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2013 Fiscal Year Research-status Report

Hadwigerの定理に基づいた蛋白質水和熱力学量の汎用的計算手法

Research Project

Project/Area Number 24650158
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

原野 雄一  大阪大学, たんぱく質研究所, 准教授 (60456259)

Keywords国際研究者交流(ドイツ)
Research Abstract

分子論と熱力学を統合した議論は、実験と理論との協奏という観点から蛋白質の構造論において本質的である。特に蛋白質が存在する溶媒環境である水と関連付けるべきであり、その場合、水和熱力学量の算出が必須である。本研究は、従来の統計力学によらず、分子の幾何学的形状と水和熱力学量の関連性を探るものである。水和熱力学量が分子の幾何学的形状を規定する『Hadeigerの定理』に従うと仮定すると、分子の形状は明確に規定されなければならない。熱力学といったマクロな物理量と分子構造といったミクロな量を関連させる場合、どのようなプロセスで結びつけるかを検討する必要があった。実験値と対応付けを実施する場合には、分子シミュレーションから得られた構造集団の平均値を用いる必要がある事が明らかとなった。分子構造と熱力学量を簡単に結びつける近似的手法が開発されたことで、今後は既存の計算手法などとの融合を計画している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究成果はChem.Phys.Lett.やJ.Comput.Chem.などに掲載されるなど、既に評価を得ている。

Strategy for Future Research Activity

分子構造と熱力学量を簡単に結びつける近似的手法が開発されたことで、今後は既存の計算手法との融合を計画している。そのことで、物理創薬に向けた展開を推進する予定である。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

研究が大幅に進展したため、出版費用や研究発表の機会が増えたため、支出を前倒しした。
研究自体はほぼ終了しており、最終年度の支出では学会発表での旅費への支出を予定している。

  • Research Products

    (4 results)

All 2013

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (2 results)

  • [Journal Article] A morphometric approach for the accurate solvation thermodynamics of proteins and ligands2013

    • Author(s)
      Y. Harano, R. Roth, S. Chiba
    • Journal Title

      J. Comput. Chem.

      Volume: 34 Pages: 1969-1974

    • DOI

      10.1002/jcc.23348

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Does water drive protein folding?2013

    • Author(s)
      Y. Maruyama, Y. Harano
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett.

      Volume: 581 Pages: 85-90

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2013.07.006

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Does water drive a protein to fold?2013

    • Author(s)
      Yutaka Maruyama, Yuichi Harano
    • Organizer
      第 51 回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都国際会館
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] A Morphometric Approach for the Accurate Solvation Thermodynamics of Proteins and Ligands2013

    • Author(s)
      Yuichi Harano, Roland Roth, Shuntaro Chiba
    • Organizer
      第 51 回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都国際会館
    • Year and Date
      20131028-20131030

URL: 

Published: 2015-05-28  

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