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2013 Fiscal Year Annual Research Report

光化学系2複合体の構造生物学

Research Project

Project/Area Number 24687006
Research InstitutionOsaka City University

Principal Investigator

川上 恵典  大阪市立大学, 複合先端研究機構, 准教授 (40619904)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2016-03-31
Keywords色素・光合成
Research Abstract

平成25年度までの研究計画から、X線結晶構造解析、紫外可視分光測定、二重変調クロロフィル蛍光測定、ESR測定といった様々な解析法を駆使することで、ヨウ素イオン(I-)によるPSII内のMn4CaO5クラスターの還元化とその立体構造変化を明らかにすることができた。PSIIの酸素発生反応が阻害されるI-濃度でESR測定を行うと、通常では観測されないMn由来のマルチラインシグナルが観測され、これは暗黒条件下で安定なS1状態から1電子還元されたS0状態を検出したと考えている。また、I-の結合サイトであるI-1において、陰イオンと静電的相互作用する317 Lys/D2の側鎖(アミノ基)が部分的にフリップしてI-と結合できない距離になっていた。これは、陰イオンを利用したプロトン放出機構が、陰イオンの違いによって変化することを初めて構造解析の観点から観測した事例である。さらに高濃度I-(120 mM I-)条件下では、PSII内部に三ヨウ化物イオン(I3-)がQBサイトに結合していることがX線結晶構造解析によって判明し、そしてI3-が電子受容体としての機能を持つことが紫外可視分光測定及び二重変調クロロフィル蛍光測定によって明らかとなった。これらの結果から、I-存在条件下ではPSIIの光化学反応によって様々なヨウ素種が形成され、PSIIの酸素発生反応を阻害していることが初めて明らかとなった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

平成24年度から開始した「ヨウ素イオンによるPSIIの酸素発生阻害機構」(研究課題名:光化学系2複合体の構造生物学)に関して、必要な実験データの収集は終了した。今後は、これらの実験データをまとめ、論文投稿を行う。

Strategy for Future Research Activity

これまでのデータをまとめ、共同研究者と綿密な議論を行い、論文投稿を進める。また、X線照射によるMn還元の問題が残っているため、より質の良いPSII結晶データの収集を行う。平成25年度において、Mn還元を抑えたデータ収集法で1.77 Å分解能の高分解能データを得ることに成功した。現在得られているヨウ素置換PSIIのデータは2.1 Åであり、このデータ収集法をヨウ素置換PSIIに応用することで、より質の良いデータを得ることが可能である。

  • Research Products

    (15 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (7 results) (of which Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] The nature of chemical bonds of the CaMn4O5 cluster in oxygen evolving complex of photosystem II: Jahn-Teller distortion and its suppression by Ca doping in cubane structures2013

    • Author(s)
      K. Yamaguchi, S. Yamanaka, H. Isobe, T. Saito, K. Kanda, Y. Umena, K. Kawakami, J.-R. Shen, N. Kamiya, M. Okumura, H. Nakamura, M. Shoji, Y. Yoshioka
    • Journal Title

      International Journal of Quantum Chemistry

      Volume: 113 Pages: 453-473

    • DOI

      10.1002/qua.24280

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Full geometry optimizations of the mixed-valence CaMn4O4X(H2O)4 (X=OH or O) cluster in OEC of PS II: Degree of symmetry breaking of the labile Mn-X-Mn bond revealed by several hybrid DFT calculations2013

    • Author(s)
      K. Yamaguchi, H. Isobe, S. Yamanaka, T. Saito, K. Kanda, M. Shoji, Y. Umena, K. Kawakami, J.-R. Shen, N. Kamiya, M. Okumura
    • Journal Title

      International Journal of Quantum Chemistry

      Volume: 113 Pages: 525-541

    • DOI

      10.1002/qua.24117

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of Sr-substituted photosystem II at 2.1 Å resolution and its implications in the mechanism of water oxidation2013

    • Author(s)
      Faisal Hammad Mekky Koua, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Jian-Ren Shen
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      Volume: 110 Pages: 3889-3894

    • DOI

      10.1073/pnas.1219922110

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photosystem II does not possess a simple excitation energy funnel: Time-resolved fluorescence spectroscopy meets theory2013

    • Author(s)
      Yutaka Shibata, Shunsuke Nishi, Keisuke Kawakami, Jian-Ren Shen, Thomas Renger
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 135 Pages: 6903-6914

    • DOI

      10.1021/ja312586p

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Application of Peptide Gemini Surfactants as Novel Solubilization Surfactants for Photosystems I and II of Cyanobacteria2013

    • Author(s)
      Koeda S., Umezaki K., Noji T., Ikeda A., Kawakami K., Kondo M., Yamamoto Y., Shen J.-R., Taga K., Dewa T., Itoh S., Nango M., Tanaka T., Mizuno T.
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 29 Pages: 11667-11680

    • DOI

      10.1021/la402167v

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evidence for an Unprecedented Histidine Hydroxyl Modification on D2-His336 in Photosystem II of Thermosynechoccocus vulcanus and Thermosynechoccocus elongatus2013

    • Author(s)
      Miwa Sugiura, Kazumi Koyama, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Jian-Ren Shen, Nobuo Kamiya, Alain Boussac
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 52 Pages: 9426-9431

    • DOI

      10.1021/bi401213m

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical insight in to hydrogen-bonding networks and proton wire for the CaMn4O5 cluster of photosystem II. Elongation of Mn–Mn distances with hydrogen bonds2013

    • Author(s)
      M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, Y. Umena, K. Kawakami, N. Kamiya, J.-R. Shen and K. Yamaguchi
    • Journal Title

      Catal. Sci.e & Technol.

      Volume: 3 Pages: 1831-1848

    • DOI

      10.1039/C3CY00051F

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Towards structural elucidation of PSII-LHCII supercomplex from Chlamydomonas reinhardtii2014

    • Author(s)
      Keisuke Kawakami
    • Organizer
      The 2013 OCARINA Annual International Meeting
    • Place of Presentation
      大阪市立大学
    • Year and Date
      20140304-20140305
  • [Presentation] 植物の酸素発生型光化学系II研究の過去・現在、そして未来2014

    • Author(s)
      川上恵典
    • Organizer
      ナノバイオテクノロジー研究会
    • Place of Presentation
      名古屋工業大学
    • Year and Date
      20140124-20140124
    • Invited
  • [Presentation] 中性子結晶構造解析による植物の酸素発生機構の理解とその取り組みについて2013

    • Author(s)
      川上恵典、神谷信夫
    • Organizer
      蛋白質研究所セミナー
    • Place of Presentation
      大阪大学蛋白質研究所
    • Year and Date
      20131217-20131218
  • [Presentation] How iodine ions inhibit the oxygen evolution of photosystem II?2013

    • Author(s)
      Keisuke Kawakami, Daisuke Hagiwara, Yasufumi Umena, Jian-Ren Shen, and Nobuo Kamiya
    • Organizer
      The 16th International Congress on Photosynthesis
    • Place of Presentation
      セントルイス(アメリカ)
    • Year and Date
      20130811-20130816
  • [Presentation] 光合成膜タンパク質光化学系 ll の結晶構造とその後の展開2013

    • Author(s)
      川上恵典
    • Organizer
      有期太陽電池シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      20130712-20130713
    • Invited
  • [Presentation] 酸素発生光化学系II 複合体におけるβ-クリプトキサンチンの同定2013

    • Author(s)
      川上恵典、藤井律子、梅名泰史、小澤真一郎、高橋裕一郎、橋本秀樹、神谷信夫、沈建仁
    • Organizer
      日本光合成学会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20130531-20130601
  • [Presentation] ヨウ素イオンによる光化学系 II 複合体の酸素発生阻害機構2013

    • Author(s)
      川上恵典
    • Organizer
      蛋白質研究所セミナー
    • Place of Presentation
      大阪大学蛋白質研究所
    • Year and Date
      20130420-20130421
    • Invited
  • [Remarks] 大阪市立大学・複合先端研究機構

    • URL

      http://www.ocarina.osaka-cu.ac.jp/profile/keisuke_kawakami_j.html

URL: 

Published: 2015-05-28  

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