2015 Fiscal Year Annual Research Report
消化管間質腫瘍のエピジェネティクス異常と予後予測マーカーの同定
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24590924
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
岡本 泰幸 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (60444973)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
林 香月 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (00405200)
澤田 武 金沢大学, その他の研究科, 准教授 (60345626)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | GIST |
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| Outline of Annual Research Achievements |
イルミナ450Kアレイのデータ (GSE34387) を使用しSDH欠損GISTで特異的にメチルを認める遺伝子群をgene set analysisを施行し特徴を検討した。このとき正常筋層で既知の腫瘍抑制遺伝子のβ値を参考にして、β値が0.2以下をメチル化なしと定義した。したがってSDH正常GISTと正常筋層でβ値が0.2以下かつSDH欠損GISTで有意(p-value<0.01)にβ値が増加しているものを対象遺伝子群とした。パスウエイ解析ではGタンパク質共役受容体(q-value=1.74e-06)とPI3K / Akt シグナル伝達系(q-value=8.85e-06)が有意で上位にあげられた。共に発癌との関連が深い系であるが、PI3K / Akt シグナル伝達系はKITの下流であり、KIT変異を認めないGISTの悪性化の機構として考えられる。次にPAX3、REC8、P16で悪性度が高いと診断されるGISTでの悪性化の機所を検討するためexpression array（GSE47911）のデータを使用して、トランスクリプトーム解析を施行した。マーカー陰性GISTに比較してマーカー陽性GISTで有意(p-value<0.01)にメチル化が高い遺伝子群の発現に注目し、これらの遺伝子の発現が総じて高いものを予後良好GIST、発現低下が確認されるものを予後不良GISTと分類した。2群間で有意(p-value<0.05)にmRNAの発現に違いのある遺伝子群を選択し、gene set analysisを施行した。パスウエイ解析ではGタンパク質共役受容体関連が複数 (p-value: 8.15e-05~3.26e-03)、そしてWNT、MAPキナーゼなどが有意差をもって同定された。
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Research Products
(2 results)
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[Journal Article] New concept of traction force applied to biliary self-expandable metallic stents.2016
Author(s)
Hori Y, Hayashi K, Yoshida M, Naitoh I, Nakazawa T, Miyabe K, Shimizu S, Kondo H, Nishi Y, Umemura S, Kato A, Ohara H, Joh T
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Journal Title
Endoscopy
Volume: 48
Pages: 472-476
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Safety and benefits of self-expandable metallic stents with chemotherapy for malignant gastric outlet obstruction.2015
Author(s)
Miyabe K, Hayashi K, Nakazawa T, Sano H, Yamada T, Takada H, Naitoh I, Shimizu S, Kondo H, Nishi Y, Yoshida M, Umemura S, Hori Y, Kato A, Ohara H, Joh T.
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Journal Title
Digestive Endoscpy.
Volume: 27
Pages: 572-81
DOI
Peer Reviewed
