2013 Fiscal Year Annual Research Report
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24659285
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| Research Institution | Kanazawa Medical University |
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Principal Investigator |
飯沼 由嗣 金沢医科大学, 医学部, 教授 (90303627)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
馬場 尚志 金沢医科大学, 医学部, 准教授 (60359750)
鈴木 匡弘 愛知県衛生研究所, 生物学部, 研究員 (70446649)
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| Keywords | 緑膿菌 / 遺伝子タイピング / POT法 / MLST |
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| Research Abstract |
新たな緑膿菌のデジタル遺伝子タイピング法（緑膿菌PCR-based ORF typing; POT法）開発のために、全ゲノムシークエンスが判明している緑膿菌3株（PA7(NC_009656)、PA14(NC_008463)、PA01(NC_002516)）のゲノム塩基配列を比較し、菌株により保有状況の異なる部分のデータから候補となるOpen Reading Frame（ORF）を100個前後選別した。さらに、臨床分離株のORF保有状況からPOT法に利用できるORF候補を24個に絞り込み、アウトブレイク株や多剤耐性緑膿菌（MDRP）などを用いて検討し、加えてパルスフィールド電気泳動（PFGE）法やMultilocus Sequence Typing（MLST）法との比較を行い、最終的に10個のgenomic islet由来ORFを選定し、加えて菌株識別能を高めるために、5個のgenomic island由来ORFを選択した。さらに、メタロ-β-ラクタマーゼ（MBL）遺伝子（IMPおよびVIMグループ）および緑膿菌マーカー遺伝子も加えて、10および9-plexのmultiplex PCRにより判定できるようprimer設定を行った。POTは、遺伝子の有無を10進法に変換し、genomic islet部分の遺伝子の有無が前半の数字（POT1）に、genomic islandおよびMBL遺伝子の有無が後半の数字（POT2）となるようにした。POT1がST型（MLSTによって示される緑膿菌の系統）と関連することは昨年度の研究でも示されたが、さらに臨床分離株の追加し解析を行った結果、POT1とST型が1：1で一致する場合と、同一POT型に複数のST型の菌株が含まれる場合があった。また、ST235を示す多剤耐性クローンが本システムで判定可能であることが示された。PFGEとの比較では、Simpson's index=0.994とほぼ同程度の菌株識別能を有することが示された。
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