2014 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムの多様性解析による表現型可塑性を有する野生植物集団の栽培化に関する研究
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24710237
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| Research Institution | Kazusa DNA Research Institute |
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Principal Investigator |
白澤 健太 公益財団法人かずさDNA研究所, 先端研究部, 研究員 (60527026)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | ヤハズエンドウ / ゲノム / RAD-Seq法 / 多様性解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ヤハズエンドウの野生集団が持つゲノムの多様性を明らかにするために、千葉県内3地点から採取した野生集団と、ジーンバンクから取り寄せた海外系統（6カ国に由来する8系統）のSSRマーカー分析を行った。得られた分離データに基づいてクラスタリング解析を行った結果、各集団は固有のサブクラスタを形成した。
野生集団の遺伝的な多様性を正確に評価するためにはゲノム配列情報が不可欠である。ヤハズエンドウゲノムの概要配列の解読のために、ヤハズエンドウの標準株を確立し、次世代シークエンサーを利用して標準株のゲノム配列分析を行った。なお、この配列分析の一部は「ゲノム支援」のサポートを受けて実施した。得られた配列データをアセンブルすることでヤハズエンドウゲノムの概要配列を得た。次いで、次世代シークエンサーを利用して標準株のトランスクリプトーム分析を行い、ゲノム概要配列中の遺伝子予測や遺伝子共発現ネットワーク解析のためのデータを得た。
ゲノム概要配列を染色体へ位置付けるために必要な高密度連鎖地図の作成に向けて、ヤハズエンドウの交雑個体を作出した。また、ヤハズエンドウの野生集団の遺伝的な多様性を評価するための材料として、日本国内の12地点からそれぞれ96個体のヤハズエンドウを収集した。これらのサンプルの高効率なゲノムワイドなジェノタイピングのために、Restriction Site Associated DNA Sequencing法 (RAD-Seq法)の実験条件を最適化し、プロトコルを確立した。
以上の成果から、ヤハズエンドウのゲノム基盤が整い、野生集団の遺伝的な多様性を正確に評価するための道筋が得られた。
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