次世代シークエンサーを用いた成人Ｔ細胞白血病の網羅的な遺伝子解析

2012 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 24591392
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: 菱澤 方勝 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (90444455)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2015-03-31
• Keywords: 血液内科

Research Abstract

成人T細胞白血病 (adult T-cell leukemia;ATL)症例の検体を対象に、次世代シークエンス技術を用いて遺伝子の体細胞変異の網羅的な探索をおこなう計画である。NF-κBを中心としたシグナル伝達の活性化における分子学的機序の解明を目的に、次世代シークエンサーによって網羅的な変異の解析を開始した。ATLの患者から文書による同意を得た後に、検体を採取し、次世代シークエンサー GS Junior Bench Top System (Roche Diagnostics)を用いてexomeの解析をおこなう。これまでに、BCL11B, A20, MYD88, CARD11、BCL10, MALT1, TRAF5などの遺伝子解析を行い、一部の遺伝子では複数の症例で変異が確認された。一方でNF-κBの活性化については同時にelectrophoretic mobility shift assay (EMSA) などにより解析をした。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

次世代シークエンサー GS Junior Bench Top System では解析する遺伝子により条件の調整が必要で時間を要したため。

Strategy for Future Research Activity

次世代シークエンサーによる探索を継続しておこなう。
これまでのスクリーニングで候補となった遺伝子変異については、その機能解析を、in vitroにて並行しておこなう。候補の遺伝子変異をクローニングし、Ba/F3などの細胞株へレトロウイルスベクターを用いて遺伝子導入し、EMSA, Western blotting, luciferase reporter assayなどによりシグナルの活性化について確認する。また、遺伝子導入した細胞株でMTT assayによる細胞増殖試験やAnnexin-V染色でのアポトーシス解析をおこない、これらへの影響を検討する。さらに、siRNAを用いて候補遺伝子のノックダウンによる機能解析もおこなう。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

該当なし。