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2013 Fiscal Year Final Research Report

Theoretical elucidations of the reactions and the reaction-control mechanisms in enzymes

Research Project

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Project/Area Number 24750007
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Physical chemistry
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

SHOJI Mitsuo  筑波大学, 数理物質系, 助教 (00593550)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2014-03-31
KeywordsQM/MM / 酵素 / 反応機構 / トレオニン合成酵素 / 亜硝酸還元酵素 / 反応制御 / スーパーコンピュータ
Research Abstract

Enzymes catalyze important chemical reactions in living systems. The enzyme reactions for material formations and energy conversions are highly efficient. Simple reactions are clarified by theoretical analyses, however, complicated reactions in many important enzymes are still unclear. Therefore, reactions of threonine synthase (ThrS), nitrite reductase (NiR), nitric oxide reductase (NOR) and DNA topoisomerase (Topo) are investigated by a mixed quantum mechanical and molecular mechanical (QM/MM) method. We utilized supercomputers and massive parallel simulations were performed. We elucidated the reaction mechanism by investigations for the protonation states, hydrogen-bonding network, existence of waters and possible reaction pathways.

  • Research Products

    (66 results)

All 2014 2013 2012 Other

All Journal Article (4 results) Presentation (59 results) (of which Invited: 6 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] A QM/MM Study of the l-Threonine Formation Reaction of Threonine Synthase : Implications into the Mechanism of the Reaction Specificity2014

    • Author(s)
      M. Shoji, K. Hanaoka, Y. Ujiie, W. Tanaka, D. Kondo, H. Umeda, Y. Kamoshida, M. Kayanuma, K. Kamiya, K. Shiraishi, Y. Machida, T. Murakawa, H. Hayashi
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 136(12) Pages: 4525-4533

  • [Journal Article] Substrate mediated proton relay mechanism for the religation reaction in topoisomerase II2013

    • Author(s)
      K. Hanaoka, M. Shoji, D. Kondo, A. Sato, M. Y. Yang, K. Kamiya, K. Shiraishi
    • Journal Title

      Journal of Biomolecular Structure & Dynamics

    • DOI

      10.1080/07391102.2013.834848

  • [Journal Article] A QM/MM study of nitric oxide reductase-catalyzed N2O formation2013

    • Author(s)
      M. Shoji, K. Hanaoka, D. Kondo, A. Sato, H. Umeda, K. Kamiya, K. Shiraishi
    • Journal Title

      Molecular Physics

      Volume: 112, 3-4 Pages: 393-397

  • [Journal Article] フラグメント分子軌道法におけるFock行列計算のGPGPU化2013

    • Author(s)
      梅田宏明, 塙敏博, 庄司光男, 朴泰祐, 稲富雄一
    • Journal Title

      情報処理学会論文誌コンピューティングシステム(ACS)

      Volume: 6, 4 Pages: 26-37

  • [Presentation] 大規模QM/MM法による光合成酸素発生中心の電子状態2014

    • Author(s)
      庄司光男, 磯辺寛, 山中秀介, 沈建仁, 山口兆
    • Organizer
      日本化学会春年会2014
    • Place of Presentation
      名古屋大学(口頭)
    • Year and Date
      20140327-30
  • [Presentation] トレオニン合成酵素の反応機構についての理論的研究 : 反応特異性決定過程の解明2014

    • Author(s)
      庄司光男, 氏家謙, 田中弥, 栢沼愛, 梅田宏明, 町田康博, 村川武志, 林秀行
    • Organizer
      日本化学会春年会2014
    • Place of Presentation
      名古屋大学(口頭)
    • Year and Date
      20140327-30
  • [Presentation] ニトリルヒドラターゼの触媒機構に関する理論的研究2014

    • Author(s)
      栢沼愛, 花岡恭平, 庄司光男
    • Organizer
      日本化学会春年会2014
    • Place of Presentation
      名古屋大学(ポスター)
    • Year and Date
      20140327-30
  • [Presentation] QM/MM法による光合成酸素発生中心の電子状態と構造2014

    • Author(s)
      庄司光男
    • Organizer
      異分野融合による新材料開発のための計算科学
    • Place of Presentation
      RIKEN AICS
    • Year and Date
      2014-03-08
    • Invited
  • [Presentation] ビタミンD受容体におけるコンフォメーションアンサンブル : 分子動力学法による解明2013

    • Author(s)
      花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 白石賢二
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸(ポスター)
    • Year and Date
      20131203-06
  • [Presentation] QM/MM study on the photosystem II oxygen evolving complex at the S1 state2013

    • Author(s)
      M. Shoji
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都(Oral)
    • Year and Date
      20131028-30
    • Invited
  • [Presentation] Theoretical Study on Catalytic Mechanism of Nitrile Hydratase2013

    • Author(s)
      M. Kayanuma, K.Hanaoka, M.Shoji
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都(Poster)
    • Year and Date
      20131028-30
  • [Presentation] Theoretical elucidation on the reaction control mechanism in Threonine Synthase2013

    • Author(s)
      M.Shoji, K.Hanaoka, Y.Ujiie, W.Tanaka, M.Kayanuma , H.Umeda, Y.Machida, T.Murakawa, H.Hayashi
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都(Poster)
    • Year and Date
      20131028-30
  • [Presentation] ビタミンD受容体のコンフォメーションアンサンブルと細胞応答2013

    • Author(s)
      花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二
    • Organizer
      第86回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      横浜(口頭+ポスター)
    • Year and Date
      20130911-12
  • [Presentation] 分子動力学法によるトレオニン合成酵素の反応特異性についての理論的解明2013

    • Author(s)
      氏家謙, 田中弥, 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行
    • Organizer
      第86回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      横浜(ポスター)
    • Year and Date
      20130911-12
  • [Presentation] トレオニン合成酵素における反応特異性についての理論的解明2013

    • Author(s)
      庄司光男, 氏家謙, 田中弥, 花岡恭平, 梅田宏明, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行
    • Organizer
      第86回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      横浜(口頭+ポスター)
    • Year and Date
      20130911-12
  • [Presentation] ウリジンシチジンキナーゼ(ttCK)の基質認識機構についての分子動力学解析2013

    • Author(s)
      田中弥, 氏家謙, 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 友池史明, 倉光成紀, 白石賢二
    • Organizer
      第86回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      横浜(ポスター)
    • Year and Date
      20130911-12
  • [Presentation] 太陽系外惑星バイオマーカー検出に向けた光捕集機構のエネルギー転移計算2013

    • Author(s)
      小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 田口真彦, 佐藤皓允
    • Organizer
      Japan Geoscience Union Meeting 2013
    • Place of Presentation
      (口頭)
    • Year and Date
      20130519-24
  • [Presentation] 系外惑星のバイオマーカーのための光合成光吸収についての理論的研究2013

    • Author(s)
      田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 矢花一浩, 梅村雅之
    • Organizer
      Japan Geoscience Union Meeting 2013
    • Place of Presentation
      (口頭)
    • Year and Date
      20130519-24
  • [Presentation] A QM/MM study of nitric oxide reductase-catalyzed N2O formation2013

    • Author(s)
      M. Shoji, K. Hanaoka, D. Kondo, H. Umeda, K. Kamiya, K. Shiraishi
    • Organizer
      Sanibel Symposium
    • Place of Presentation
      Florida(poster)
    • Year and Date
      20130217-22
  • [Presentation] 時間依存密度汎関数法に基づく光合成アンテナ部の吸収スペクトルの研究とそれを用いた系外惑星における生命指標検出に向けての検討2013

    • Author(s)
      田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
    • Organizer
      Supercomputer workshop 2013
    • Place of Presentation
      分子科学研究所
    • Year and Date
      20130122-23
  • [Presentation] QM/MM法を用いたII型DNAトポイソメラーゼによるDNA再結合反応の解明2013

    • Author(s)
      花岡恭平, 庄司光男, 近藤大生, 田口真彦, 神谷克政, 白石賢二
    • Organizer
      Supercomputer workshop 2013
    • Place of Presentation
      分子科学研究所
    • Year and Date
      20130122-23
  • [Presentation] GlnやAsnを多く含むミスフォールドしたタンパク質の構造安定化機構に関する理論的研究2013

    • Author(s)
      近藤大生, 花岡恭平, 田口真彦, 神谷克政, 庄司光男, 河合(野間)繁子, 田口英樹, 白石賢二
    • Organizer
      Supercomputer workshop 2013
    • Place of Presentation
      分子科学研究所
    • Year and Date
      20130122-23
  • [Presentation] 一酸化窒素還元酵素におけるN2O生成機構についての理論的研究2013

    • Author(s)
      庄司光男, 花岡恭平, 近藤大生, 梅田宏明, 神谷克政, 白石賢二
    • Organizer
      Supercomputer workshop 2013
    • Place of Presentation
      分子科学研究所
    • Year and Date
      20130122-23
  • [Presentation] QM/MM法による光合成酸素発生中心S 1状態の電子状態解析2013

    • Author(s)
      庄司光男
    • Organizer
      第2回公開シンポジウム人工光合成特別セッション
    • Place of Presentation
      立命館大学(口頭)
    • Year and Date
      2013-10-28
    • Invited
  • [Presentation] Theoretical investigation on the absorption spectrum of photosystem as a biomarker of extrasolar plants2013

    • Author(s)
      M. Taguchi, Y. Komatsu, A. Sato, M. Shoji, M. Kayanuma, K. Kamiya, K. Shiraishi, K. Yabana, and M. Umemura
    • Organizer
      ISTCP-8
    • Place of Presentation
      Budapest, Hungary(poster)
    • Year and Date
      2013-08-25
  • [Presentation] Theoretical Investigation on the Substrate Specificity of Uridine-cytidine Kinase2013

    • Author(s)
      W. Tanaka, Y. Ujiie, K. Hanaoka, M. Shoji, M. Kayanuma, K. Kamiya, T. Ishida, F. Tomoike, S. Kuramitsu, K. Shiraishi
    • Organizer
      ISTCP-8
    • Place of Presentation
      Budapest, Hungary(poster)
    • Year and Date
      2013-08-25
  • [Presentation] Molecular dynamics study on the substrate binding free energy of Threonine Synthase2013

    • Author(s)
      Y. Ujiie, W. Tanaka, K. Hanaoka, M. Shoji, M. Kayanuma, K. Kamiya, T. Ishida, K. Shiraishi, Y. Machida, T. Murakawa, H. Hayashi
    • Organizer
      ISTCP-8
    • Place of Presentation
      Budapest, Hungary(poster)
    • Year and Date
      2013-08-25
  • [Presentation] QM/MM study on the photosystem II oxygen evolving complex at the S1 state2013

    • Author(s)
      M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N Kamiya, J.-R. Shen, and K. Yamaguchi
    • Organizer
      The 16th International Congress on Photosynthesis Research
    • Place of Presentation
      St. Louis(MO)(Poster)
    • Year and Date
      2013-08-11
  • [Presentation] Theoretical investigation on the electronic structures of photosystem II oxygen evolving complex at the S2 state2013

    • Author(s)
      M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N. Kamiya, J.-R. Shen, K. Yamaguchi
    • Organizer
      1st Awaji International Workshop on"Electron Spin Science & Technology : Biological and Materials Science Oriented Applications"(1st AWEST2013)
    • Place of Presentation
      (Oral)
    • Year and Date
      2013-06-16
    • Invited
  • [Presentation] The energy transfer simulation for detecting photosynthetic biosignatures on extrasolar planets2013

    • Author(s)
      Y. Komatsu, M. Umemura, M. Shoji, K. Yabana, K. Shiraishi, K. Kamiya, M. Kayanuma, A. Sato
    • Organizer
      1st Awaji International Workshop on"Electron Spin Science & Technology : Biological and Materials Science Oriented Applications"(1st AWEST2013)
    • Place of Presentation
      (poster)
    • Year and Date
      2013-06-16
  • [Presentation] 分子動力学法によるトレオニン合成酵素の基質結合自由エネルギー計算2013

    • Author(s)
      氏家謙, 田中弥, 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行
    • Organizer
      蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      鳥取(ポスター)
    • Year and Date
      2013-06-13
  • [Presentation] ウリジンシチジンキナーゼの特異的基質認識機構の理論的解明2013

    • Author(s)
      田中弥, 氏家謙, 花岡恭平, 友池史明, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 倉光成紀, 白石賢二
    • Organizer
      蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      鳥取(ポスター)
    • Year and Date
      2013-06-13
  • [Presentation] QM/MM法によるHITスーパーファミリー酵素の触媒機構の解明2013

    • Author(s)
      花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二
    • Organizer
      蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      鳥取(ポスター)
    • Year and Date
      2013-06-13
  • [Presentation] トレオニン合成酵素における反応特異性決定過程の理論解明2013

    • Author(s)
      庄司光男, 花岡恭平, 氏家謙, 田中弥, 梅田宏明, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行
    • Organizer
      蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      鳥取(口頭(若手奨励賞候補)+ポスター)
    • Year and Date
      2013-06-13
  • [Presentation]2013

    • Author(s)
      M. Shoji, K. Hanaoka, Y. Ujiie, W. Tanaka, M. Kayanuma, H. Umeda,Y. Machida, T. Murakawa, H. Hayashi
    • Organizer
      BIT's 4th Symposium on Enzymes and Biocatalysis 2013 (SEB-2013)
    • Place of Presentation
      Nanjing, Chaina(oral)
    • Year and Date
      2013-04-26
    • Invited
  • [Presentation] トレオニン合成酵素におけるリン酸脱離以降の反応経路についての理論的検証2013

    • Author(s)
      庄司光男, 花岡恭平, 氏家謙, 田中弥, 栢沼愛, 梅田宏明, 町田康博, 村川武志, 林秀行
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Place of Presentation
      東北大学(口頭)
    • Year and Date
      2013-03-26
  • [Presentation] 光化学系IIアンテナ部の光捕集機構についての量子化学的研究2013

    • Author(s)
      田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
    • Organizer
      第93回日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(口頭)
    • Year and Date
      2013-03-22
  • [Presentation] ニトリルヒドラターゼの触媒機構に関する理論的研究2013

    • Author(s)
      栢沼愛, 花岡恭平, 近藤大生, 田口真彦, 庄司光男
    • Organizer
      第93回日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(ポスター)
    • Year and Date
      2013-03-22
  • [Presentation] QM/MM法による光合成酸素発生中心のS2中間体の電子状態についての理論的研究2013

    • Author(s)
      庄司光男, 磯部寛, 山中秀介, 山口兆, 沈建仁
    • Organizer
      第93回日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(ポスター)
    • Year and Date
      2013-03-22
  • [Presentation] 生命指標となりうる光合成の光吸収スペクトル帰属についての理論的研究2013

    • Author(s)
      田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
    • Organizer
      2013年日本天文学会春季年会
    • Place of Presentation
      埼玉大学(ポスター)
    • Year and Date
      2013-03-20
  • [Presentation] 系外惑星バイオマーカー検出を目指した光合成機構のエネルギー移動計算2013

    • Author(s)
      小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 田口真彦, 佐藤皓允, 蘇垠成
    • Organizer
      2013年日本天文学会春季年会
    • Place of Presentation
      埼玉大学(口頭)
    • Year and Date
      2013-03-20
  • [Presentation] A QM/MM study on the S2 spin state of the oxygen-evolving complex2013

    • Author(s)
      M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N. Kamiya, J.-R. Shen, K. Yamaguchi
    • Organizer
      第5回OCARINAシンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪市立大学(oral)
    • Year and Date
      2013-03-05
    • Invited
  • [Presentation] 系外惑星における生命指標としての光合成色素についての理論的研究2012

    • Author(s)
      田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
    • Organizer
      第5回アストロバイオロジーワークショップ
    • Place of Presentation
      (口頭)
    • Year and Date
      20121123-24
  • [Presentation] 系外惑星のバイオマーカー検出に向けた光合成アンテナ機構の励起状態計算2012

    • Author(s)
      小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 田口真彦, 佐藤皓允, 蘇垠成
    • Organizer
      第5回アストロバイオロジーワークショップ
    • Place of Presentation
      (口頭)
    • Year and Date
      20121123-24
  • [Presentation] QM/MM study on the catalytic mechanism of nitrix oxide reductase2012

    • Author(s)
      M.Shoji, K.Hanaoka, D.Kondo, H.Umeda, K.Kamiya, Y.Kitagawa, K.Shiraishi
    • Organizer
      2012 ICQC - International Congress of Quantum Chemistry
    • Place of Presentation
      Boulder, Colorado(poster)
    • Year and Date
      20120625-30
  • [Presentation] 光合成光捕集複合体IIにおける光励起状態についての理論的研究2012

    • Author(s)
      田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(ポスター)
    • Year and Date
      2012-12-16
  • [Presentation] アゴニスト結合型ビタミンD受容体の溶液中のダイナミクスと活性制御機構2012

    • Author(s)
      花岡恭平, 庄司光男, 近藤大生, 田口真彦, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(ポスター)
    • Year and Date
      2012-12-16
  • [Presentation] Q/Nに富んだペプチドがつくるアミロイド線維の構造安定化機構の理論的解析2012

    • Author(s)
      近藤大生, 花岡恭平, 田口真彦, 神谷克政, 庄司光男, 河合(野間)繁子, 田口英樹, 白石賢二
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(ポスター)
    • Year and Date
      2012-12-16
  • [Presentation] トレオニン合成酵素におけるリン酸脱離以降の反応機構についての理論的解明2012

    • Author(s)
      庄司光男, 花岡恭平, 近藤大生, 田口真彦, 栢沼愛, 梅田宏明, 鴨志田良和, 神谷克政, 白石賢二, 村川武志, 林秀行
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(ポスター)
    • Year and Date
      2012-12-16
  • [Presentation] アゴニスト結合型ビタミンD受容体のマイナーコンフォメーション2012

    • Author(s)
      花岡恭平, 庄司光男, 近藤大生, 田口真彦, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(ポスター)
    • Year and Date
      2012-12-11
  • [Presentation] 光合成光化学系IIにおけるアンテナ部の光捕集機構についての理論的研究2012

    • Author(s)
      田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(ポスター)
    • Year and Date
      2012-12-11
  • [Presentation] 一酸化窒素還元酵素におけるN2O生成機構についての理論的研究2012

    • Author(s)
      庄司光男, 花岡恭平, 近藤大生, 梅田宏明, 神谷克政, 白石賢二
    • Organizer
      第3回協定講座シンポジウム
    • Place of Presentation
      神戸大学統合研究拠点(ポスター)
    • Year and Date
      2012-11-29
  • [Presentation] QM/MM法によるII型DNAトポイソメラーゼのDNA再結合反応の解明2012

    • Author(s)
      花岡恭平, 庄司光男, 近藤大生, ヤンムンヨン, 神谷克政, 白石賢二
    • Organizer
      第3回協定講座シンポジウム
    • Place of Presentation
      神戸大学統合研究拠点(ポスター)
    • Year and Date
      2012-11-29
  • [Presentation] Q/Nに富んだペプチドがつくるアミロイド線維の構造安定化機構の計算科学的解析2012

    • Author(s)
      近藤大生, 花岡恭平, 田口真彦, 神谷克政, 庄司光男, 河合-野間繁子, 田口英樹, 白石賢二
    • Organizer
      第3回協定講座シンポジウム
    • Place of Presentation
      神戸大学統合研究拠点(ポスター)
    • Year and Date
      2012-11-29
  • [Presentation] 光合成アンテナ部の光捕集機構についての理論的研究とそれを用いた系外惑星における生命指標検出に向けての検討2012

    • Author(s)
      田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
    • Organizer
      第3回協定講座シンポジウム
    • Place of Presentation
      神戸大学統合研究拠点(ポスター)
    • Year and Date
      2012-11-29
  • [Presentation] Ground spin state of the oxygen-evolving complex at the S2 state2012

    • Author(s)
      M.Shoji, H.Isobe, S.Yamanaka, K. Yamaguchi, J.-R.Shen
    • Organizer
      Structure and Dynamics of Photosynthetic Systems
    • Place of Presentation
      Okayama(poster)
    • Year and Date
      2012-10-22
  • [Presentation] QM/MM simulation revealed a substrate mediated proton relay mechanism in DNA religation reaction catalyzed by Type II DNA topoisomerase2012

    • Author(s)
      K.Hanaoka, M.Shoji, D.Kondo, A.Sato, M.-Y.Yang, K.Kamiya, K.Shiraishi
    • Organizer
      CCP2012
    • Place of Presentation
      Kobe(poster)
    • Year and Date
      2012-10-13
  • [Presentation] QM/MM法による同化型亜硝酸還元酵素の反応機構についての理論的研究2012

    • Author(s)
      M.Shoji, K.Hanaoka, D.Kondo, H.Umeda, M.Kayanuma, K.Kamiya, K.Shiraishi, S.Nakano, K.Katayanagi
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名大
    • Year and Date
      2012-09-22
  • [Presentation] II型DNAトポイソメラーセによるDNA再結合反応に対する基質を介するプロトンリレー機構2012

    • Author(s)
      花岡恭平, 近藤大生, 庄司光男, 梁文榮, 神谷克政, 白石賢二
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      北大
    • Year and Date
      2012-09-06
  • [Presentation]2012

    • Author(s)
      佐藤皓允, 田口真彦, 庄司光男
    • Organizer
      第7回夏の学校宇宙ライフサイエンス若手の会
    • Place of Presentation
      (ポスター発表)
    • Year and Date
      2012-08-25
  • [Presentation] 酵母DNAトポイソメラーゼIIにおけるDNA再結合反応の理論的解明2012

    • Author(s)
      花岡恭平, 近藤大生, 庄司光男, 梁文榮, 神谷克政, 白石賢二
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(ポスター)
    • Year and Date
      2012-06-20
  • [Presentation] 一酸化窒素還元酵素(NOR)におけるN2O生成酵素についての理論的研究2012

    • Author(s)
      庄司光男, 花岡恭平, 近藤大生, 梁文榮, 梅田宏明, 神谷克政, 白石賢二
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(ポスター)
    • Year and Date
      2012-06-20
  • [Presentation] Theoretical Investigation of a Mechanism of Chirality Induction for Amino Acids in the Early Solar System2012

    • Author(s)
      佐藤, 庄司, 神谷, 梅村, 矢花, 白石
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合大会
    • Place of Presentation
      (口頭)
    • Year and Date
      2012-05-24
  • [Remarks]

    • URL

      http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/index.html

  • [Remarks] プレスリリース

    • URL

      https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/pr/media/threonine_140314

  • [Remarks] プレスリリース

    • URL

      http://www.ccs.tsukuba.ac.jp/wordpress/uploads/2014/03/press_140314.pdf

URL: 

Published: 2015-06-25  

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