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2013 Fiscal Year Annual Research Report

標本とDNAによる日本と周辺諸国の同種キノコの実体解明

Research Project

Project/Area Number 24680085
Research InstitutionNational Museum of Nature and Science, Tokyo

Principal Investigator

保坂 健太郎  独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 研究員 (10509417)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2016-03-31
Keywordsキノコ / DNA / 標本 / 分布 / 種同定
Research Abstract

世界的に広く分布する種がキノコでは多数知られている。しかし多くの場合それは同じ「名前」が使われているだけで、実際には全く異なる種を扱っているのではないだろうか?申請者は、未知種に対して、博物館が収蔵しているキノコ標本が少なすぎることが問題の一つと考え、日本および周辺地域で集中的に標本採集を行い、DNAデータとともに資料の充実を図る。それらをもとに、「同種」とされているキノコが本当に同じ種であるのか、全くの別種であるのかを明らかにすることで、キノコの分布域を推定する。そしてこれらの情報を他博物館・標本庫と共有することで、博物館資料(キノコ標本とそれに付随するデータ)の質向上を目的とする。
平成25年度は、共通種を洗い出すために、ニュージーランドと日本のチェックリストを比較し、前年度に抜き出し済みのオーストラリア・日本間の共通種と対照することで対象種を選定した。また、現地調査にむけて、オーストラリア、ニュージーランド、韓国、台湾、中国の研究協力者と協議をすすめ、平成26年度以降の調査の具体案を作成した。
野外調査は日本各地およびニュージーランドで行った。国内の主な調査地は小笠原諸島、沖縄諸島沖縄島、南西諸島石垣島、宮古諸島宮古島・多良間島・伊良部島、奄美大島、屋久島、種子島、富士山周辺地域、日光周辺地域、福島県、広島県、および週1回のペースでの重点調査地として茨城県つくば市の筑波実験植物園である。これらの調査の結果、当初目標の3000点を上回る約3500点の標本を得た。
DNA解析においては、上記約3500点の全点からDNAを抽出し、菌類の正式なバーコード領域である核ITS領域の塩基配列を決定済みである。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

標本点数は当初目標の年3000点を上回るペースで得ることができている。また、得られた標本の全点において、新鮮な状態の写真撮影、組織片のバッファー保存、DNA抽出、およびバーコード領域のシーケンスを済ませている。以上については、当初の計画以上に進展していると言える。ただし、調査目的地のうちオーストラリアと台湾における調査が未定となっており、早急に計画に組み入れる必要があるため。

Strategy for Future Research Activity

当初予定していた海外調査のうち、オーストラリアおよび台湾での調査を実行できなかったが、平成26・27年度は毎年1回以上の海外調査を、現地の研究協力者と連絡をとりあい可能にする。平成26年度はニュージーランドおよび中国、平成27年度はオーストラリア、韓国、台湾での調査を予定している。国内調査は前年度に引き続き、日本各地で行う。国内・国外あわせて年間3000点の標本を確保し、その全点の写真撮影、DNA抽出、およびバーコード領域の塩基配列を決定する。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

実験業務補助としてポスドクもしくは非常勤職員を雇用予定であったが、適任者が見つからず、人件費の執行が予定より大幅に減った。また、南半球を中心とする海外調査を長期間行う予定であったが、現地共同研究者との調整に難航し、翌年度以降の調査に変更するなどした結果、旅費は当初予定額よりも大幅に減った。その他、実験室で使用する試薬類を市販キットを使用していたが、実験室で自ら調整するなどした結果、大幅なコストカットが可能となったことから、物品費(特に試薬類)は今後も削減できると考えている。以上より、次年度使用額が生じている。
平成26年度は、年度初めからニュージーランド、その後中国、タイなどの海外調査を予定しており、既に現地共同研究者との調整は順調に進んでいる。その他、国内でも小笠原諸島、南西諸島をはじめとする遠隔地の他、本州各地における長期の野外調査を予定している。そのため、旅費の支出額については昨年度よりも大幅に増加することを見込んでいる。また、人件費についても、実験補助として新たに雇用を予定しており、これにより昨年度よりも大幅に支出が増えることを想定している。以上より、平成26年度から平成27年度への基金分繰越額は大幅に減少することを見込んでいる。

  • Research Products

    (35 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (14 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (16 results) (of which Invited: 5 results) Book (5 results)

  • [Journal Article] 皇居吹上御苑のスダジイ林とクヌギ林におけるキノコ類メタゲノム解析(予報)2014

    • Author(s)
      保坂健太郎・宇野邦彦・南京沃
    • Journal Title

      Memoirs of the National Museum of Nature and Science, Tokyo

      Volume: 49 Pages: 171-178

  • [Journal Article] 皇居吹上御苑の菌類目録(ハラタケ綱,シロキクラゲ綱,アカキクラゲ綱)2014

    • Author(s)
      長澤栄史・保坂健太郎
    • Journal Title

      Memoirs of the National Museum of Nature and Science, Tokyo

      Volume: 49 Pages: 113-125

  • [Journal Article] 第II期調査で得られた皇居吹上御苑の子嚢菌類2014

    • Author(s)
      細矢剛・保坂健太郎
    • Journal Title

      Memoirs of the National Museum of Nature and Science, Tokyo

      Volume: 49 Pages: 103-112

  • [Journal Article] 皇居吹上御苑のケカビ類2014

    • Author(s)
      出川洋介・陶山舞・瀬戸健介・中島淳志・森下奈津子・細矢剛・保坂健太郎
    • Journal Title

      Memoirs of the National Museum of Nature and Science, Tokyo

      Volume: 49 Pages: 147-169

  • [Journal Article] 2012年採集の皇居産変形菌類2014

    • Author(s)
      山本幸憲・松本淳・細矢剛・保坂健太郎・山崎勇人・島野田鶴子
    • Journal Title

      Memoirs of the National Museum of Nature and Science, Tokyo

      Volume: 49 Pages: 185-192

  • [Journal Article] Updates on Protubera (Protophallaceae, Phallales) and additional notes on P. maracuja2014

    • Author(s)
      Trierveiler-Pereira, L., A. A. R. Meijer, K. Hosaka and R. M. B. Silveira
    • Journal Title

      Mycoscience

      Volume: 55 Pages: 35-42

    • DOI

      10.1016/j.myc.2013.05.001

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 2013年度日本菌学会菌類観察会目録2014

    • Author(s)
      細矢剛・保坂健太郎・後藤康彦・服部力・長澤栄史
    • Journal Title

      日本菌学会ニュースレター

      Volume: 2014-1 Pages: 7-11

  • [Journal Article] Rhizopogon togasawarensis sp. nov., the first report of Rhizopogon associated with an Asian species of Pseudotsuga2014

    • Author(s)
      Mujic, A.B., K. Hosaka, J.W. Spatafora
    • Journal Title

      Mycologia

      Volume: 106 Pages: 105-112

    • DOI

      10.3852/13-055

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 茨城県におけるヒタチノスナジホコリタケ(担子菌門,ハラタケ科)の追加記録およびその系統的位置2013

    • Author(s)
      糟谷大河・宇野邦彦・保坂健太郎
    • Journal Title

      茨城県自然博物館研究報告

      Volume: 16 Pages: 43-49

  • [Journal Article] Laccaria (Agaricomycetes, Basidiomycota) from Tibet (Xizang Autonomous Region, China)2013

    • Author(s)
      Wilson, A. W., K. Hosaka, B. A. Perry and G. M. Mueller
    • Journal Title

      Mycoscience

      Volume: 54 Pages: 406-419

    • DOI

      10.1016/j.myc.2013.01.006

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Naemacyclus culmigenus, a newly reported potential pathogen to Miscanthus sinensis, new to Japan2013

    • Author(s)
      Hosoya T., K. Hosaka, Y. Saito, Y. Degawa and R. Suzuki
    • Journal Title

      Mycoscience

      Volume: 54 Pages: 433-437

    • DOI

      10.1016/j.myc.2013.02.002

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Assessment of the DNA quality in mushroom specimens: a recovery of the whole ITS sequence from fragmented DNA of the type specimen2013

    • Author(s)
      Hosaka, K. and K. Uno
    • Journal Title

      Bulletin of the National Museum of Nature and Science, Series B

      Volume: 39 Pages: 53-60

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 遺伝子解析によるキノコの同定2013

    • Author(s)
      保坂健太郎
    • Journal Title

      中毒研究

      Volume: 26 Pages: 205-209

  • [Journal Article] The rare terrestrial orchid Nervilia nipponica consistently associates with a single group of novel mycobionts2013

    • Author(s)
      Nomura, N., Y. Ogura-Tsujita, S.W. Gale, A. Maeda, H. Umata, K. Hosaka, T. Yukawa
    • Journal Title

      Journal of Plant Research

      Volume: 126 Pages: 613-623

    • DOI

      10.1007/s10265-013-0552-8

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 次世代シーケンスで微生物の多様性を把握するために知っておくべきこと2014

    • Author(s)
      保坂健太郎・宇野邦彦・南京沃
    • Organizer
      日本植物分類学会第13回大会
    • Place of Presentation
      熊本
    • Year and Date
      20140321-20140323
  • [Presentation] Sequencing all mushrooms and associated taxa from the Tsukuba Botanical Garden, Japan: merging all data from fruit body survey and metagenomic analyses2013

    • Author(s)
      Hosaka, K.
    • Organizer
      International Symposium of the 10th Anniversary of Korea National Herbarium: Role of the Arboretum and Botanical Garden against Climate Change of the East Asia
    • Place of Presentation
      Pocheon, Korea
    • Year and Date
      20131105-20131108
    • Invited
  • [Presentation] 南の島のきのこの起源を探る~小笠原と沖縄をモデルケースとして~2013

    • Author(s)
      保坂健太郎
    • Organizer
      2013年度日本きのこ学会きのこセミナー
    • Place of Presentation
      石垣
    • Year and Date
      20131102-20131104
    • Invited
  • [Presentation] Taxonomic study on the Geastrum triplex complex inferred from morphology and molecular phylogeny2013

    • Author(s)
      Kasuya, T., K. Hosaka, K. Uno and M. Kakishima
    • Organizer
      Asian Mycological Congress
    • Place of Presentation
      北京
    • Year and Date
      20130819-20130823
  • [Presentation] “Sequencing-all-mushroom” project at the Tsukuba Botanical Garden, Japan: merging all data from fruit body survey and metagenomic analyses2013

    • Author(s)
      Hosaka, K., K. Uno, K. Nam, K. Nishibori, M. Otsuka, Y. Muramatsu, K. Tsukagoshi, K. Kitabayashi and Y. Saito
    • Organizer
      Asian Mycological Congress
    • Place of Presentation
      北京
    • Year and Date
      20130819-20130823
    • Invited
  • [Presentation] Integrating the fungal database in Japan2013

    • Author(s)
      Hosoya, T. and K. Hosaka
    • Organizer
      Asian Mycological Congress
    • Place of Presentation
      北京
    • Year and Date
      20130819-20130823
    • Invited
  • [Presentation] 大分県で発見された日本新産種Mattiloromyces terfezioidesについて2013

    • Author(s)
      村上康明・佐々木廣海・保坂健太郎
    • Organizer
      日本菌学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20130608-20130609
  • [Presentation] 白山のハイマツ帯に優占するハクサンアカネハツの学名2013

    • Author(s)
      河原栄・糟谷大河・下野義人・松岡俊輔・宇野邦彦・保坂健太郎
    • Organizer
      日本菌学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20130608-20130609
  • [Presentation] カヤバノクヌギタケの系統的位置と生態的特性2013

    • Author(s)
      糟谷大河・黒川悦子・橋屋誠・名部みち代・名部光男・宇野邦彦・保坂健太郎
    • Organizer
      日本菌学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20130608-20130609
  • [Presentation] きのこ標本のDNA保存状態と乾燥温度および燻蒸剤がもたらす影響評価2013

    • Author(s)
      保坂健太郎・宇野邦彦
    • Organizer
      日本菌学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20130608-20130609
  • [Presentation] 単独に抽出した670種類のキノコ類DNAを人為的に混合し、次世代シーケンサ(Roche GS Junior)で擬似メタゲノム解析を行った場合、どのように検出できるのか?2013

    • Author(s)
      宇野邦彦・南京沃・保坂健太郎
    • Organizer
      日本菌学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20130608-20130609
  • [Presentation] 既存ならびに新規シークエンスデータベースによるブナ林における内生菌類相の分子同定2013

    • Author(s)
      細矢剛・保坂健太郎・広瀬大
    • Organizer
      日本菌学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20130608-20130609
  • [Presentation] 担子菌類子実体内に生息する双翅目類幼虫の腸管内胞子の動態観察2013

    • Author(s)
      北林慶子・保坂健太郎・矢口行雄
    • Organizer
      日本菌学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20130608-20130609
  • [Presentation] スッポンタケ目の分子系統と沖縄周辺の要検討種2013

    • Author(s)
      保坂健太郎・Larissa Trierveiler Pereira
    • Organizer
      沖縄生物学会
    • Place of Presentation
      西原
    • Year and Date
      20130525-20130526
  • [Presentation] 国立科学博物館で進行中のキノコ多様性プロジェクト

    • Author(s)
      保坂健太郎
    • Organizer
      第13回糸状菌分子生物学コンファレンス
    • Place of Presentation
      つくば
    • Invited
  • [Presentation] スッポンタケ目の分子系統で得られた新知見

    • Author(s)
      保坂健太郎・Larissa Trierveiler Pereira
    • Organizer
      平成25年度日本菌学会関東支部年次大会
    • Place of Presentation
      船橋
  • [Book] ウォッチング 日本の固有植物2014

    • Author(s)
      保坂健太郎(分担執筆)
    • Total Pages
      142
    • Publisher
      東海大学出版
  • [Book] ポプラディア大図鑑ワンダ・植物2013

    • Author(s)
      保坂健太郎(分担執筆)
    • Total Pages
      216
    • Publisher
      ポプラ社
  • [Book] 菌類の事典2013

    • Author(s)
      保坂健太郎(分担執筆)
    • Total Pages
      736
    • Publisher
      朝倉書店
  • [Book] 世界の美しいきのこ2013

    • Author(s)
      保坂健太郎(監修)
    • Total Pages
      191
    • Publisher
      パイインターナショナル
  • [Book] しぜんキンダーブック9月号:きのこ2013

    • Author(s)
      保坂健太郎(指導)
    • Total Pages
      28
    • Publisher
      フレーベル出版

URL: 

Published: 2015-05-28  

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