである。ここでブロックが同定されているが、これはGabriel法という広く用いられる同定方法ではあるが、かなりブロック同定の条件が厳しいことでも知られている。Zhu, et al.(2003)はハプロタイプ推定を行い、相対頻度が0.04以上の代表ハプロタイプを用いてブロック同定へと繋げる手法を提案している。これらの二手法の良い点を取り入れた、ハプロタイプの頻度推定を繰り返し行うことにより、ブロックを同定する手法(Kamatani, et al, 2004)が提唱されているが、繰り返し推定を行う計算時間が膨大にかかる上に、最初に彩小ブロックとして定義している``minimal block"の条件がやや厳しい(D'>0.9)ことが難点として挙げられる。我々は、これらの手法の問題を解決すべく、連鎖不平衡係数D'の2次元的な構造を把握することからブロック同定を行う方法を提唱するなど、新しい方法を他にも我々はいくつか提案した。いま挙げた手法の数値的な分析結果の比較なども行い、同定結果の妥当性、計算時間の大幅な短縮などを確認できた。また、ハプロタイプ・ディプロタイプ形の推定後に、ディプロタイプ形を考慮した遺伝情報データと量的表現型データとの関連解析を考えた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
種々の連鎖不平衡ブロック同定やタグSNP選択問題があり、今までにも数多くの比較を行った結果を報告しているが、新たに提案するものを含め、再評価した。遺伝情報データ(ハプロタイプ・ディプロタイプ形)と量的表現型データとの関連解析を考え、確率的なディプロタイプ形を扱えるだけでなく、複数の量的表現型を扱えるようにした。複数の量的表現型をよりフレキシブルな発現モデルで扱える手法を提案することが課題として残っている。
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| Strategy for Future Research Activity |
ブロック同定について、まだ検討すべき課題が残っていることと、遺伝情報データ(ハプロタイプ・ディプロタイプ形)と量的表現型データとの関連解析について、複数の量的表現型をよりフレキシブルな発現モデルで扱える手法を提案する予定である。
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