エピジェネティクスに基づく肝癌予後予測のためのハイブリッド型血液テスト

2012 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 24592002
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Research Institution: Yamaguchi University
• Principal Investigator: 飯塚 徳男 山口大学, 医学部附属病院, 准教授 (80332807)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2015-03-31
• Keywords: 肝癌

Research Abstract

プールしたアレイデータおよび新規解析した全ゲノム対応アレイ解析に基づく予後不良肝癌の原発巣で発現低下した遺伝子のリストアップを行った 。すなわち、２０例の肝癌組織(予後不良１０例/予後良好10例)より既報(Iizuka et al, Cancer Res 2002, Iizuka et al, Oncogene 2003)に準じRNAを調整し、ニンブルジェンの高密度アレイ上でハイブリを行い、対応スキャナー(現有設備)で遺伝子発現量を測定した。しかしながら、高密度アレイで得られた遺伝子発現データはバラつきが大きく、予後に関わる遺伝子のリストアップに難渋している。そこで再度、全ゲノム対応アレイを用いた発現解析を追加するとともに、既にプールしていた遺伝子発現データベース(Iizuka N, FEBS let. 2005)からメチル化遺伝子のリストアップを並行して行った。現在、予後不良の肝癌で発現が低下し、且つ、プロモーター領域にCpGアイランドを保有する遺伝子を２０個前後同定しており、この遺伝子の発現解析をリアルタイムRT-PCR法で検証中した。この中で遺伝子A,B,C,D,E,F,G,Hの発現低下と予後との関連性を確認できた。次に、これら８つの遺伝子のメチル化の有無を定量解析するために、肝癌局所から抽出したDNAと肝癌患者の血清から回収したセルフリーDMAを用いてメチル化定量方法の確立を行った。
なお、本研究の遂行過程で得られた肝癌の遺伝子に関する知見をまとめて、海外雑誌に３報した。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

高密度アレイで得られた遺伝子発現データはバラつきが大きく、予後に関わる遺伝子のリストアップに難渋しているため、肝癌の予後に関わる新規のメチル化遺伝子の同定が遅れている。ただし、これと並行して行った既存の遺伝子発現データから新規のメチル化遺伝子候補をいくつか同定しており、遺伝子の機能解析結果を含め論文報告した。

Strategy for Future Research Activity

全ゲノム対応アレイ解析の解析を再度行い新規メチル化遺伝子の検索を進めるとともに、既に同定したメチル化遺伝子を使ったハイブリッド型予測システムの構築に進める。血清から回収したセルフリーDMAを用いた既存のメチル化遺伝子と新たに我々の施設で同定したメチル化遺伝子の定量解析法の確立はほぼ完了しており、大量の血清DNAを用いた検討の予備実験中である。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

全ゲノム対応アレイ解析の遅れのため、同定された新規遺伝子の発現解析やメチル化解析に用いる試薬類(プライマー等)のオーダーが未定であるため、約７０万円の未使用額が生じたが、全ゲノム対応アレイ解析の進行とともに今年度に是非必要となる研究費である。