消化管間質腫瘍のエピジェネティクス異常と予後予測マーカーの同定

2013 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 24590924
• Research Institution: Nagoya City University
• Principal Investigator: 岡本 泰幸 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 研究員 (60444973)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 林 香月 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (00405200) ; 澤田 武 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 臨床研究医 (60345626)
• Keywords: GIST / DNAメチル化

Research Abstract

本研究の目的は消化管間質腫瘍(Gastrointestinal Stromal Tumor, GIST)の臨床検体を使用して、再発・転移をする可能性の高い高リスクGISTを診断するDNAメチル化マーカーの有用性を前向きコホートで検証すること、そして高リスクGISTでのDNAメチル化と遺伝子発現の関係を明らかにすることである。
前向きコホート研究は当大学での臨床試験倫理審査の承認を得て開始された。目標症例数に関しては、当初の計画のように3年無再発生存率（メチル化群62％、非メチル化群96％）、両側α=0.05、検出力80％、追跡期間3年として必要症例数各群32症例と考え、合計80症例を予定症例数を設定した。
解析法に関しては、パイロシークエンス法に比較して多くの研究室で解析可能なReal time MSP法を用いた解析法を確立した。方法はPAX3とREC8に関してメチル化DNAに特異的なプライマーを作成、リピート配列(LINE1)をnormalizationに使用した。胃・小腸の筋層、高悪性GIST、低悪性GISTの検体を用いて解析、パイロシークエンス法の結果と比較検討した結果、パイロシークエンス法との相関は、PAX3でR2=0.698、REC8で0.647であった。
既存の検体を用いた検討では、消化管筋層を用いてMean+2SDをcut offとすることでパイロシークエンスでの結果と同様にメチル化群と非メチル化群を分けることが可能であった。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

昨年、コホートの人数に関して議論があったが、手術対象となる症例がコホートの対象になることを考慮すると当初の予定の人数で検討可能と判断した。したがって、当初の予定症例数で学内倫理委員会の承諾を得て臨床研究を開始した。また、Real time MSPのプライマー作成に関しても複数のプライマーを設計・比較した結果、極めて安定したアッセイを確立することができたと考えている。

Strategy for Future Research Activity

本研究の当初の目的である、前向きコホートは患者集積、結果解析に関して本基盤研究期間内に終えることは極めて困難であるが基盤研究期間終了後も継続予定である。また基盤研究期間内には、既存の臨床検体を用いた検討や公的データーベースを持ちいた検討でGISTの悪性度とDNAメチル化の関連を明らかにする。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

倫理委員会の審査を終えるまではアッセイに必要な試薬の購入を控えたことが原因の1つである。
パイロシークエンスやReal time MSPの試薬を必要量購入する。公的データベースで使用可能な次世代シークエンスにもとづくデータを解析するためのソフトを購入する必要がある。