2013 Fiscal Year Research-status Report
次世代シーケンスによリ同定された個別遺伝子変異を標的としたがんワクチンの開発
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24659625
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
中島 淳 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (90188954)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
佐野 厚 東京大学, 医学部附属病院, 登録研究員 (20569834)
村川 知弘 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (50359626)
垣見 和宏 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (80273358)
松下 博和 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (80597782)
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| Keywords | 肺がん / 膵がん / 次世代シーケンス / 全エクソームシーケンス / 全RNAシーケンス / ミスセンス変異 / 変異ペプチド / 固有抗原 |
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| Research Abstract |
本研究の目的は、個々の肺がんにおける遺伝子変異に基づく固有抗原の同定と肺がんの個別化がん免疫治療の開発である。次世代シーケンスとMHC class I binding prediction法を用いて、肺がん患者から免疫原性の強い固有抗原の同定を行う。肺がん組織のがん部と非がん部から次世代シーケンサーによりがん特異的なミスセンス変異を同定する。この変異によりつくられる変異ペプチドのアフィニティをImmune Epitope Database and Analysis Resourceを用いて計算し候補となる固有抗原を選出する。
肺がんに先立ち、既に当院でがん組織のがん部と非がん部の両方がセットで入手可能であった膵がん組織計5例PK001～PK005で解析した。まず、全エクソームシーケンスにより、がん部と非がん部のエクソームを比較することで１例あたり平均1028個（719-1673個）の腫瘍特異的変異を同定し、その中でコーディング領域に存在する変異を平均147個（86-299個）同定した。さらに、全RNA シーケンスのデータをもとにRNAの発現が見られるものに絞り、最終的には１例あたりミスセンス変異を平均128個（78-251個）同定した。この変異由来の変異ペプチドのMHC class Iへのアフィニティ（比較的強いと考えられる IC50<500）を指標にして、固有抗原数 (HLA-A2あるいはHLA-A24拘束性のいずれか)を計算したところ、１例あたり平均53個（11-116個）となった。
膵がんに続き、肺がんにおいてもがん部と非がん部が両方そろうものを5例収集しシーケンスを開始した。膵がん組織を用いて構築した固有抗原同定システムをそのまま肺がんにも応用し固有抗原を同定していく。本研究期間内に、将来個別化がん免疫治療を行っていく準備段階としての抗原同定システムを構築することができた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
膵がん組織を用いて構築した固有抗原同定システムをそのまま肺がんにも応用し固有抗原を同定していく道筋を立てることができた。すなわち、本研究期間内に、将来個別化がん免疫治療を行っていく準備段階としての抗原同定システムを構築することができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
肺癌においてさらに次世代シーケンスとMHC class I binding prediction法を用いて、肺がん患者から免疫原性の強い固有抗原の同定を行う。肺がん組織のがん特異的なミスセンス変異を同定し、この変異によりつくられる変異ペプチドのアフィニティをImmune Epitope Database and Analysis Resourceを用いて計算し候補となる固有抗原を選出する。現在肺癌組織を得ることができたため、膵がんと同様の方法で進める予定である。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
膵がんにおいて次世代シーケンス法による固有抗原同定法を確立したが、肺癌においてはまだすべての採取組織において次世代シーケンス法を施行できなかった。
肺癌においてさらに次世代シーケンスとMHC class I binding prediction法を用いて、肺がん患者から免疫原性の強い固有抗原の同定を行う。肺がん組織のがん特異的なミスセンス変異を同定し、この変異によりつくられる変異ペプチドのアフィニティをImmune Epitope Database and Analysis Resourceを用いて計算し候補となる固有抗原を選出する。研究成果を発表する。
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Research Products
(10 results)
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[Journal Article] High-grade lung adenocarcinoma with fetal lung-like morphology: clinicopathologic, immunohistochemical, and molecular analyses of 17 cases.2013
Author(s)
Morita S, Yoshida A, Goto A, Ota S, Tsuta K, Yokozawa K, Asamura H, Nakajima J, Takai D, Mori M, Oka T, Tamaru J, Itoyama S, Furuta K, Fukayama M, Tsuda H.
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Journal Title
Am J Surg Pathol
Volume: 37
Pages: 924-932
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] FER overexpression is associated with poor postoperative prognosis and cancer-cell survival in non-small cell lung cancer.2013
Author(s)
Kawakami M, Morita S, Sunohara M, Amano Y, Ishikawa R, Watanabe K, Hamano E, Ohishi N, Nakajima J, Yatomi Y, Nagase T, Fukayama M, Takai D.
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Journal Title
Int J Clin Exp Pathol
Volume: 6
Pages: 598-612
Peer Reviewed
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