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2013 Fiscal Year Final Research Report

The study on the mechanism of sodium ion transport by sodium ion pump rhodopsin

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 24655009
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Physical chemistry
Research InstitutionNagoya Institute of Technology

Principal Investigator

INOUE Keiichi  名古屋工業大学, 工学(系)研究科(研究院), 助教 (90467001)

Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) KANDORI Hideki  名古屋工業大学, 大学院工学研究科, 教授 (70202033)
KOGURE Kazuhiro  東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2014-03-31
Keywordsロドプシン / ナトリウムポンプ / 赤外分光 / 過渡吸収 / レチナール
Research Abstract

In this study, we investigated the sodium ion (Na+) transport mechanism by Na+-pumping rhodopsin (NaR) found from marine bacteria in our recent research. For that purpose, especially, we focused the view point of "function", "dynamics" and "structure". As the result, we revealed that NaR pumps Li+ and H+ in addition to Na+ in according to the environment, the reaction process relating to the transport activity, and the place of Na+ binding site. The results relating this study were reported in eight papers and fourty-two presentation in conferences, and three newspaper reports were conducted.

  • Research Products

    (53 results)

All 2014 2013 2012 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (42 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] Molecular and evolutionary aspects of microbial sensory rhodopsins2014

    • Author(s)
      Keiichi Inoue, Takashi Tsukamoto, Yuki Sudo
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      Volume: 87 Pages: 2587-2597

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2013.05.005

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] FTIR Spectroscopy of a Light-Driven Compatible Sodium Ion-Proton Pumping Rhodopsin at 77 K2014

    • Author(s)
      Hikaru Ono, Keiichi Inoue, Rei Abe-Yoshizumi, Hideki Kandori
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 118, issue 18 Pages: 4784-4792

    • DOI

      10.1021/jp500756f

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chimeric Proton-Pumping Rhodopsins Containing the Cytoplasmic Loop of Bovine Rhodopsin2014

    • Author(s)
      Kengo Sasaki, Takahiro Yamashita, Kazuho Yoshida, Keiichi Inoue, Yoshinori Shichida, Hideki Kandori
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 9, issue 3 Pages: 91323

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0091323

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermal and spectroscopic characterization of a proton pumping rhodopsin from an extreme thermophile2013

    • Author(s)
      Takashi Tsukamoto, Keiichi Inoue, Hideki Kandori, and Yuki Sudo
    • Journal Title

      The Journal of Biological Chemistry

      Volume: 288, issue 30 Pages: 21581-21592

    • DOI

      10.1074/jbc.M113.479394

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A blue-shifted light-driven proton pump for neural silencing2013

    • Author(s)
      Yuki Sudo, Ayako Okazaki, Hikaru Ono, Jin Yagasaki, Seiya Sugo, Motoshi Kamiya, Louisa Reissig, Keiichi Inoue, Kunio Ihara, Hideki Kandori, Shin Takagi and Shigehiko Hayashi
    • Journal Title

      The Journal of Biological Chemistry

      Volume: 288, issue 28 Pages: 20624-20632

    • DOI

      10.1074/jbc.M113

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of trimer-trimer interaction of bacteriorhodopsin studied by optical spectroscopy and high-speed atomic force microscopy2013

    • Author(s)
      Hayato Yamashita, Keiichi Inoue, Mikihiro Shibata, Takayuki Uchihashi, Jun Sasaki, Hideki Kandori, Toshio Ando
    • Journal Title

      Journal of Structural Biology

      Volume: 184 Pages: 2-11

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2013.02.011

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A light-driven sodium ion pump in marine bacteria2013

    • Author(s)
      Keiichi Inoue, Hikaru Ono, Rei Abe-Yoshizumi, Susumu Yoshizawa, Hiroyasu Ito, Kazuhiro Kogure, Hideki Kandori
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 4 Pages: 1678

    • DOI

      10.1038/ncomms2689

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Absorption spectra and photochemical reactions in a unique photoactive protein, middle rhodopsin MR2012

    • Author(s)
      Keiichi Inoue, Louisa Reissig, Makoto Sakai, Shiori Kobayashi, Michio Homma, Masaaki Fujii, Hideki Kandori, Yuki Sudo
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 116, issue 20 Pages: 5888-5899

    • DOI

      10.1021/jp302357m

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Functional and Spectroscopic Study on the Light-driven Sodium Ion Pump2014

    • Author(s)
      Yoshitaka. Kato, Keiichi Inoue, Hikaru Ono, Rei Abe-Yoshizumi, Hideki Kandori
    • Organizer
      Gordon Research Conference on"Protons & Membrane Reactions"
    • Place of Presentation
      Ventura, USA
    • Year and Date
      20140224-27
  • [Presentation] 光のエネルギーでナトリウムイオンを運ぶ : 光駆動ナトリウムポンプ型ロドプシンの機能とメカニズム2014

    • Author(s)
      井上圭一
    • Organizer
      遺伝研研究会2014「単細胞システムの細胞構築・運動・増殖機構の研究」
    • Place of Presentation
      三島
    • Year and Date
      2014-03-25
    • Invited
  • [Presentation] ナトリウムポンプ型ロドプシンの細胞内機能と分光で迫る分子メカニズム2014

    • Author(s)
      井上圭一
    • Organizer
      日本分光学会平成25年度生細胞分光部会シンポジウム
    • Place of Presentation
      松山
    • Year and Date
      2014-03-07
  • [Presentation] The Chimeric Protein between Bovine Rhodopsin and Microbial Rhodopsin which is Activatable Transducin (G_t)2013

    • Author(s)
      Keiichi Inoue, Kengo Sasaki, Aya Nakatsuma, Takahiro Yamashita, Kazuho Yoshida, Yoshinori Shichida, Hideki Kandori
    • Organizer
      GPCR Workshop 2013
    • Place of Presentation
      Maui, Hawaii, USA
    • Year and Date
      20131201-05
  • [Presentation] The Optical Control of G-protein Activity by Chimeric Proteins of Microbial Rhodopsins and GPCRs2013

    • Author(s)
      Kazuho Yoshida, Keiichi Inoue, Takahiro Yamashita, Rei Abe-Yoshizumi, Kengo Sasaki, Yoshinori Shichida, Hideki Kandori
    • Organizer
      GPCR Workshop 2013
    • Place of Presentation
      Maui, Hawaii, USA
    • Year and Date
      20131201-05
  • [Presentation] Time-resolved FTIR study of a light-driven sodium pump rhodopsin2013

    • Author(s)
      Hui-Fen Chen, Keiichi Inoue, Hideki Kandori
    • Organizer
      The XVIth International Conference on Time-Resolved Vibrational Spectroscopy (TRVS 2013)
    • Place of Presentation
      Beppu, Japan
    • Year and Date
      20130520-21
  • [Presentation] 新たなロドプシンが切り拓く、光操作の新地平2013

    • Author(s)
      井上圭一
    • Organizer
      名古屋工業大学オプトバイオテクノロジー研究センター設立シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2013-12-26
  • [Presentation] 海洋性細菌から発見された光駆動ナトリウムポンプ型ロドプシン2013

    • Author(s)
      井上圭一
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第39回討論会
    • Place of Presentation
      静岡
    • Year and Date
      2013-12-19
  • [Presentation]2013

    • Author(s)
      加藤善隆、井上圭一、大野光、吉住玲、神取秀樹
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会、第39回討論会
    • Place of Presentation
      静岡
    • Year and Date
      2013-12-19
  • [Presentation] 光駆動型ナトリウムポンプの低温赤外分光測定による構造解析2013

    • Author(s)
      大野光、井上圭一、吉住玲、加藤善隆、神取秀樹
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会、第39回討論会
    • Place of Presentation
      静岡
    • Year and Date
      2013-12-19
  • [Presentation] ナノディスクを用いたHaloarcula vallismortisセンサリーロドプシンIの光反応ダイナミクスの研究2013

    • Author(s)
      川本健一、井上圭一、佐々木純、谷ヶ崎仁、本間道夫、須藤雄気、神取秀樹
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会、第39回討論会
    • Place of Presentation
      静岡
    • Year and Date
      2013-12-19
  • [Presentation] 海洋性の細菌から見つかった光駆動型ナトリウムポンプ2013

    • Author(s)
      井上圭一
    • Organizer
      大阪市立大学セミナー
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2013-12-18
  • [Presentation] 光駆動ナトリウムポンプの発見と展開2013

    • Author(s)
      井上圭一
    • Organizer
      分子研研究会「ロドプシン研究の故きを温ねて新しきを知る」
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2013-11-18
  • [Presentation] 光駆動型ナトリウムポンプの低温赤外分光測定2013

    • Author(s)
      大野光、井上圭一、吉住玲、神取秀樹
    • Organizer
      分子研研究会「ロドプシン研究の故きを温ねて新しきを知る」
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2013-11-18
  • [Presentation] ナノディスクを用いたセンサリーロドプシンIの光反応ダイナミクスの研究2013

    • Author(s)
      川本健一、井上圭一、佐々木純、谷ヶ崎仁、本間道夫、須藤雄気、神取秀樹
    • Organizer
      分子研研究会「ロドプシン研究の故きを温ねて新しきを知る」
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2013-11-18
  • [Presentation] G_sおよびG_qの光制御に向けた新規キメラタンパク質のデザイン2013

    • Author(s)
      吉田一帆、井上圭一、山下高廣、吉住玲、佐々木賢吾、七田芳則、神取秀樹
    • Organizer
      分子研研究会「ロドプシン研究の故きを温ねて新しきを知る」
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2013-11-18
  • [Presentation] Laser Flash Photolysis study on Photochemistry of Rhodopsin Mimics2013

    • Author(s)
      Keiichi Inoue, Yuuya Ozaki, James H. Geiger, Babak Borhan, Hideki Kandori
    • Organizer
      The 51th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2013-10-28
  • [Presentation] 青色受容型アーキロドプシン3変異体のイオン輸送特性と光化学反応2013

    • Author(s)
      井上圭一、谷ヶ崎仁、下野和実、宮内正二、林重彦、神取秀樹、須藤雄気
    • Organizer
      第7回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2013-09-27
  • [Presentation] Mechanism of light-driven sodium ion pump2013

    • Author(s)
      Hikaru Ono, Keiichi Inoue, Rei Abe-Yoshizumi, Hideki Kandori
    • Organizer
      IGER International Symposium on Cell Surface Structures and Functions
    • Place of Presentation
      Nagoya, Japan
    • Year and Date
      2013-09-02
  • [Presentation] Differences of Photo Reaction Dynamics of Sensory Rhodopsin I in Acidic- and Alkaline forms2013

    • Author(s)
      Kenichi Kawamoto, Keiichi Inoue, Jin Yagasaki, Yuki Sudo, Michio Homma, Hideki Kandori
    • Organizer
      IGER International Symposium on Cell Surface Structures and Functions
    • Place of Presentation
      Nagoya, Japan
    • Year and Date
      2013-09-02
  • [Presentation] 分光学者と微生物型ロドプシン : 分子の基礎研究と応用への路2013

    • Author(s)
      井上圭一
    • Organizer
      第45回分子病態医学セミナー
    • Place of Presentation
      東温
    • Year and Date
      2013-07-10
  • [Presentation] 「数」を視点とした走光性信号伝達過程における信号増幅機構の解明2013

    • Author(s)
      井上圭一
    • Organizer
      第65回日本細胞生物学会大会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2013-06-20
  • [Presentation] 青色光受容型プロトンポンプによる神経活動抑制2013

    • Author(s)
      須藤雄気、岡崎史子、大野光、谷ヶ崎仁、須郷聖也、神谷基司、Louisa Reissig、井上圭一、井原邦夫、神取秀樹、高木新、林重彦
    • Organizer
      第40回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2013-06-08
  • [Presentation] ナトリウムポンプ型ロドプシン(NaR)のイオン輸送ダイナミクス研究2013

    • Author(s)
      井上圭一、大野光、吉住玲、吉澤晋、木暮一啓、神取秀樹
    • Organizer
      第40回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2013-06-07
  • [Presentation] 微生物型ロドプシンを用いた光駆動性G_s及びG_q活性型キメラタンパク質の構築2013

    • Author(s)
      吉田一帆、山下高廣、佐々木賢吾、吉住玲、井上圭一、七田芳則、神取秀樹
    • Organizer
      第40回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2013-06-07
  • [Presentation] Differences of Photo Reactions of Haloarcula vallismortis Sensory Rhodopsin I in Acidic- and Alkaline forms2013

    • Author(s)
      Kenichi Kawamoto, Keiichi Inoue, Jin Yagasaki, Yuki Sudo, Michio Homma, Hideki Kandori
    • Organizer
      IMS Workshop on "Hierarchical Molecular Dynamics : From Ultrafast Spectroscopy to Single Molecule Measurements"
    • Place of Presentation
      Okazaki, Japan
    • Year and Date
      2013-05-25
  • [Presentation] Design of new chimeric proteins for optical activation of G proteins2013

    • Author(s)
      Kazuho Yoshida, Takahiro Yamashita, Kengo Sasaki, Rei Abe-Yoshizumi, Keiichi Inoue, Yoshinori Shichida, Hideki Kandori
    • Organizer
      IMS Workshop on "Hierarchical Molecular Dynamics : From Ultrafast Spectroscopy to Single Molecule Measurements"
    • Place of Presentation
      Okazaki, Japan
    • Year and Date
      2013-05-25
  • [Presentation] 物理化学的アプローチによる新奇光駆動型Na^+/H^+ハイブリッドポンプロドプシンの研究2013

    • Author(s)
      井上圭一
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会(2013)・若い世代の特別講演会
    • Place of Presentation
      草津
    • Year and Date
      2013-03-25
  • [Presentation] 海から見つかった新奇光駆動ナトリウムポンプ型ロドプシンについて2013

    • Author(s)
      井上圭一
    • Organizer
      日本分光学会平成24年度中部支部東海・信州ブロック分子科学研究所講演会
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2013-03-21
  • [Presentation] 海洋性細菌の光駆動ナトリウムポンプ2013

    • Author(s)
      大野光、井上圭一、吉住玲、吉澤晋、伊藤洋康、木暮一啓、神取秀樹
    • Organizer
      平成24年度生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋(ポスター賞受賞)
    • Year and Date
      2013-02-19
  • [Presentation] G_qおよびG_s活性型キメラ蛋白質の開発2013

    • Author(s)
      吉田一帆、佐々木賢吾、吉住玲、井上圭一、神取秀樹
    • Organizer
      平成24年度生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2013-02-19
  • [Presentation] 光で遺伝子発現を誘導するタンパク質の開発2012

    • Author(s)
      井上圭一
    • Organizer
      名工大・名市大合同テクノフェア2012
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-12-12
  • [Presentation] グロイオバクター(GR)の光反応中間体で起こる過渡的な体積及び会合数の変化2012

    • Author(s)
      永田久美子、井上圭一、神取秀樹
    • Organizer
      第43回中部化学関係学協会支部連合秋季大会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-11-11
  • [Presentation] 海洋性細菌より発見された新規微生物型ロドプシンの構造機能相関の研究2012

    • Author(s)
      大野光、井上圭一、神取秀樹
    • Organizer
      第43回中部化学関係学協会支部連合秋季大会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-11-11
  • [Presentation] センサリーロドプシンIの酸性型および塩基性型の2つの状態の光反応ダイナミクスの違い2012

    • Author(s)
      川本健一、井上圭一、谷ヶ崎仁、須藤雄気、本間道夫、神取秀樹
    • Organizer
      第43回中部化学関係学協会支部連合秋季大会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-11-11
  • [Presentation] 海洋性細菌から発見した新しいロドプシン2012

    • Author(s)
      大野光、井上圭一、吉住玲、吉澤晋、木暮啓一、伊藤洋康、神取秀樹
    • Organizer
      第4回光操作研究会
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2012-09-28
  • [Presentation] 分光計測で迫るロドプシンの構造・機能ダイナミクス2012

    • Author(s)
      井上圭一
    • Organizer
      第4回光操作研究会
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2012-09-27
  • [Presentation] Physiological role and molecular properties of proteorhodopsin from marine bacterium2012

    • Author(s)
      Rei Abe-Yoshizumi, Keiichi Inoue, Susumu Yoshizawa, Kazuhiro Kogure, Hideki Kandori
    • Organizer
      The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Nagoya, Japan
    • Year and Date
      2012-09-23
  • [Presentation] Spectroscopic study of photoreaction dynamics of Groeobacter rhodopsin2012

    • Author(s)
      Kumiko Nagata, Keiichi Inoue, Hideki Kandori
    • Organizer
      The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Nagoya, Japan
    • Year and Date
      2012-09-22
  • [Presentation] 海洋細菌から見つかった新規なアミノ酸配列を持つロドプシンの機能解明2012

    • Author(s)
      井上圭一、鷲崎涼、吉澤晋、吉住玲、木暮一啓、神取秀樹
    • Organizer
      第6回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2012-09-21
  • [Presentation] センサリーロドプシンIの光反応ダイナミクスの研究2012

    • Author(s)
      川本健一、井上圭一、谷ヶ崎仁、須藤雄気、本間道夫、神取秀樹
    • Organizer
      第6回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2012-09-21
  • [Presentation] ロドプシンの謎に分子科学は迫れるか?

  • [Remarks]

    • URL

      http://www.ach.nitech.ac.jp/~physchem/kandori/index_j.html

  • [Remarks] 受賞1.井上圭一 平成26年度文部科学大臣表彰・若手研究者賞、研究テーマ「微生物型ロドプシンの物理化学研究」

  • [Remarks] 井上圭一 平成25年度公益財団法人光科学技術研究振興財団 研究表彰、研究テーマ「光駆動型ナトリウムポンプの発見」

URL: 

Published: 2015-06-25  

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