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2014 Fiscal Year Annual Research Report

DNA-蛋白質ハイブリッドナノシステムの分子配置制御を用いた多分子協調反応の解析

Research Project

Project/Area Number 24687018
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

多田隈 尚史  京都大学, 物質-細胞統合システム拠点, 研究員 (10339707)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Keywords1分子計測 / ナノマシン / 核酸 / 蛋白質 / 分子モーター
Outline of Annual Research Achievements

多分子協調反応を解析するために、DNAの2次元ナノ構造物(DNA-tile)上に多数の蛋白質分子を固定した"DNA-蛋白質ハイブリッドナノシステム"を構築し観察を行った。本年度も前年度に引続き、T7-RNAポリメラーゼ(T7-RNA polymerase、以下RNAP)蛋白質をモデル蛋白質として用い、主に、DNA-蛋白質ハイブリッドナノシステムの特質を明らかにする事に注力した。具体的には、DNA-tile上にRNAPと、(RNAPが転写する)遺伝子を集積化し(以下、転写ナノチップ)、出来た転写ナノチップをゲル電気泳動法や原子力間顕微鏡(AFM)で確認した後、活性を溶液反応系で測定した。その結果、転写ナノチップには特徴的な性質が備わっている事が明らかになった。①直交性: 自身の内部遺伝子は高効率に転写する一方、溶液を漂う外部遺伝子はあまり転写しないという性質が明らかになった。②合理設計性: 転写ナノチップ上において、RNAPと基質遺伝子間の距離を制御する事で、転写活性を設計できる事が明らかになった。そしてこの性質を利用して、無細胞翻訳系PURE systemにおいて、2つの遺伝子の発現量を合理的に制御できるようになった。また、人工細胞に見立てたエマルジョンの中でこれらの性質を確認した。これらの結果は、空間配置をナノメートル精度で設計できるというDNAナノ構造の性質を利用した物であり、DNA-蛋白質ハイブリッドナノシステムの有用性を示唆する。
また、今後の自律動作する分子デバイスの構築には、活性のon/off制御を司る分子スイッチが肝要であるが、将来の分子スイッチへの応用を鑑み、RNA干渉の鍵酵素であるRISC複合体(RNA-induced silencing complex)の機能解析を行い、RISC形成過程やRISCが標的を切断する機構のいったんを明らかにした。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Causes of Carryover

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Expenditure Plan for Carryover Budget

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (14 results)

All 2015 2014

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (11 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Defining fundamental steps in the assembly of Drosophila RNAi enzyme2015

    • Author(s)
      Iwasaki S, Sasaki HM, Sakaguchi Y, Suzuki T, *Tadakuma H, *Tomari Y
    • Journal Title

      Nature (in press)

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1038/nature14254

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Single-molecule analysis of the target cleavage reaction by Drosophila RNAi enzyme complex2015

    • Author(s)
      Yao C, Sasaki HM, Ueda T, *Tomari Y, *Tadakuma H
    • Journal Title

      Molecular Cell (in press)

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2015.05.015

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 生物遺伝子発現システムを集積化したバイオナノチップの構築に向けて2014

    • Author(s)
      増渕岳也、多田隈尚史、遠藤政幸、原田慶恵、杉山弘、上田卓也
    • Organizer
      計測自動制御学会 システム・情報部門学術講演会 2014 (SSI2014)
    • Place of Presentation
      岡山大学 創立五十周年記念館
    • Year and Date
      2014-11-22
  • [Presentation] Defining fundamental steps in the assembly of Drosophila RNAi enzyme complex2014

    • Author(s)
      Sasaki HM, Iwasaki S, Sakaguchi Y, Suzuki T, Tadakuma H, Tomari Y
    • Organizer
      Cell Symposia "Regulatory RNAs"
    • Place of Presentation
      Berkeley (米国・CA)
    • Year and Date
      2014-10-20
  • [Presentation] Rational design of orthogonal gene transcription nano device on DNA origami2014

    • Author(s)
      Masubuchi T, Tadakuma H, Endo M, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T
    • Organizer
      第87回日本生化学会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      2014-10-18
  • [Presentation] Characterization of ATP-dependent chromatin remodeling complexes using fluorescently labeled nucleosome2014

    • Author(s)
      韓龍雲, 津中康央, 横田浩章, 山田和弘, 大西舞, 山崎冴果, 末武勲, 田嶋正二, 多田隈尚史, 原田 慶恵
    • Organizer
      第52回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2014-09-27
  • [Presentation] Cross-linking the dynein-microtubule complex by DNA origami2014

    • Author(s)
      広瀬恵子, 厳康敏, 多田隈尚史
    • Organizer
      第52回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2014-09-26
  • [Presentation] Rational design of orthogonal gene transcription nano device on DNA origami2014

    • Author(s)
      Masubuchi T, Tadakuma H, Endo M, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T
    • Organizer
      第52回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2014-09-25
  • [Presentation] DNA origamiを用いた直交性のある転写ナノデバイスの構築2014

    • Author(s)
      Masubuchi T, Tadakuma H, Endo M, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T
    • Organizer
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学津島キャンパス
    • Year and Date
      2014-09-12
  • [Presentation] DNA origamiを用いた直交性のある転写ナノデバイスの構築2014

    • Author(s)
      Masubuchi T, Tadakuma H, Endo M, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T
    • Organizer
      第16回日本RNA学会
    • Place of Presentation
      名古屋市・ウインクあいち
    • Year and Date
      2014-07-24
  • [Presentation] RISC 切断過程の蛍光1 分子解析2014

    • Author(s)
      姚春艶、多田隈尚史、佐々木浩、泊幸秀、上田卓也
    • Organizer
      第16回日本RNA学会
    • Place of Presentation
      名古屋市・ウインクあいち
    • Year and Date
      2014-07-23
  • [Presentation] タンパク質翻訳と共役した分子シャペロン動態の1分子蛍光イメージング2014

    • Author(s)
      丹羽達也、多田隈尚史、伊藤耕一、上田卓也、田口英樹
    • Organizer
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ワークピア横浜 / 横浜産貿ホール マリネリア
    • Year and Date
      2014-06-26
  • [Presentation] DNAナノ構造を用いたナノ転写チップの構築: ナノ反応場における転写活性2014

    • Author(s)
      多田隈尚史
    • Organizer
      第66回日本細胞生物学会大会
    • Place of Presentation
      奈良県新公会堂
    • Year and Date
      2014-06-12
    • Invited
  • [Book] 1分子生物学 12-1章 「細胞質と細胞核内でのmRNAの運動」2014

    • Author(s)
      多田隈尚史
    • Total Pages
      8
    • Publisher
      化学同人

URL: 

Published: 2016-06-01  

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