2012 Fiscal Year Research-status Report
完全線形符号に基づくＤＮＡの符号化によるゲノムマッピングの高速化
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24650155
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
竹中 要一 大阪大学, 情報科学研究科, 准教授 (00324830)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | ゲノム / アライメント / 完全線形符号 |
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| Research Abstract |
本年度の研究達成目標は、完全線形符号を用いる事で既存アルゴリズムよりも高速にゲノムマッピングが可能である事を論理的に示す事であった。
完全線形符号を用いたDNAアライメントに関する理論構築を行った。特に、不文字列に不一致が存在した場合に必要な探索空間量について検討を行い、式を立てた。4元(5,3)完全線形符号を用いた場合、 与えられた5merのDNA配列の部分文字列の探索空間を16から6.625に、n-merのDNA配列が与えられた場合、1+3nから22.2+0.00879n と削減できる事を明らかにした。
また、完全線形符号の組合せによる符号化するDNA配列長の制限の緩和法についての理論構築にも取り組んだ。その成果として、上記段落のn-merの場合の探索空間量を明らかにした事が挙げられる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
平成２４年度の研究実施計画に記載した２項目の研究課題を、順調にこなしているため、(2)おおむね順調に進展しているを選択した。
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| Strategy for Future Research Activity |
本研究の研究期間は残り２年である。
この２年間についても、既存の研究実施計画通り進めていく方針である。すなわち、研究計画に変更の要を認めない。
具体的には、平成２５年度に提案している理論の実装を行い、その有効性を明らかにする。そして平成２６年度には並列化及び、DNA配列を用いる各種手法へ本研究の成果を敷衍する方途を図る。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
昨年度は、本研究の理論に関する発表を国際会議２件、国内会議1件行った。今年度は、昨年度中に理論構築を終えたという成果、及び実装の結果を積極的に発表していく予定である。これに伴い、旅費支出が多くなる予定である。
また、完全線形符号を用いるためのc++ライブラリの公開も検討している。これに伴う費用も計上する。
そして、実装ソフトウェアの高速化を外注する事を検討している。金額が妥当な範囲内に収まれば、予算の大半が外注費となると考えている。
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