2014 Fiscal Year Annual Research Report
癌関連疾患予測システムの開発と疾患パスウェイの研究
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24590704
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
満山 進 慶應義塾大学, 医学部, 特任助教(非常勤) (30296727)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 遺伝子 / タンパク質 / 疾患 / データベース / 予測システム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
タンパク質ドメインと癌関連疾患の関連性を解明するために、癌関連タンパク質/遺伝子相互作用データベースCancerProView (http://cancerproview.dmb.med.keio.ac.jp/)のデータとしてNCBIのRefseq中に記述されている17456遺伝子、32354タンパク質についてタンパク質ドメインの取得を行った。この取り込みによって疾患と関係のあるすべてのタンパク質ドメインを取得することができた。さらに疾患に関与する796遺伝子についてSMARTでドメイン検索を行い1307タンパク質のデータ取得を行った。その結果、1838遺伝子、3259タンパク質についてのドメイン情報が使用可能になった。タンパク質ドメインの収集と同時平行でタンパク質ドメインの詳細表示の改良を行い、SMARTドメインとNCBIのRefseqに記述されているタンパク質ドメインを表示できるプログラムの開発を行った。CancerProView中の疾患未同定な遺伝子／タンパク質についてSMART, NCBIタンパク質ドメインの比較を行うことにより疾患の可能性を推測するプログラムの開発を行った。その後、癌関連疾患に関するタンパク質／遺伝子相互作用図について既存の109枚の図とそれから派生した29枚の図について疾患を推測するボタンの追加を行った。さらに1枚のタンパク質・遺伝子相互作用図の追加を行った。本研究の研究成果は、CancerProViewをアクセスすることで閲覧することができる。本研究の結果と意義は、遺伝子変異から癌関連疾患が予測できる可能性がある点にある。また、タンパク質/遺伝子相互作用図にタンパク質ドメイン比較による疾患予測ポタンをつけたことにより癌関連疾患遺伝子の予測ができると考えられる。それにより疾患と遺伝子の関係を予測でき、診断、予防、予後の検討の役に立つと考えられる。
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