大腸癌の発癌や進展に深く関与しうる長鎖ｎｃＲＮＡの量的・質的な異常の探索

2014 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 24680092
• Research Institution: Sapporo Medical University
• Principal Investigator: 丸山 玲緒 札幌医科大学, 医学部, 准教授 (60607985)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2015-03-31
• Keywords: 長鎖nRNA / 大腸癌 / ヒストン修飾 / DNAメチル化

Outline of Annual Research Achievements

本研究課題は内視鏡によって得られる臨床検体を、次世代シークエンサーを用いて分子レベルで統合的・包括的に解析することにより、大腸癌において重要な役割を果たす長鎖非コードRNA(ncRNA)の量的・質的な異常を同定することを最終的な目的とした。初めに微量な内視鏡検体を次世代シークエンサーで解析するための基盤技術を確立した。これまでに大腸内視鏡検体39検体のヒストン修飾に関するChIPSeqデータ(H3K4me3, H3K27me3)を収集した。さらにTCGAやENCODEプロジェクト等の公共データベースが提供するRNASeqやメチル化データを用いて統合解析を行い、大腸癌において特異的に活性化・不活性化している長鎖ncRNAのリストを作成した。
それらに関して多数の臨床検体でメチル化や発現状態の確認を行った。さらに癌細胞株を用いた分子細胞生物学的な実験により、それら長鎖ncRNAが細胞に及ぼす影響を検証した。これらの一連の解析により、大腸癌において普遍的にDNAメチル化により不活性化している長鎖ncRNAや、癌で高発現しており発癌に関与しうる長鎖ncRNAを同定できた。
また長鎖ncRNAの質的異常を検索する目的で、新学術領域「ゲノム支援」の支援を頂き、長鎖ncRNA領域を含む全エキソン解析を50検体で施行し、癌患者において変異を認める長鎖ncRNAのリストを作成した。いくつかの候補に関しては、より多くの臨床検体を用いた検証作業を行い、ある一定の頻度で変異を認めることを確認した。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Causes of Carryover

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Expenditure Plan for Carryover Budget

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Research Products

• [Journal Article] Analysis of DNA methylation in bowel lavage fluid for detection of colorectal cancer (2014)
  • Author(s): Harada T, Yamamoto E, Yamano HO, Nojima M, Maruyama R, Kumegawa K, Ashida M, Yoshikawa K, Kimura T, Harada E, Takagi R, Tanaka Y, Aoki H, Nishizono M, Nakaoka M, Tsuyada A, Niinuma T, Kai M, Shimoda K, Shinomura Y, Sugai T, Imai K, Suzuki H
  • Journal Title: Cancer prevention research Volume: 7 Pages: 1002-1010
  • DOI: 10.1158/1940-6207
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Systematic identification of long non-coding RNAs involved in gastritis and gastric tumorigenesis. (2014)
  • Author(s): Maruyama R, Kitajima H, Yamamoto E, Niinuma T, Yorozu A, Kumegawa K, Nishiyama K, Tsuyada A, Suzuki R, Kai M, Tokino T, Shinomura Y, Suzuki H.
  • Organizer: 第37回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [Presentation] Systematic identification of long non-coding RNAs involved in gastritis and gastric tumorigenesis. (2014)
  • Author(s): Maruyama R, Kitajima H, Yamamoto E, Niinuma T, Yorozu A, Kumegawa K, Tsuyada A, Suzuki R, Kai M, Tokino T, Shinomura Y, Suzuki H.
  • Organizer: 第73回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [Presentation] Genome-wide identification of lincRNAs epigenetically silenced by DNA methylation in colon cancer (2014)
  • Author(s): Igarashi T, Kumegawa K, Maruyama R, Yamamoto E, Tsuyada A, Suzuki R, Niinuma T, Kai M, Yamano H, Sugai T, Tokino T, Shinomura Y, Suzuki H.
  • Organizer: 第73回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2014-09-25 – 2014-09-27