2015 Fiscal Year Annual Research Report
核ゲノムデータを用いた条鰭類の系統解析に向けて：相同遺伝子選定パイプラインの構築
| Project/Area Number |
24770070
|
|---|
| Research Institution | Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University |
|---|
Principal Investigator |
井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, Mathematical Biology, 研究員 (10596779)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2016-03-31
|
| Keywords | 全ゲノム重複 / 真骨魚類 / 分子系統 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
本研究課題は，核ゲノムデータを用いた条鰭類の系統解析に向けたデータ解析方法の開発を目標した．この最終目標に向けて，より短期的な目標として以下 3 点を掲げた：1) 条鰭類ゲノムデータから高次系統の分子分析に有用なオーソロガス遺伝子を選定する解析パイプラインを構築する．2) 魚類系統の解明に不可欠な条鰭類下位群数種のトランスクリプトームデータを解読する．3) 開発したパイプラインを用いて解読したゲノムデータから系統解析に有用な遺伝子を選抜してデータベース化し，下位条鰭類の時間軸付き系統樹を作成する．
1) [相同遺伝子選定パイプライン] 信頼性の高いゲノムデータを解読するパイプラインを完成させた．
2) [トランスクリプトームデータの解読] 予備的な解析を行った結果，データ解読は将来的な課題として残すことにした．
3) [系統解析とデータの配信] データベースをウェブサイトから配信した．時間軸付き系統樹の作成と公開は将来の課題とした．
以上の手順から得られた結果を論文としてまとめた．
|
Research Products
(4 results)
