絶滅危惧動物の飼育集団に関するＤＮＡ多型と血統の情報による集団構造解析手法の開発

2013 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 24658235
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: 祝前 博明 京都大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (00109042)
• Keywords: 絶滅危惧動物 / コウノトリ / 人工飼育集団 / 一塩基多型 / 次世代シークエンサー / 遺伝的多様性

Research Abstract

本年度は、まず、念のため、RRL法に関わるライブラリーの作製条件すなわち制限酵素とサイズフラクションとの組み合わせ等についての追加実験を行い、先に決定した組み合わせが最適であることを再確認した。
次に、5羽の各始祖個体におけるSNP候補のマーカー型の検討を行った結果、メジャーアリルホモ型はいずれの個体も23,000程度、マイナーアリルホモ型は約800～1,500、ヘテロ型はいずれの個体も15,000程度であり、ヘテロ型の割合は37.5～38.3%であることが明らかとなった。特定の始祖個体に特異的なSNPアリルの数は、約1,800～3,400の範囲の数であった。始祖個体の各二組間でマーカー型が一致したSNPの割合は、最大で57.1%、最小で46.8%であった。
さらに、これらの多量のSNP候補のマーカー型データから、始祖個体間の遺伝的関係行列を評価するとともに、主成分分析を実施し、多変量解析の観点から始祖個体間の遺伝的関係の有用情報を得た。