• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2013 Fiscal Year Final Research Report

Structural basis of membrane protein insertion

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 24687016
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (A)

Allocation TypePartial Multi-year Fund
Research Field Functional biochemistry
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology (2013)
The University of Tokyo (2012)

Principal Investigator

TSUKAZAKI Tomoya  奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 准教授 (80436716)

Research Collaborator 濡木 理  東京大学, 大学院理学系研究科, 教授 (10272460)
熊崎 薫  東京大学, 大学院理学系研究科, 大学院生
千葉 志信  京都産業大学, 総合生命科学部, 准教授 (20523517)
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2014-03-31
Keywordsタンパク質 / トランスロコン / 膜組み込み / 膜透過 / YidC / Sec / 膜タンパク質 / 構造生物学
Research Abstract

Protein integration is an essential process in all living cells. In this study, we determined the crystal structure of YidC, an membrane protein insertase, at 2.4 A resolution and showed by structural-based functional analyses that YidC provides a hydrophilic cavity for membrane protein insertion. Finally, we proposed a new model of the molecular mechanism of YidC-mediated protein insertion into the cytoplasmic membrane.

  • Research Products

    (24 results)

All 2014 2013 2012 Other

All Journal Article (5 results) Presentation (12 results) Book (2 results) Remarks (5 results)

  • [Journal Article] Structural basis of Sec-independent membrane protein insertion by YidC2014

    • Author(s)
      Kumazaki K, Chiba S, Takemoto M, Furukawa A, Nishiyama K, Sugano Y, Mori T, Dohmae N, Hirata K, Nakada-Nakura Y, Maturana AD, Tanaka Y, Mori H, Sugita Y, Arisaka F, Ito K, Ishitani R, Tsukazaki T and Nureki O
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 509 Pages: 516-520

    • DOI

      10.1038/nature13167

  • [Journal Article] Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter2013

    • Author(s)
      Tanaka Y, Hipolito CJ, Maturana AD, Ito K, Kuroda T, Higuchi T, Katoh T, Kato HE, Hattori M, Kumazaki K, Tsukazaki T, Ishitani R, Suga H and Nureki O
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 496 Pages: 247-251

    • DOI

      10.1038/nature12014

  • [Journal Article] Structural basis for dynamic mechanism of proton-coupled symport by the peptide transporter POT2013

    • Author(s)
      Doki S, Kato HE, Solcan N, Iwaki M, Koyama M, Hattori M, Iwase N, Tsukazaki T, Sugita Y, Kandori H, Newstead S, Ishitani R and Nureki O
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci USA

      Volume: 110 Pages: 11343-11348

    • DOI

      10.1073/pnas.1301079110

  • [Journal Article] Crystal structure of the channelrhodopsin light-gated cation channel2012

    • Author(s)
      Kato HE, Zhang F, Yizhar O, Ramakrishnan C, Nishizawa T, Hirata K, Ito J, Aita Y, Tsukazaki T, Hayashi S, Hegemann P, Maturana AD, Ishitani R, Deisseroth K, and Nureki O
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 482 Pages: 369-374

    • DOI

      10.1038/nature10870

  • [Journal Article] Conformational variation of the translocon enhancing chaperone SecDF

    • Author(s)
      Mio K, Tsukazaki T, Mori H, Kawata M, Moriya T, Sasaki Y, Ishitani R, Ito K, Nureki O and Sato C
    • Journal Title

      J. Struct. Funct. Genomics

      Volume: (in press)

  • [Presentation] rSec蛋白質によらない1回膜貫通型膜蛋白質の膜組み込み2014

    • Author(s)
      塚崎智也
    • Organizer
      遺伝研研究会:単細胞システムの細胞構築・運動・増殖機構の研究
    • Place of Presentation
      国立遺伝学研究所(三島市)
    • Year and Date
      20140325-26
  • [Presentation] r Site-directed in vivo photo-cross-linking analysis for identification of interaction sites in E.coli YidC2014

    • Author(s)
      Furukawa A, Kumazaki K, Mori H, Nureki O and Tsukazaki T
    • Organizer
      Gordon Research Conference : Protein Transport Across Cell Membranes
    • Place of Presentation
      ホテルガルベス(アメリカ合衆国ガルベストン)
    • Year and Date
      20140309-14
  • [Presentation] rCrystal structure of YidC and a mechanism of membrane protein insertion2014

    • Author(s)
      Kumazaki K, Chiba S, Takemoto M, Furukawa A, Sugano Y, Mori T, Tanaka Y, Sugita Y, Ito K, Ishitani R, Tsukazaki T and Nureki O
    • Organizer
      Gordon Research Conference : Protein Transport Across Cell Membranes
    • Place of Presentation
      ホテルガルベス(アメリカ合衆国ガルベストン)
    • Year and Date
      20140309-14
  • [Presentation] rSec膜タンパク質複合体の結晶構造解析2014

    • Author(s)
      塚崎智也
    • Organizer
      SPRUC拡大研究会・SPring-8利用ワークショップーSPring-8とユーザーのさらなる連携を目指してー
    • Place of Presentation
      SPring-8(兵庫県佐用町)
    • Year and Date
      20140201-02
  • [Presentation] rInteraction analysis of periplasmic domain of E.coli YidC by site directed in vivo photo-cross-linking2013

    • Author(s)
      古川新,熊崎薫,濡木理,塚崎智也
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートピア(神戸市)
    • Year and Date
      20131203-06
  • [Presentation] rタンパク質膜透過促進因子SecDFの構造と機能2013

    • Author(s)
      森博幸,三登一八,町田裕紀子,塚崎智也,伊藤維昭,秋山芳展
    • Organizer
      第51回生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都国際会館(京都市)
    • Year and Date
      20130925-27
  • [Presentation] r蛋白質の膜透過を駆動する膜蛋白質SecDFの構造と機能2013

    • Author(s)
      塚崎智也
    • Organizer
      分子モーター討論会
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      20130719-20
  • [Presentation] rLCP crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of SecYEG translocon2013

    • Author(s)
      Takemoto M, Kusakizako T, Kumazaki K, Tsukazaki T, Ishitani R and Nureki O
    • Organizer
      Nagoya Symposium : Frontiers in Structural Physiology
    • Place of Presentation
      名古屋大学(名古屋市)
    • Year and Date
      20130122-24
  • [Presentation] rタンパク質膜透過装置Secトランスロコンの構造生物学2013

    • Author(s)
      塚崎智也
    • Organizer
      第7回構造生物学に関する先端技術講演会
    • Place of Presentation
      九州大学(福岡市)
    • Year and Date
      2013-09-04
  • [Presentation] rタンパク質膜透過装置Secトランスロコンの構造生物学2013

    • Author(s)
      塚崎智也
    • Organizer
      理工研究域公開セミナー
    • Place of Presentation
      金沢大学(金沢市)
    • Year and Date
      2013-02-20
  • [Presentation] rタンパク質膜透過装置Secトランスロコンの構造生物学2013

    • Author(s)
      塚崎智也
    • Organizer
      バイオサイエンス研究科セミナー
    • Place of Presentation
      奈良先端科学技術大学院大学(生駒市)
    • Year and Date
      2013-02-13
  • [Presentation] rLCP法によるタンパク質膜透過装置SecYEGの結晶化2012

    • Author(s)
      塚崎智也,草木迫司,熊崎薫,石谷隆一郎,濡木理
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Year and Date
      2012-06-20
  • [Book] [化学同人]膜タンパク質構造研究「タンパク質膜透過装置Secトランスロコン複合体」2013

    • Author(s)
      塚崎智也,濡木理(岩田想編)
    • Total Pages
      p44-52
  • [Book] 化学と生物「細菌のタンパク質分泌を促進する膜タンパク質SecDFの構造と機能」 (51(1))2013

    • Author(s)
      森博幸,塚崎智也
    • Total Pages
      p28-35
    • Publisher
      国際文献社
  • [Remarks] 奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科 膜分子複合機能学(塚崎研究室)

    • URL

      http://bsw3.naist.jp/tsukazaki/

  • [Remarks] さきがけライフサイエンスの革新を目指した構造生命科学と先端的基盤技術 研究者紹介

    • URL

      http://www.jst.go.jp/presto/struct-lifesci/researchers/10403tsukazaki/index.html

  • [Remarks] プレスリリース:タンパク質を細胞膜に組み込むメカニズムを解明

    • URL

      http://www.naist.jp/pressrelease/detail_j/topics/1752/

  • [Remarks] ライフサイエンス新着論文レピュー:膜組み込み酵素YidCによるタンパク質の細胞膜への組み込みの分子機構

    • URL

      http://first.lifesciencedb.jp/archives/8680

  • [Remarks] 化学工業日報 (2014年4月23日)6面に掲載 「たん白質を細胞膜に組み込む仕組み解明働き担うYidCの立体構造決定 新規 薬剤開発の基盤へ」

URL: 

Published: 2015-07-16  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi