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2013 Fiscal Year Research-status Report

リン酸化プロテオミクスの検出感度に関する基礎研究

Research Project

Project/Area Number 24619006
Research InstitutionJapan Advanced Institute of Science and Technology

Principal Investigator

大坂 一生  北陸先端科学技術大学院大学, ナノマテリアルテクノロジーセンター, 講師 (90550244)

Keywordsリン酸化ペプチド / イオン収量 / エレクトロスプレーイオン化 / プロテオミクス
Research Abstract

翻訳後修飾タンパク質の検出や構造解析は,医学・薬学の分野において大変重要である.翻訳後修飾タンパク質の中でもリン酸化タンパク質は,アルツハイマーや癌などのマーカーとなるものが多い.タンパク質の同定は,分離・精製後に酵素消化を行い,消化生成物の質量分析よって行われる.しかし,消化生成物のペプチドはイオン化効率が一律でないため,検出できないペプチドがある.イオン収量の低下の原因に関する詳細な議論は行われていない.本研究課題ではESI-MSによるリン酸化プロテオームのために,アミノ酸やペプチドの物性とイオン収量の関係を系統的かつ定量的に評価した.イオン収量(Ji)を詳細に理解するために,以下の式を用いた.
Ji = I × Jv (I:イオン化効率,Jv:気化流束)
イオン化効率(I)は酸・塩基性度などの物性と関連し,気化流束(Jv)は凝縮相からの気化・脱離の傾向を示す.ペプチドを構成するアミノ酸の物性の影響の評価については,スレオニン(T)をベースとしたペプチドを用いて行った.前年度は,塩基性のArg残基や疎水性アミノ酸のPhe残基のイオン収量に与える影響を評価して,疎水性度が高いほどイオン収量が高くなる傾向が示された.本年度は,セリンやチロシン残基がリン酸化されたACTHフラグメントを用いて,リン酸化ペプチドのイオン収量の評価を行った.リン酸基は負イオンを生成しやすいにもかかわらず,正負イオンモードの両方においてリン酸基の数が多くなるほどイオン収量が低下することが定量的に示された.本研究によって,ESIにおいて気化流束(Jv)はイオン化効率(I)よりもイオン収量に与える影響が大きいことが定量的に示された.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

当初の計画通り,ESIによるリン酸化ペプチドのイオン収量を評価するために設計されたACTHをベースとしたリン酸化ペプチドの定量的な評価を行った.リン酸基は負イオンを生成しやすいが,正負イオンモードの両方において,リン酸基の数が多いほどイオン収量が減少した.このことは,ESIにおいて気化流束(Jv)はイオン化効率(I)よりもイオン収量に与える影響が大きいことを示され,当初の計画が達成された.
前年度に評価したスレオニン(T)をベースとしたペプチド(Tクラスター)とACTHフラグメントの末端アミノ酸残基を変更したペプチドについて,その疎水性度を官能基の分配係数を用いて計算して,ペプチドの分配係数とイオン収量の関係を評価した.疎水性度が高いほどイオン収量が高いことが示された.イオン収量が低いリン酸化ペプチドのリン酸基は親水性が高いため,分配係数のイオン収量の関係に一致していることが示された.当初の計画以上に解析が進展した.また計画にはなかったが本研究において,試料溶媒に加える添加物により,得られる多価イオンの分布やイオン収量が変化することがわかった.このことは,本研究のESIにおけるイオン収量を決定する要因の一つでもあるため,ACTHベースのペプチドやタンパク質を用いてその機構を検討する実験も行ってきた.

Strategy for Future Research Activity

研究結果から,試料溶液の添加物により得られる多価イオン分布とイオン収量が変化することがわかった.今後添加物には酢酸や酢酸アンモニウム,炭酸水素アンモニウム,アンモニア水等を用いてより詳細に検証する. ESIは多価イオンを生成するイオン化法であるため,多価イオンの生成を評価することはリン酸化プロテオームのイオン収量評価の研究に重要であると考えられる.次年度は, ESIの多価イオン生成に対する試料溶液の添加物の影響を評価する研究を行う.添加物の塩の性質や溶液のpHの影響についても検討する.また,実際のリン酸化タンパク質消化物を用いて,消化物中のペプチド断片の疎水性度とイオン収量を評価して,本研究の評価方法の有効性を検証する.実際にプロテオミクスで用いられているLC-MSによっても同様に検証し,生物・薬学・医学分野のプロテオミクスに貢献できる知見を提供する.

  • Research Products

    (7 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Two-dimensional mapping using different chromatographic separations coupled with mass spectrometry for the analysis of ginsenosides in Panax Ginseng root and callus2013

    • Author(s)
      I. Osaka, H. Hisatomi, Y. Ueno, S. Taira, Y. Sahashi、H. Kawasaki, R. Arakawa
    • Journal Title

      Anal. Sci.

      Volume: 29 Pages: 429-434

    • DOI

      10.2116/analsci.29.429

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高感度プロテオーム解析のためのLC/MSにおけるペプチドのイオン収量の評価2014

    • Author(s)
      大坂一生
    • Organizer
      理研シンポジウム
    • Place of Presentation
      理化学研究所 鈴木梅太郎記念ホール
    • Year and Date
      20140620-20140620
    • Invited
  • [Presentation] Influence of arginine, lysine, phenylalanine residues and phosphorylation on the positive- and negative-ion yields of peptides in ESI-MS2013

    • Author(s)
      Issey Osaka, Mitsuo Takayama
    • Organizer
      HUPO 12th Annual world congress
    • Place of Presentation
      Pacifico Yokohama
    • Year and Date
      20130914-20130918
  • [Presentation] ESIにおけるペプチドの電荷状態分布に対する溶媒組成の影響2013

    • Author(s)
      大坂一生、高山光男
    • Organizer
      第61回質量分析総合討論会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場 つくばエポカル
    • Year and Date
      20130910-20130912
  • [Presentation] 異なる分離条件の2つのLC-MSクロマトグラムを用いた2次元マッピング. リン酸化タンパク質消化物の解析2013

    • Author(s)
      上野裕美子 ・、大坂一生 ・、川崎英也 、 荒川隆一
    • Organizer
      第61回質量分析総合討論会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      20130910-20130912
  • [Presentation] Influence of basicity and hydrophobicity of amino acid residues on the positive- and negative-ion yields of peptides in ESI-MS2013

    • Author(s)
      I. Osaka
    • Organizer
      日本質量分析学会 第三回若手春季シンポジウム 2013
    • Place of Presentation
      千里中央ライフサイエンスセンター
    • Year and Date
      20130620-20130620
    • Invited
  • [Remarks] 北陸先端科学技術大学院大学 研究者総覧

    • URL

      http://www.jaist.ac.jp/profiles/info.php?profile_id=633&syozoku=18&p=kekka2

URL: 

Published: 2015-05-28  

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