2015 Fiscal Year Annual Research Report
高速シーケンサーを用いた遺伝子制御ネットワーク解析技術の開発
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24700294
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
瀬尾 茂人 大阪大学, 情報科学研究科, 助教 (30432462)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | バイオインフォマティクス / 遺伝子発現解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
RNA-seqによる発現プロファイルを用いて、数十ノードの小規模なネットワークを対象としたアルゴリズムのプロトタイプ開発を行った。本研究課題において開発するアルゴリズムは大別して２つの要素技術からなっており、各要素技術は相互依存的であるため、並行して開発を行った。
①発現量の定量化：RNA-seqのデータを数値化し、多変量データとして扱うことを可能とするための方法論の開発を行った。従来の発現解析の中心であったmRNAの定量化に加え、lincNRAの発現量の定量化を行うための方法を開発した。
②制御関係の推定：遺伝子発現プロファイルから遺伝子制御ネットワークを推定する方法論の開発を行った。同一の現象を観測したマイクロアレイによる発現プロファイルとRNA-seqによる発現プロファイルを入手し、従来法との比較検討を行いつつ開発を行った。制御関係の推定にはベイジアンネットワークを元にした手法や、より単純な相関係数によるネットワーク推定（Relevance network）を元にした方法を用いている。
最終年度には、白色脂肪細胞が褐色脂肪細胞へ分化転換する現象を観測した発現プロファイルに対して開発した方法を適用し知見を得た。
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Research Products
(5 results)
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[Journal Article] Proinflammatory cytokine interleukin-1β suppresses cold-induced thermogenesis in adipocytes2016
Author(s)
Tsuyoshi Goto, Supaporn Naknukool, Rieko Yoshitake, Yuki Hanafusa, Soshi Tokiwa, Yongjia Li, Tomoya Sakamoto, Takahiro Nitta, Minji Kim, Nobuyuki Takahashi, Rina Yu, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Teruo Kawada
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Journal Title
Cytokine
Volume: 77
Pages: 107-114
DOI
Peer Reviewed
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