2014 Fiscal Year Research-status Report
消化管間質腫瘍のエピジェネティクス異常と予後予測マーカーの同定
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24590924
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
岡本 泰幸 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 研究員 (60444973)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
林 香月 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (00405200)
澤田 武 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (60345626)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | GIST / DNA methylation |
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| Outline of Annual Research Achievements |
前向き試験に関しては症例集積中である。研究課題の１つであるGISTのDNAメチル化と悪性度の関連に関する機序に関して極めて重要な報告があった。KITやPDGFRの遺伝子変異を伴わないGISTに関して mitochondrial succinate dehydrogenase (SDH)の変異による機能欠損を認める、そしてSDHの機能欠損により、DNAのメチル化が蓄積されるという報告である。そこで、Gene Expression Omnibusの450Kイルミナメチル化アレイのデータ(GSE34387)を解析した。使用したデーターはSDH正常GIST45例、SDH欠損GIST25例、正常腸管筋層7例であった。すべての症例を使用しのメチル化アレイデータでunsupervised clustering analysisを施行したところ、SDH欠損GIST群とそれ以外の2群に分類された。SDH欠損GIST群では明らかにDNAメチル化の蓄積をみとめ、すべての例でREC8、PAX3はメチル化されていた。次にSDH正常GISTと正常筋層を用いてunsupervised clustering analysisを施行したところ2群に分類された。このとき11例GISTは正常筋層と異なるclusterに分類され、11例中7例でREC8もしくはPAX3のメチル化を認めた。一方、正常筋層と同様のclusterでは、40例中1例のみでPAX3のメチル化を認めた。したがって、PAX3とREC8のメチル化レベルはSDH欠損に起因するDNAメチル化異常だけでなく、SDH正常GISTでのDNAメチル化異常をも反映すると考えられる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
症例蓄積に関しては遅れているが、GISTとDNAメチル化異常の関連に関しては順調に進んでいると考える。
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| Strategy for Future Research Activity |
詳細な臨床情報有する代表者の実験から得られたデータとGEOなどのデーターベースを関連付けて解析しより詳細なメカニズムを解明する。
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| Causes of Carryover |
症例の集積が遅れており、延長申請をし、継続してデータの解析等をする必要があるため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
引き続き症例の集積を行い、現在解析中のデータとも合わせて必要におおじてexpression probe、抗体の購入をする。
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