次世代シークエンサーを用いた子宮体部漿液性腺癌の網羅的トランスクリプトーム解析

2012 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 24592499
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: 羽根田 健 東北大学, 大学病院, 助手 (10622433)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 鈴木 史彦 東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (20400343) ; 鈴木 吉也 東北大学, 学内共同利用施設等, 准教授 (30422116)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2015-03-31
• Keywords: 漿液性子宮体癌 / マイクロRNA / 次世代シークエンサー

Research Abstract

我々は子宮体部漿液性腺癌（UPSC）においてmicroRNA（miR-34b）が腫瘍増殖に関与する事を見出したが、今後の研究内容の発展、UPSCの発症メカニズムの解明、さらに新規分子標的治療薬の開発を最終目標とし、本研究ではイルミナ社の次世代シークエンサーを用いて、miRNA、large intergenic noncoding RNA (lincRNA)および融合がん遺伝子からなる新規がん原因遺伝子（群）の網羅的解析を立案した。我々は４つのサブ研究計画をデザインした。平成２４年度は＜研究計画１．子宮体部漿液性腺癌(UPSC)検体の病理学的評価およびRNA抽出＞を遂行した。本研究によって得られるデータの精度は、UPSC患者症例ごとに正確な組織型を判定する事が重要である。当施設では婦人科病理専門医と婦人科腫瘍専門医（計１５名以上）が定期的に病理カンファレンスを行い慎重かつ正確に病理診断を行うシステムが整っており、ここでUPSCと診断された症例はさらに年齢、進行度、転移の有無などのパラメーターを考慮した後、症例を絞って行った。手術の際検体が摘出された後婦人科腫瘍専門医が病変部を確認、適当と思われる部分を直ちに液体窒素内で急速冷凍、次に-80℃冷凍庫に保存した。術後の病理カンファレンスでUPSCと確定診断された症例のみ、検体より塩化セシウムを用いた超遠心法で高純度のtotal RNAを抽出した。＜計画２．次世代シークエンサーを用いたUPSC患者検体のトランスクリプトーム解析＞については、現在我々の大学に導入されたHiSeq2500とイオンプロトンの方式の違う両者のどちらが適しているかパラメーター設定を行った。最適な機種を選定後、解析開始する予定である。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の計画通り、平成２４年度中に<研究計画１>が完了し<研究計画２>を開始する事が出来た。

Strategy for Future Research Activity

今後の推進方策については、予定通り＜研究計画２＞次世代シークエンサーを用いたUPSC患者検体のトランスクリプトーム解析を完了し、引き続き、＜研究計画３＞標的分子の選定および機能解析に到達したい。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

次年度使用額は今年度の研究を効率的に推進したことに伴い発生した未使用額であり、平成25年度請求額と合わせ、平成25年度の研究遂行に使用する予定である。

Research Products

• [Journal Article] DNA demethylation-dependent AR recruitment and GATA factors drive Rhox5 homeobox gene transcription in the epididymis. (2012)
  • Author(s): Bhardwaj A, Song HW, Beildeck M, Kerkhofs S, Castoro R, Shanker S, De Gendt K, Suzuki K, Claessens F, Issa JP, Orgebin-Crist MC, Wilkinson MF
  • Journal Title: Mol Endocrinol Volume: 26 Pages: 538-549
  • Peer Reviewed