2012 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムワイド関連解析に基づく酸性土壌耐性の分子的理解
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24688009
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Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
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| Research Institution | Gifu University |
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Principal Investigator |
小林 佑理子 岐阜大学, 応用生物科学部, 助教 (40610952)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | ゲノムワイド関連解析 / 酸性土壌耐性 / ポリジーン系 / アルミニウムストレス / 酸ストレス / シロイヌナズナ / ナチュラルバリエーション / SNP |
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| Research Abstract |
H24年度はシロイヌナズナ野生株を用いたストレス耐性評価により酸性土壌ストレス耐性のナチュラルバリエーションを評価し,その形質値からゲノムワイド関連解析(GWAS)を実施し,耐性関連候補遺伝子を絞り込んだ具体的には、アルミニウムストレス、酸ストレス、活性酸素ストレス、及びコントロール区で約200系統のシロイヌナズナ野生株を水耕栽培し根長を測定した.ストレス下でのコントロール区に対する根伸長割合から,各系統のストレス耐性レベルを評価してGWASの形質値とした.用いた野生株集団の遺伝的構造をSTRUCTUREまたはPCA解析により評価した.それらの値と根長形質値をTASSELまたはGAPITに導入し,約20万個のSNPとストレス耐性レベルと関連性の高いSNPを推定した.その結果,各ストレスに強く関連した上位のSNPは各ストレスに特異性を示し,アルミニウムストレスや活性酸素ストレス耐性形質に関しては特に強い関連性を示すSNPが観察された.酸ストレス耐性に関しては,著しく高い相関を示すSNPは得られなかった。現在はこれらの遺伝子についてサブ系統や遺伝子破壊株などを用いて詳細な解析を行っている.これらのSNPの他にも高い確率でいくつかの耐性関連SNPが見いだされ,これまでに報告のある耐性遺伝子座近傍のSNPも関連を示し,ストレス耐性形質がポリジーン系によって支配されていることが遺伝的に示唆された.また,相互作用を示すエピスタシスの解析にも取り組みいくつかのペアが有意に検出された.来年度はこれらの位置情報から耐性遺伝子の解析を進める.
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の予定であったゲノムワイド関連解析の計算や大方の候補遺伝子同定は終了し,遺伝子の解析に進むことができているため.
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| Strategy for Future Research Activity |
耐性原因遺伝子の同定をつづけ,遺伝子機能解析を行い,貢献度が高い遺伝子については原因多型同定を進める.最終的には同定遺伝子の相加的効果,エピスタシスを立証したい.
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
耐性関連遺伝子の同定を進めるため,遺伝子配列解析やSNP解析や遺伝子組換え実験を試みる.
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Research Products
(5 results)
