2013 Fiscal Year Research-status Report

配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化の探索

Research Project

Project/Area Number	24510266
Research Institution	Kanazawa University
Principal Investigator	山田洋一金沢大学, 電子情報学系, 准教授 (30377402)
Keywords	ヒドロキシメチル化
Research Abstract	申請者は、配列依存的アレル特異的メチル化の存在を世界に先駆けて報告し、多型配列が引き起こす各種疾患感受性差異の作用機序をゲノムメチル化の有無が導く遺伝子発現差異を通して理解可能なことを示した。一方、近年、ヒドロキシメチル化がゲノム上からの脱メチル化過程で重要な働きを担っていることや遺伝子発現調節にも寄与していることが示唆されている。そこで本研究では独自に手法を構築することで、新たに配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化及び配列依存的アレル特異的遺伝子を同定し、同様に各種多型配列が導く疾患感受性差異の作用機序解明に貢献することを目的とした。昨年度はアレル別のヒドロキシメチル化も検出可能なATMD-PCR 法を新たに構築し、これを用いてヒト脳において4個の配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化候補を見出した。しかしながらヒト脳由来のゲノムは一個体のみしか販売されていなかったため、配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化候補中に存在するSNPがヘテロな個体を得ることができず、これが配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化なのかを調べることができなかった。そこで本年度は、昨年度に申請者が独自に開発したATMD-PCR 法を用いて、ヒトより多型解析に適したマウスにおいて配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化を探索することにした。マウスではすでに配列依存的アレル特異的メチル化領域が同定されており、そのためこれらが配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化候補と考えられる。そこでマウスにおける6個の既知の配列依存的アレル特異的メチル化領域が配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化を受けているか否かをATMD-PCR 法を用いて調べた。結果としてこのうち一つが配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化を受けている可能性が示唆された。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned. Reason 本年度の当初の目的は、前年度までに開発したATMD-PCR法を用いて、ヒトにおいて配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化を同定することであった。しかしながら複数のヒトサンプルの入手が困難であったため、本年度は対象をマウスに変更した。これにより、ATMD-PCR法を用いてマウスの配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化候補を同定できたことから、おおむね順調に進展していると判断した。
Strategy for Future Research Activity	本年度新たに同定したマウスの配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化候補が本当に配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化を受けているかを詳細に確認する。新たにB6マウスとJFマウス間のF1マウスを準備し、これから各組織由来のゲノムを調整する。これと5-hmCシークエンシング用試料調製キットを用いて、配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化候補の一塩基レベルでのヒドロキシメチル化およびそれのアレル特異性と配列依存性を検討する。

Research Products
(1 results)

All 2013

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results)

[Journal Article] Regional DNA methylation differences between humans and chimpanzees are associated with genetic changes, transcriptional divergence and disease genes2013
- Author(s)
  Kei Fukuda, Kenji Ichiyanagi, Yoichi Yamada, Yasuhiro Go, Toshifumi Udono, Seitaro Wada, Toshiyuki Maeda, Hidenobu Soejima, Naruya Saitou, Takashi Ito, Hiroyuki Sasaki
- Journal Title
  
  Journal of Human Genetics
  
  Volume: Vol.58 Pages: pp.446-454
- DOI
  10.1038/jhg.2013.55
- Peer Reviewed

2013 Fiscal Year Research-status Report

配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化の探索

Principal Investigator

山田 洋一 金沢大学, 電子情報学系, 准教授 (30377402)

Current Status of Research Progress

Reason

Research Products

[Journal Article] Regional DNA methylation differences between humans and chimpanzees are associated with genetic changes, transcriptional divergence and disease genes2013

Author(s)

Journal Title

DOI

山田洋一金沢大学, 電子情報学系, 准教授 (30377402)