2012 Fiscal Year Research-status Report
次世代シークエンサーによるＨＣＶゲノム解析と薬剤耐性機構の解明
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24590964
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | University of Yamanashi |
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Principal Investigator |
坂本 穣 山梨大学, 医学工学総合研究部, 准教授 (60324191)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | C型肝炎 / 遺伝子変異 / 次世代シーケンサー / quasispecies |
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| Research Abstract |
C型肝炎の治療法は、インターフェロン・リバビリンに加えC型肝炎ウイルス（Hepatits C virus; HCV)に直接作用するDAAs（Direct Actng Antivirus)の開発が進んでいる。とくにNS3-4 protease阻害剤であるTalaprevirはPEG-IFNRBVとの併用で用いられるようになったが、その治療効果はPEG-IFN+RBV療法と同様、HCV遺伝子変異が関連することが明らかになった。とくにNS5A遺伝子内のインターフェロン感受性決定領域（Interferon Sensitivity Determining Region, ISDR）、インターフェロン・リバビリン耐性決定領域（Interferon-ribavirin resistsnse determining region)の変異のみならずCore領域の変異（R70Q）が関与していることが臨床的に明らかになっているが、この変異はNS3 protease阻害剤の治療効果とも関連することが指摘されている。さらにCoreアミノ酸変異は、宿主のインターフェロンの感受性を規定するIL28B SNPとも関連することが指摘されており、HCVの遺伝子変異が宿主とインターフェロン感受性とも何らかの関連があることが推測されている。これまでに次世代シーケンサーを用い、Core 70変異が多数の変異体の集合体（quasispecies）の状態であることを確認し、少数の変異の集合体が治療効果と関連することを明らかにした。しかもこの変異は独立した変異で、他のIFN感受性クローンを代表する表現形ではないことを示唆する結果を得た。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究の目的は、HCV薬剤耐性機構の解明にあるが、次世代シーケンサーを用いて、これまで知られていなかった、変異体の集合状態（quasispecies）の状態が、C型肝炎に対する治療効果と密接に関連することを明らかにできた。今後、順次使用可能となるDAAにおいても検証できるような実験系の整備が完了し、本年度以降の研究体制も整ったため、研究計画は概ね順調に進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、DAAを用いた症例でHCV遺伝子変異の網羅的解析と分子機構の解明をおこなう。すなわち、臨床的には、2011年末から開始しているPEG-IFN＋RBV＋DAA併用治療によるHCV遺伝子変異の出現と治療効果につき検討し、薬剤耐性変異の出現とウイルス増殖・治療効果の関連について、次世代シーケンサーを用いて解析する。とくに本年までに実施すみのISDR/IRRDR、Coreアミノ酸変異とこの変異体の集合状況（quasispecies）と変異率について、高速詳細に検討すことは次世代シーケンサーを用いた解析手法により初めて明らかにできるものである。さらに、HCVレプリコンを用いてこれら遺伝子変異をHCV増殖能の検討を行う。すなわち、これら薬剤存在下にレプリコン持続増殖をおこなった細胞からHCV レプリコン遺伝子を回収、変異部位を同定し順次、レプリコンに導入することにより治療反応性を変化させる変異部位を特定し、遺伝子変異とウイルス増殖能・耐性変異との関連を明らかにする。また、臨床的に、インターフェロン・リバビリン・DAAが無効であった患者血清から得られたHCVを用いて、このHCV遺伝子をレプリコン化して、in vitroでの治療反応性を検討、薬剤抵抗性HCV遺伝子の特徴と機能を明らかにすることを計画している。とくに、インターフェロン治療効果は、上記のHCV増殖能のほかにHCV遺伝子型によっても規定されていることからHCV遺伝子型の相違によるウイルス増殖能およびインターフェロン反応性を検討する。さらに、臨床的にインターフェロン耐性を示すISDR野生型のNS5A蛋白、インターフェロン感受性を呈するISDR変異型NS5A蛋白のHCV レプリコン増殖に対する作用やインターフェロンに対する反応性をも解析する。
なお、本研究に必要な物品費はすべて消耗品類の購入に使用する予定である。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
該当なし
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[Journal Article] IL28B(IFN-λ3)and IFN-α synergisitically inhibit HCV replication.2013
Author(s)
Shindo H , Maekawa S, Komase K, Miura M, Sueki K, Komatsu K, Shindo K, Amemiya F, Nakayama T, Inoue T, Sakamoto M , Yamashita A, Moriishi K, Enomoto N
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Journal Title
J Viral hepatitis.
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Age and total ribavirin dose are independent predictors of relapse after interferon therapy in chronic hepatitis C revealed by data mining analysis.2012
Author(s)
Kurosaki M, Hiramatsu N, Sakamoto M, Suzuki Y, Iwasaki M, Tamori A, Matsuura K, Sugauchi F, Sakamoto N, Yatsuhashi H, Izumi N
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Journal Title
Antiviral Therapy
Volume: 17
Pages: 35-43
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Analysis of viral amino acids sequences and the IL28B SNP influencing the development of hepatocellular carcinoma in chronic hepatitis C.2012
Author(s)
Miura M, Maekawa S, Kadokura M, Sueki R, Komase K, Shindo H, Ohmori T, Kanayama A, Shindo K, Amemiya F, Nakayama Y, Kitamura T, Uetake T, Inoue T, Sakamoto M, Okada S, Enomoto N
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Journal Title
Hepatol Int
Volume: 6
Pages: 386-396
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Characterization of naturally occurring protease inhibitor-resistance mutations in genotype 1b hepatitis C virus patients.2012
Author(s)
Shindo H, Maekawa S, Komase K, Sueki R, Miura M, Kadokura M, Shindo K, Amemiya F, Kitamura T, Nakayama Y, Inoue T, Sakamoto M, Okada S, Asahina Y, Izumi N, Honda M, Kaneko S, Enomoto N
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Journal Title
Hepatol Int
Volume: 6
Pages: 482-490
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Causes of thrombocytopenia in chronic hepatitis C viral infection.2012
Author(s)
Osada M, Kaneko M, Sakamoto M, Endoh M, Takigawa K, Inoue-Suzuki K, Inoue O, Satoh K, Enomoto N, Yatomi Y, Ozaki Y
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Journal Title
Clinical and Applied Thrombosis/Hemostasis
Volume: 18
Pages: 272-280
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Data mining model using simple and readily available factors could identify patients at high risk for hepatocellular carcinoma in chronic hepatitis C.2012
Author(s)
Kurosaki M, Hiramatsu N, Sakamoto M, Suzuki Y, Iwasaki M, Tamori A, Matsuura K, Kakinuma S, Sugauchi F, Sakamoto N, Nakagawa M, Izumi N
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Journal Title
J Hepatol
Volume: 56
Pages: 602-608
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Comprehensive analysis for viral elements and IL28B polymorphisms in response to peginterferon plus ribavirin therapy in HCV-1b infection.2012
Author(s)
Maekawa S, Sakamoto M, Miura M, Kadokura M, Sueki R, Komase K, Shindo H, Komatsu N, Shindo K, Amemiya F, Takano S, Yamaguchi T, Nakayama Y, Kitamura T, Inoue T, Okada S, Enomoto N
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Journal Title
Hepatology
Volume: 56
Pages: 1611-1621
Peer Reviewed
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[Presentation] IL28B (IFNλ-3) and IFN-α Synergistically Inhibit HCV Replication.
Author(s)
Shindo H, Maekawa S, Komatsu N, Komase K, Miura M, Kadokura M, Sueki R, Shindo K, Amemiya F, Nakayama Y, Inoue T, Sakamoto M, Yamashita A, Moriishi K, Enomoto N
Organizer
The 3rd International Forum
Place of Presentation
京王プラザホテル（東京都）
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