2012 Fiscal Year Research-status Report
新たなＴａｑ酵素を用いた迅速な感染症起因菌同定ＩＴシステムの臨床応用
| Project/Area Number |
24590682
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
|
| Research Institution | University of Toyama |
|---|
Principal Investigator |
仁井見 英樹 富山大学, 大学病院, 助教 (50401865)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
北島 勲 富山大学, 大学院医学薬学研究部(医学), 教授 (50214797)
野手 良剛 富山大学, 大学病院, 臨床検査技師長 (60377364)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
|
| Keywords | 遺伝子検査 / 敗血症 / 微生物 / 感染症 / 遺伝子 |
|---|
| Research Abstract |
平成２４年度は、システムの適用範囲の拡大（血液、羊水、脳脊髄液、眼房水）、全プロトコールの再評価（迅速性・感度・特異度）と固定、同定の正確性の評価、および従来法との比較、そして、データベース中の登録菌数を増やすことを行った。
１．システムの適用範囲の拡大：感染症の患者検体を血液（敗血症）、羊水（胎児子宮内感染症）、脳脊髄液（髄膜炎）、眼房水（眼科感染症）とし、それぞれ迅速同定実施の体制を整えた。プロトコールの相違は前処理のみであるため、前処理において、最も迅速・効率的で感度の高い方法を選択した。また、検体毎（臨床科毎）の連絡シートを作成し、申し込みから結果報告までを専用FAXで迅速に送受信するようにした。
２．全プロトコールの再評価と固定：検体到着から結果報告までの全てのプロトコールを迅速性・感度・特異度の観点から再評価した。そして、問題点や改善の余地があれば全て洗い出し、プロトコールの改善＆再評価を繰り返し、最終的に全プロトコールを最適化して固定した。
３．同定の正確性の評価、および従来法との比較：実際に患者検体を多数用い、同定結果について従来法（マイクロスキャンWalkAway: SIEMENS）の結果と共に、Sequencing結果を用いて比較検討した。その結果、本研究法による正確性の評価、および従来法との一致率は９７％であった。検体は血液、羊水、脳脊髄液、眼房水で、菌陽性検体を42検体、実施した。
４．データベース中の登録菌種を増やす：データベースに存在しない菌やmutant strainsが検出された場合には、得られた菌DNAよりTm値を測定し、新たにデータベースに加えてった。現在、データベース中には130菌種（＋mutant strains）が登録されているが、今後、200菌種以上を目標に増やす計画である。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
菌陽性検体は稀であるため、検体を集積することは難しく、平成２４年度の菌陽性検体は４２検体であった。この改善のため、院外の病院とも共同研究を開始して、菌陽性検体を増やす予定である。
データベース中の登録菌種は、臨床検体からの新規菌種の出現を待っていたため、登録菌数は増えなかった。従って、今後はACTT株を購入することで、データベース中の登録菌数を２００菌を目標に増やす計画である。
起炎菌同定ソフトウェアは登録菌数を増やした後の、次のステップである。そのため、平成２４年度は手付かずであった。今年度は真菌の同定も含め、ソフトウェアをアップデートしていく計画である。
|
| Strategy for Future Research Activity |
１．院外の検体も含め、菌陽性検体の解析数を増やす。２．ATCC株の購入により、データベース中の登録菌数を２００菌を目標に増やす。３．ソフトウェアのインターフェイスを改善する。４．システム全体を再評価する。５．先進医療へ申請する。
|
| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
該当なし
|
