カスタムチップを用いた既知の原発開放隅角緑内障関連遺伝子に対する候補遺伝子解析

2013 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 24592636
• Research Institution: Kyoto Prefectural University of Medicine
• Principal Investigator: 森 和彦 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (40252001)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 松田 彰 順天堂大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (00312348) ; 池田 陽子 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), その他 (00433243) ; 田代 啓 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10263097) ; 木下 茂 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30116024) ; 上野 盛夫 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (40426531) ; 中野 正和 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (70381944)
• Keywords: 眼遺伝学

Research Abstract

ケース（POAG）488例、コントロール501例についてH24年度に取得した609個のSNPのジェノタイプデータを専用サーバに注入後、各SNPのジェノタイプの頻度計算を実施した。その後、コールレートやマイナーアレル頻度の厳格なフィルター（QCフィルター）を設定し、高品質なデータを抽出した。抽出されたデータについてジェノタイプおよびアレル頻度に基づいて相関解析を実施した結果、4個のSNPで弱い相関（P<0.05）が認められた。これら4個のSNPについて別集団を用いた再現性取得実験を実施するため、引き続き検体の収集を実施している。これらの再現性実験のためのケースとコントロールについても、H24年度と同様に広義原発開放隅角緑内障と正常健常者の診断は熟練した緑内障専門医が担当し、精査のための諸検査を施行するとともに問診による背景因子の聴取を行った。ケースとコントロールそれぞれから採取され、匿名化された血液検体よりH24年度と同様の手法を用いてゲノムDNAを抽出、品質をチェックした後にジェノタイプデータを取得した。
また、ヒト眼組織を用いた関連遺伝子の発現解析を行うため、臨床サンプルとして緑内障病型の判別ができているケースに対して手術時に得られる前房水、水晶体前嚢の収集を開始した。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ほぼ計画していた通りにケースとコントロールのゲノムサンプルを収集しジェノタイピングを行い、これらのデータを相関解析することにより4個のSNPで有意な相関が得られた。再現性実験のためのケースとコントロールも順調に収集できている。合わせて発現解析のための臨床サンプルも順調に収集ができつつある。

Strategy for Future Research Activity

1st stageで得られた相関が弱いものであったため、結果を検証するための再現性確認実験として2nd stageの解析を1st stageと同様の手法で行う。次いで1st stageと2nd stageの解析結果を合わせた統合解析を行い、より強い相関が得られるSNPを割り出す。次いでこのようにして確認されたSNPについて関連する遺伝子を割り出し、緑内障病慧の判別ができている臨床サンプルを用いた発現解析を行う。なお病型としては正常眼圧緑内障、狭義原発開放隅角緑内障、非緑内障に分類して考える。

Research Products

• [Journal Article] Morphological analysis of age-related iridocorneal angle changes in normal and glaucomatous cases using anterior segment optical coherence tomography. (2014)
  • Author(s): 36. Maruyama Y, Mori K, Ikeda Y, Ueno M, Kinoshita S
  • Journal Title: Clinical Ophthalmology Volume: 8 Pages: 113&#8211;118
  • DOI: 10.2147/OPTH.S52370
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Changes in visual acuity and intra-ocular pressure following bleb-related infection: the Japan Glaucoma Society Survey of Bleb-related Infection Report 2 (2013)
  • Author(s): 35. Yamamoto T, Kuwayama Y, Nomura E, Tanihara H, Mori K
  • Journal Title: Acta Ophthalmologica Volume: 91 Pages: e420-426
  • DOI: doi: 10.1111/aos.12079
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Evaluation of the age-related speed of anterior chamber reduction by 3D Scheimpflug camera in Japanese normal subjects (2013)
  • Author(s): 10. Ikeda Y, Mori K, Ueno M, Yoshikawa H, Maruyama Y, Yoshii K, Kinoshita S
  • Organizer: American Academy of Ophthalmology
  • Place of Presentation: New Orleans, Louisiana, USA
  • Year and Date: 20131116-20131120
• [Presentation] Analysis of ophthalmic clinical data association for CDKN2BAS-1 genotype in normal subjects. (2013)
  • Author(s): 6. Ikeda Y, Mori K, M Ueno M, Nakano M, Tokuda Y, Omi N, Sato R, Yoshii K, Tashiro K, Kinoshita S
  • Organizer: 5th World Glaucoma Congress
  • Place of Presentation: Vancouver, Canada
  • Year and Date: 20130717-20130720
• [Presentation] Analysis of hematological and biochemical data in normal tension glaucoma patients
  • Author(s): 2. Ueno M, Ikeda Y, Yoshii K, Yoshikawa H, Maruyama Y, Yuko, Mori K, Tashiro K, Kinoshita S
  • Organizer: 2013 Annual Meeting of the Association for Research in Vision and Ophthalmology (ARVO)
  • Place of Presentation: Seattle, Washington, USA
• [Presentation] Analysis of ophthalmic clinical data association for CDKN2B-AS1 genotype in normal subjects.
  • Author(s): 4. Ikeda Y, Mori K, Ueno M, Nakano M, Tokuda Y, Omi N, Sato R, Yoshii K, Tashiro K, Kinoshita S
  • Organizer: 2013 Annual Meeting of the Association for Research in Vision and Ophthalmology (ARVO)
  • Place of Presentation: Seattle, Washington, USA