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2014 Fiscal Year Annual Research Report

電子線結晶構造解析によるクーロンポテンシャルの可視化

Research Project

Project/Area Number 24657111
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

米倉 功治  独立行政法人理化学研究所, 放射光科学総合研究センター, 准主任研究員 (50346144)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 眞木 さおり  独立行政法人理化学研究所, 放射光科学総合研究センター, 研究員 (20513386)
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Keywords構造生物学 / 結晶構造解析
Outline of Annual Research Achievements

生体マシンの作動原理の解明、創薬への応用を目指し、生体分子が機能を発現する上で本質的に重要な因子となるクーロンポテンシャルの可視化を行った。X線は原子の電子雲に散乱されるのに対して、電子は原子のクーロンポテンシャルに散乱される。クーロン力は長距離に渡って作用するため、いろいろな生命活動に大きな影響を及ぼす。例えば、プロトン輸送やイオンの配位、蛋白質の安定性、化学反応にも深く関与している。本研究では、蛋白質のごく薄い三次元結晶の電子線回折から、そのクーロンポテンシャルマップを得る新技術の開発を目指した。クーロンポテンシャルは、X線結晶構造解析では得ることのできない情報であり、これまでに実験的に測定する汎用的な手法は存在しなかった。
26年度は、筋小胞体Ca2+-ATPase、牛肝臓カタラーゼのごく薄い三次元結晶から集めた電子線回折パターンを処理し、それぞれ3.4 Åと3.2 Å分解能のクーロンポテンシャルマップを取得した。中性とイオン化した原子の電子線に対する原子散乱因子を用いて詳細に解析した結果、アミノ酸側鎖、金属イオンの荷電状態の可視化に成功した(Yonekura et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2015)。

  • Research Products

    (10 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Electron crystallography of ultra-thin 3D protein crystals: atomic model with charges2015

    • Author(s)
      K. Yonekura, K. Kato, M. Ogasawara, M. Tomita and C. Toyoshima
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      Volume: 112 Pages: 3368-3373

    • DOI

      10.1073/pnas.1500724112

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Signal-enhancement and Patterson-search phasing for high-spatial-resolution coherent X-ray diffraction imaging of biological objects2015

    • Author(s)
      Y. Takayama, S. Maki-Yonekura, T. Oroguchi, M. Nakasako and K. Yonekura
    • Journal Title

      Sci. Rep.

      Volume: 5 Pages: 8074

    • DOI

      10.1038/srep08074

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single shot three-dimensional imaging of high-index-faceted nanocrystals with femtosecond X-ray free electron laser pulses2014

    • Author(s)
      R. Xu, H. Jiang, C. Song, Z. Huang, J. A. Rodriguez, C-C. Chen, D. Nam, J. Park, M. Gallagher-Jones, S. Kim, S. Kim, A. Suzuki, Y. Takayama, T. Oroguchi, Y. Takahashi, J. Fan, Y. Zou, T. Hatsui, Y. Inubushi, T. Kameshima, K. Yonekura et al.
    • Journal Title

      Nat. Commun.

      Volume: 5 Pages: 4061

    • DOI

      10.1038/ncomms5061

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 低温電子顕微鏡における三次元再構成2015

    • Author(s)
      米倉功治
    • Organizer
      SACLAにおける低温X線回折イメージング実験の展開と標準化
    • Place of Presentation
      慶応大学 矢上キャンパス
    • Year and Date
      2015-03-20 – 2015-03-20
    • Invited
  • [Presentation] 低温電子顕微鏡法による三次元結晶と単粒子構造解析2015

    • Author(s)
      米倉功治
    • Organizer
      平成26年度「分子システム研究」研究報告会
    • Place of Presentation
      埼玉 和光
    • Year and Date
      2015-02-24 – 2015-02-25
    • Invited
  • [Presentation] 低温電子顕微鏡法によるタンパク質構造解析 “膜タンパク質及びタンパク質複合体への応用”2014

    • Author(s)
      米倉功治
    • Organizer
      理研-武田WS「インシリコ技術による効率的な創薬手法の開発」 ~ タンパク質構造解析の最前線 ~
    • Place of Presentation
      武田薬品工業(株) 湘南研究所
    • Year and Date
      2014-10-28 – 2014-10-28
    • Invited
  • [Presentation] Electron Crystallography of Thin Protein Crystals2014

    • Author(s)
      Koji Yonekura
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会 「生化学研究における電子顕微鏡技術の最前線」 The cutting edge of electron microscopy for the field of biochemistry
    • Place of Presentation
      京都府 京都国際会館
    • Year and Date
      2014-10-16 – 2014-10-16
    • Invited
  • [Presentation] Electron Crystallography of 3D Protein Crystals2014

    • Author(s)
      Koji Yonekura
    • Organizer
      Gordon Research Conference: Three Dimensional Electron Microscopy
    • Place of Presentation
      Girona, Spain
    • Year and Date
      2014-06-22 – 2014-06-27
  • [Presentation] Electron Crystallography of an Energizing Channel Complex2014

    • Author(s)
      Saori Maki-Yonekura
    • Organizer
      Gordon Research Conference: Three Dimensional Electron Microscopy
    • Place of Presentation
      Girona, Spain
    • Year and Date
      2014-06-22 – 2014-06-27
  • [Remarks] 微小で薄いタンパク質結晶の電子線構造解析 -これまで利用できなかった結晶から電荷を可視化-

    • URL

      http://www.riken.jp/pr/press/2015/20150223_1/

URL: 

Published: 2016-06-01  

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