2012 Fiscal Year Research-status Report
高速シーケンサーを用いた遺伝子制御ネットワーク解析技術の開発
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24700294
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Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
瀬尾 茂人 大阪大学, 情報科学研究科, 助教 (30432462)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | バイオインフォマティクス / 遺伝子発現解析 |
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| Research Abstract |
RNA-seqによる発現プロファイルを用いて、数十ノードの小規模なネットワークを対象としたアルゴリズムのプロトタイプ開発を行った。本研究課題において開発するアルゴリズムは大別して２つの要素技術からなっており、各要素技術は相互依存的であるため、並行して開発を行っている。
①発現量の定量化：RNA-seqのデータを数値化し、多変量データとして扱うことを可能とするための方法論の開発を行った。従来の発現解析の中心であったmRNAの定量化に加え、lincNRAやmicroRNAの定量化を行うための方法を開発し知見を得た。
②制御関係の推定：遺伝子発現プロファイルから遺伝子制御ネットワークを推定する方法論の開発を行った。マイクロアレイにより測定された発現プロファイルから制御ネットワークを推定する方法については既に多くの研究がなされている。このため本年度には、同一の現象を観測したマイクロアレイによる発現プロファイルとRNA-seqによる発現プロファイルを入手し、従来法との比較検討を行いつつ開発を行った。制御関係の推定にはベイジアンネットワークを元にした手法や、より単純な相関係数によるネットワーク推定（Relevance network）を元にした方法を用いている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
同一の現象を観測したマイクロアレイによる発現プロファイルとRNA-seqによる発現プロファイルを入手し、当初の予定通りに要素技術の開発に着手することが出来たため。
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の予定通りに推進する。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
2年目である平成25年度には、主に中間成果報告用の機材や旅費、校正費用として研究費を使用する。
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