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2013 Fiscal Year Annual Research Report

海底下未知微生物は1億年生きるのか?NanoSIMSで探る海底下の生存戦略

Research Project

Project/Area Number 24687004
Research InstitutionJapan Agency for Marine-Earth Science and Technology

Principal Investigator

諸野 祐樹  独立行政法人海洋研究開発機構, 高知コア研究所, サブリーダー (30421845)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Keywords海底下生命圏 / 安定同位体 / 代謝活性 / 二次イオン質量分析計 / NanoSIMS
Research Abstract

平成25年度には、統合国際掘削計画(IODP)第329次(南太平洋還流域)、および第337次(下北半島沖)掘削研究航海、または熊野灘泥火山にて行われた地球深部探査船「ちきゅう」掘削航海#906にて採取し、炭素、窒素安定同位体を含ませた基質を投入して培養を行った試料を用いて解析を行った。それぞれ、地球上で最も栄養に乏しい環境(第329次)、科学海洋掘削の歴史上最も深い海底下深度(第337次)、及び天然パイプライン構造を上昇してきた海底下深部環境(泥火山)を由来とする試料である。前年度までに3000本程のバイアル培養を準備し、経時サンプルの取得や、微生物数が少なく、堆積物粒子が多く含まれる試料から細胞を選択的に取得する技術の確立を行ってきた。平成25年度にはこれを活用し、それぞれの試料からの細胞取り出し、分析用試料台へのマウンティングなどを実施した。
その後、準備した試料をNanoSIMSによって分析したところ、栄養に乏しい環境である南太平洋環流域の試料において、1.6年の培養後に従属栄養基質の取り込みを多数確認した。また、下北半島沖、および熊野灘泥火山で得られた試料については、2ヶ月培養後の試料から細胞を取り出して分析したところ、有意な基質の取り込みは認められず、継続的に培養を行っている。
また、金ナノ粒子による微生物種特定技術は、標準微生物を用いた高感度シグナル検出の成果を論文として発表することができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

計画として設定した項目(海底下掘削試料の取得、それを用いた長期培養、培養試料からの少数細胞の選択濃縮、および細胞のNanoSIMS分析)を順調に実施している。分析に当たって必要な標準技術をしっかり開発したことによって、当初想定していたよりも細胞数が少ない試料においても分析を実施したり、細胞以外の粒子が混ざっていた場合には特定が不可能となる基質の取り込みが見られない試料、細胞においてもある程度結果を出すことが出来ている。

Strategy for Future Research Activity

現在挑戦している海底下環境は、ほぼ間違いなく地球環境の中で最も生命の存続が難しい環境であり、生命の存続の限界に近い。このような環境から取得した試料について分析を行うためには、試料調製において極度に厳密な操作を必要としており、現在の要素技術を適宜見直しながら実施することが不可欠となっている。
上記の点に留意しながら今後も準備している培養試料からの細胞取出しや分析試料調製、NanoSIMS解析などを実施し、超極限環境に生息する生命の姿を明らかにすることを目指す。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

平成25年度には、分析装置であるNanoSIMSや細胞を堆積物から分離する実験などに必要なセルソーターなどの交換部品の購入を予定していたが、部品を交換せずとも順調に分析が行えたため、購入を次年度に行うこととした。
また、試料の培養期間を延長したことから消耗品の消費が抑えられた。
平成26年度にはNanoSIMSやセルソーターに関連する交換部品の購入を計画しているほか、延長した培養試料を含め、多数の試料を用いた実験を予定しているため、消耗品の購入も必要である。

  • Research Products

    (15 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (8 results) (of which Invited: 3 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Hot-alkaline DNA extraction method for deep subseafloor archaeal communities.2014

    • Author(s)
      Morono, Y., Terada, T., Hoshino, T., and Inagaki, F.
    • Journal Title

      Appl. Environ. Microbiol.

      Volume: 80 Pages: 1985-1994

    • DOI

      10.1128/AEM.04150-13

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gold-ISH: A nano-size gold particle-based phylogenetic identification compatible with NanoSIMS.2014

    • Author(s)
      Kubota, K., Morono, Y., Ito, M., Terada, T., Itezono, S., Harada, H., and Inagaki, F.
    • Journal Title

      Syst. Appl. Microbiol

      Volume: 37 Pages: 261-266

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Distribution of dehalogenation activity and characterization of organohalide-responsive genes in marine sediments of the Nankai Trough subduction zone2013

    • Author(s)
      Futagami, T., Morono, Y., Terada, T., Kaksonen, A. H., and Inagaki, F.
    • Journal Title

      Phil. Trans. R. Soc. B

      Volume: 368 Pages: 20120249

    • DOI

      10.1098/rstb.2012.0249

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An improved cell separation technique for marine subsurface sediments: Applications for high-throughput analysis using flow cytometry and cell sorting2013

    • Author(s)
      Morono, Y., Terada, T., Kallmeyer, J., and Inagaki, F.
    • Journal Title

      Envion. Microbiol.

      Volume: 15 Pages: 2841-2849

    • DOI

      10.1111/1462-2920.12153

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 超高空間分解能二次イオン質量分析法による微小領域イメージングと環境微生物学―微小領域の組成イメージ分析から見えてくる環境微生物個々の代謝活性と機能2013

    • Author(s)
      諸野祐樹, 伊藤元雄, 稲垣史生
    • Journal Title

      化学と生物

      Volume: 51 Pages: 205-207

  • [Journal Article] 海底下における微生物とその代謝・活性-未知の海底下生命圏を紐解くテクニックとその応用2013

    • Author(s)
      諸野祐樹
    • Journal Title

      日本極限環境生物学会誌

      Volume: 12 Pages: 65-70

  • [Presentation] NanoSIMSおよびセルソーティングによる南太平洋環流域堆積物試料中の微生物代謝活性解析2013

    • Author(s)
      諸野祐樹, 伊藤元雄,寺田武志, 稲垣史生
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合2013年大会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ、千葉県
    • Year and Date
      20130530-20130601
  • [Presentation] The Challenge of Contamination in Deep Life Exploration

    • Author(s)
      Morono Y., Lever M.A., Hoshino T., and Inagaki F.
    • Organizer
      The CHIKYU+10 Workshop
    • Place of Presentation
      一ツ橋会館、東京都
  • [Presentation] Technological challenges for the advanced study of subseafloor life

    • Author(s)
      Morono, Y., Terada, T., and Inagaki, F
    • Organizer
      Goldschmidt 2013
    • Place of Presentation
      Firenze Fiera Congress and Exhibition Centre, Florence, Italy
    • Invited
  • [Presentation] Technological challenges for the advanced study of deep subseafloor life

    • Author(s)
      Morono, Y., Ito, M., Terada, T., and Inagaki, F.
    • Organizer
      International Astrobiology Workshop 2013
    • Place of Presentation
      JAXA/ISAS, Sagamihara, Kanagawa, Japan
  • [Presentation] Metabolic activity of subseafloor microbes in the South Pacific Gyre

    • Author(s)
      Morono, Y., Ito, M., Terada, T., and Inagaki, F.
    • Organizer
      AGU fall meeting
    • Place of Presentation
      Moscone center, San Francisco, USA
  • [Presentation] 生命の生息限界、代謝速度の限界を探る―海底下における微生物とその活性―

    • Author(s)
      諸野祐樹
    • Organizer
      日本極限環境生物学会 第14回シンポジウム
    • Place of Presentation
      東洋大学、東京都
    • Invited
  • [Presentation] 海底下環境における微生物生命圏とその生態に関する研究

    • Author(s)
      諸野祐樹
    • Organizer
      日本極限環境生物学会、奨励賞受賞講演
    • Place of Presentation
      明治大学、川崎市、神奈川県
  • [Presentation] NanoSIMSによる環境微生物の基質同化活性測定―海底下生命圏を例として―

    • Author(s)
      諸野祐樹,伊藤元雄,寺田武志,稲垣史生
    • Organizer
      第29回日本微生物生態学会年会シンポジウム
    • Place of Presentation
      鹿児島大学、鹿児島県
    • Invited
  • [Book] Chapter 5: Detecting slow metabolism in the subseafloor: analysis of single cells using NanoSIMS. In Kallmeyer, J. (ed.), “Life in Extreme Environments: Microbial Life in the Deep Biosphere”2014

    • Author(s)
      Morono, Y., Ito, M., and Inagaki, F.
    • Total Pages
      326
    • Publisher
      De Gruyter

URL: 

Published: 2015-05-28  

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