2014 Fiscal Year Annual Research Report
品種内発現プロファイリングに基づくゲノム解析によるブタ増体関連マーカーの同定
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24580406
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| Research Institution | Niigata University |
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Principal Investigator |
山田 宜永 新潟大学, 自然科学系, 教授 (40253207)
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2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 家畜ゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度、核ゲノム遺伝子上における増体関連マーカーを同定するために、さらなる発現プロファイリングを行い、ATP5C1、HADHA、COQ3、MYH7、ATB5B、MYH1の6つの遺伝子を増体形質遺伝子の位置的機能的候補として同定していた。さらに、PCRダイレクトシーケンスによりこれらの遺伝子の多型が検出され、多型タイピング法（PCR-RFLP法、ミスマッチPCR-RFLP法およびallele-specific PCR法）が確立されていた。
本年度、ランドレース種集団において相関解析を行った結果、ATP5B、MYH7、およびMYH1の多型の遺伝子型については100kg到達時予測日齢育種価との有意な相関は認められなかった。一方、COQ3/-1623についてはＰ値が0.0468を示し、5%水準で遺伝子型の効果に有意な差が認められた。また、この多型における100kg到達時予測日齢育種価の最小二乗平均値と標準誤差はin/in遺伝子型が1.050 ± 0.356で、in/del遺伝子型が-0.862 ± 0.8817であり、ATの挿入がある個体はATがディレッションしている個体よりも100kg到達時予測日齢育種価が有意に高かった。del/del型の個体は今回の解析では存在しなかった。こうして、COQ3/-1623のdelアリルが100kg到達時予測日齢に対してプラスの効果を有していることが分かり、この多型がランドレース種における有用な増体関連マーカーの候補となる可能性が示唆された。
昨年度までの相関解析で明らかにされたD-Loop領域/846 SNPとCOQ3/-1623 indel多型を同時に取り込み、それぞれの多型の主効果と多型間の相互作用をすべて母数効果とした相関解析を行ったところ、多型間のエピスタシス効果は有意に検出されなかったが、D-Loop領域/846 SNPとCOQ3/-1623 indel多型の両方において、有意な主効果が検出された。こうして、これらの2つの多型は独立した機構により増体形質に関与しており、ランドレース種系統造成のためのDNA育種技術に有用な分子マーカーであることが示された。
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