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2014 Fiscal Year Annual Research Report

プロテオロドプシンを通して海洋生態系に流れ込む太陽光エネルギーの定量化

Research Project

Project/Area Number 24681003
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

吉澤 晋  東京大学, 大気海洋研究所, 講師 (00553108)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Keywords生物海洋 / ロドプシン / 海洋細菌 / 物質循環 / 微生物ゲノム
Outline of Annual Research Achievements

平成26年度は、これまでの研究で決定したゲノムデータおよびデータベース上にあるゲノムデータを用いて、以下の3つの課題を実施した。
1. PRとゲノム上で常にセットで存在する光利用遺伝子の探索: PRを持つ細菌の太陽光利用生態の詳細な理解には、光センサーなどのPR以外の光利用遺伝子の役割解明も重要だと考えられる。本年度は、細菌ゲノム上にPR遺伝子と常にセットで存在する光利用遺伝子の存在の有無を明らかにするため、大規模比較ゲノム解析を実施した。その結果、PR保持細菌に特徴的な光利用遺伝子を複数見つけることに成功した。
2. 機能未知ロドプシンの機能解析: 分離株のゲノムシーケンスを行なった結果、ゲノム上に3つのロドプシン遺伝子を持つ株が見つかり、各ロドプシンの機能解析を行なった結果、光駆動型H+輸送ロドプシン(PR)、二つ目は光駆動型Na+輸送ロドプシン(NaR)、三つ目は光駆動型Cl-輸送ロドプシン(ClRと命名)であることを示した。海洋細菌からCl-輸送するロドプシンが見つかったのは初であり、今後ClRの生理的役割解明が急がれる。この成果から、研究当初に想定していた以上に海洋細菌による光エネルギー利用機構が多様であることが示された。
3. 光照射がロドプシン保持細菌の遺伝子発現に与える影響の評価: これまでの研究で明らかにした、NaRおよびClR遺伝子の発現条件はまだ全く分かっていない。そこで、光照射がロドプシン遺伝子発現に与える影響の解析に、当初計画していたPR遺伝子を持つ海洋細菌の他に、NaRやClR遺伝子を持つ細菌株も用いた。本年度はこれらの菌株を用いた予備実験を実施し光照射で増殖に違いのでる培養条件を見出した。今後は、見出した培養条件をもとに網羅的mRNA解析(トランスクリプトーム)を実施し、各ロドプシンの生理的役割解明の手がかりとしたい。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Causes of Carryover

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Expenditure Plan for Carryover Budget

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (12 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Pelagitalea pacifica gen. nov., sp. nov., a New Marine Bacterium Isolated from Seawater2015

    • Author(s)
      Hyunsang Lee, Susumu Yoshizawa, Kazuhiro Kogure, Hyun Soo Kim and Jaewoo Yoon
    • Journal Title

      Current Microbiology

      Volume: 70 Pages: 514-519

    • DOI

      10.1007/s00284-014-0750-1

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Complete Genome Sequence of Winogradskyella sp. PG-2, a Proteorhodopsin-Containing Marine Flavobacterium2014

    • Author(s)
      Yohei Kumagai, Susumu Yoshizawa, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Wataru Iwasaki, and Kazuhiro Kogure
    • Journal Title

      Genome announcements

      Volume: 2 Pages: e00490-14

    • DOI

      10.1128/genomeA.00490-1

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Functional characterization of flavobacteria rhodopsins reveals a unique class of light-driven chloride pump in bacteria2014

    • Author(s)
      Susumu Yoshizawa, Yohei Kumagai, Hana Kim, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Wataru Iwasaki, Edward F. DeLong and Kazuhiro Kogure
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      Volume: 111 Pages: 6732-6737

    • DOI

      10.1073/pnas.1403051111

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Functional diversification in bacterial rhodopsins: a new class of light-driven Cl- pumps in marine flavobacteria2015

    • Author(s)
      Susumu Yoshizawa, Yohei Kumagai, Hana Kim, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Wataru Iwasaki, Edward F. DeLong and Kazuhiro Kogure
    • Organizer
      International Symposium on Genome Science 2015 "Expanding Frontiers of Genome Science II"
    • Place of Presentation
      一橋講堂, 東京
    • Year and Date
      2015-01-20 – 2015-01-21
  • [Presentation] ゲノム解析が切り開く微生物の新しい光エネルギー機構2014

    • Author(s)
      吉澤晋
    • Organizer
      次世代ゲノム科学の最前線, 文部科学省科学研究費新学術領域研究「ゲノム支援」公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京国際フォーラム. 東京
    • Year and Date
      2014-12-12
    • Invited
  • [Presentation] Light-driven transmembrane H +, Na+ and Cl- pumping is mediated by three different rhodopsins in a marine flavobacterium2014

    • Author(s)
      Susumu Yoshizawa, Yohei Kumagai, Hana Kim, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Wataru Iwasaki, Edward F. DeLong, and Kazuhiro Kogure
    • Organizer
      環境微生物系学会合同大会2014
    • Place of Presentation
      浜松アクトシティコングレスセンター.浜松
    • Year and Date
      2014-10-21 – 2014-10-24
  • [Presentation] 大規模比較ゲノム解析が明らかにする、プロテオロドプシンを持つ海洋細菌のゲノム進化2014

    • Author(s)
      熊谷洋平,吉澤晋,福永津嵩,渡辺麻衣,池内昌彦,小椋義俊,林哲也,木暮一啓,岩崎渉
    • Organizer
      環境微生物系学会合同大会2014
    • Place of Presentation
      浜松アクトシティコングレスセンター.浜松
    • Year and Date
      2014-10-21 – 2014-10-24
  • [Presentation] 青色光を吸収するプロテオロドプシンの結晶構造解析2014

    • Author(s)
      Toshiaki Hosaka, Susumu Yoshizawa, Tomomi Kimura-Someya, Rojan Shrestha, Muhammad Muddassar, Kam Y. J. Zhang, Masakatsu Hato, Kazuhiro Kogure, Wataru Iwasaki, Mikako Shirouzu, and Shigeyuki Yokoyama
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館,京都
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-18
  • [Presentation] 比較ゲノム解析によるプロテオロドプシン及びレチナール合成系の進化史の解明2014

    • Author(s)
      熊谷洋平,吉澤晋,木暮一啓,岩崎渉
    • Organizer
      NGS現場の会第三回研究会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場. 神戸
    • Year and Date
      2014-09-04 – 2014-09-05
  • [Presentation] Gains and losses of proteorhodopsin genes affect genomic evolution2014

    • Author(s)
      Yohei Kumagai, Susumu Yoshizawa, Tsukasa Fukunaga, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Edward F. DeLong, Kazuhiro Kogure, Wataru Iwasaki
    • Organizer
      15th International Society for Microbial Ecology
    • Place of Presentation
      Seoul, Korea
    • Year and Date
      2014-08-24 – 2014-08-29
  • [Presentation] A light-induced sodium ion pumping rhodopsin in marine flavobacteria2014

    • Author(s)
      Susumu Yoshizawa, Kazuhiro Kogure and Edward F. DeLong
    • Organizer
      114th ASM (American society for microbiology) general meeting
    • Place of Presentation
      Boston, Massachusetts, USA
    • Year and Date
      2014-05-17 – 2014-05-20
  • [Remarks] 海洋細菌で見つけた新しい光エネルギー利用機構 -塩化物イオンを輸送するポンプの発見-

    • URL

      http://www.aori.u-tokyo.ac.jp/research/news/2014/20140408.html

URL: 

Published: 2016-06-01  

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