2013 Fiscal Year Research-status Report
高速シーケンサーを用いた遺伝子制御ネットワーク解析技術の開発
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24700294
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
瀬尾 茂人 大阪大学, 情報科学研究科, 助教 (30432462)
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| Keywords | バイオインフォマティクス / 遺伝子発現解析 |
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| Research Abstract |
RNA-seqとマイクロアレイ、miRNAアレイによる発現プロファイルを用いて、遺伝子制御ネットワーク推定を行うアルゴリズムのプロトタイプ開発を行った。
本研究課題において開発するアルゴリズムは大別して２つの要素技術からなっており、各要素技術は相互依存的であるため、並行して開発を行っている。
①発現量の定量化：従来の発現解析の中心であったmRNAの定量化に加え、lincNRAやmicroRNAの定量化を行うための方法を開発し知見を得た。遺伝子制御ネットワークを推定する際に、microRNAの遺伝子発現量と通常の遺伝子の発現量を同様に扱うことは困難であり、機能性の違いを考慮した定量化法が必要となる。
②制御関係の推定：数千,数万の遺伝子数に対して測定は数回程度しか行うことができず、そのため遺伝子発現プロファイルの情報量不足を原因とした遺伝子制御ネットワーク推定の精度低下が問題点となる。この情報量の不足を軽減するために複数の時系列遺伝子発現プロファイルを利用し,より精度の高い遺伝子制御ネットワークを推定するための方法論の開発を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
同一の現象を観測したマイクロアレイによる発現プロファイルとRNA-seqによる発現プロファイルに加えて、miRNAアレイの時系列データも入手し、当初の予定通りに要素技術の開発に着手することが出来たため。
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の予定通りに推進する。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
国際会議での発表回数が予定より少なくなったため。
別の国際会議での報告を行う。
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Research Products
(5 results)
