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2013 Fiscal Year Annual Research Report

細胞質ダイニンの微小管親和性制御機構の解明

Research Project

Project/Area Number 24770090
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

西田 紀貴  東京大学, 薬学研究科(研究院), 助教 (50456183)

Keywords核磁気共鳴法 / 電子顕微鏡 / 分子モーター
Research Abstract

ダイニンの微小管上の連続的な運動性は、ATPase ドメインのATP 加水分解と連動して、微小管結合ドメイン(MTBD)が高親和性状態と低親和性状態の間をスイッチすることに由来する。しかし、ATPaseドメインとMTBDは15nmの長いコイルドコイル鎖によって隔てられており、ダイニンの微小管親和性を制御する構造メカニズムは不明である。本研究では、MTBDの立体構造および微小管との相互作用を構造生物学的に解析することにより、ダイニンの微小管親和性制御機構を解明することを目的とした。
H24年度までに、コイルドコイル鎖にS-S結合を導入して低親和性および高親和性状態に固定したコンストラクトMTBD-LowおよびMTBD-Highを構築し、NMRによる構造決定を行った。しかし、通常のNOEに基づく距離情報のみでは構造の収束が十分ではなかった。そこでH25年度は、NH結合の磁場に対する配向情報である残余双極子カップリング(RDC)を測定し、RDC情報を拘束条件に加えて構造計算を行うことにより、MTBDの立体構造をより精密に決定した。その結果、得られた構造のRMSD値が向上し、MTBDが6本のαへリックス(H1-H6)と2本のコイルドコイル鎖(CC1、CC2)からなること、MTBD-HighとMTBD-Lowの間ではH1およびCC1の構造が大きく異なることが明確に示された。また、MTBD-Highと微小管複合体の立体構造をクライオ電子顕微鏡により解析し、単粒子解析法に基づく3次元再構成により、分解能9Å(FSC=0.5)の密度マップを得た。得られた密度マップにtubulin dimerおよびMTBD-Highの立体構造をフィッティングし、複合体構造を得ることに成功した。以上の結果より、MTBDの低親和性から高親和性状態への変化においては、CC1のおよびH1の構造変化が誘起され、その結果MTBDに微小管に対して相補的な表面が形成されることにより高い親和性を獲得するというモデルを新たに提唱した。

  • Research Products

    (7 results)

All 2014 2013

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (3 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Functional dynamics of cell surface membrane proteins.2014

    • Author(s)
      Nishida N, Osawa M, Takeuchi K, Imai S, Stampoulis P, Kofuku Y, Ueda T, Shimada I.
    • Journal Title

      J Magn Reson

      Volume: 241 Pages: 86-96

    • DOI

      10.1016/j.jmr.2013.11.007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Backbone and side-chain 1H, 15N and 13C resonance assignments of the microtubule-binding domain of yeast cytoplasmic dynein in the high and low-affinity states2013

    • Author(s)
      Takarada O, Nishida N, Kikkawa M, Shimada I.
    • Journal Title

      Biomol NMR Assign

      Volume: 印刷中 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nuclear magnetic resonance approaches for characterizing interactions between the bacterial chaperonin GroEL and unstructured proteins.2013

    • Author(s)
      Nishida N, Yagi-Utsumi M, Motojima F, Yoshida M, Shimada I, Kato K.
    • Journal Title

      J Biosci Bioeng

      Volume: 116 Pages: 160-4

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2013.02.012

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A gel-encapsulated bioreactor system for NMR studies of protein-protein interactions in living mammalian cells.2013

    • Author(s)
      Kubo S, Nishida N, Udagawa Y, Takarada O, Ogino S, Shimada I.
    • Journal Title

      Angew Chem Int Ed Engl

      Volume: 52 Pages: 1208-11

    • DOI

      10.1002/anie.201207243

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] NMR observation of protein-protein interactions in living mammalian cells using a gel encapsulated bioreactor system2013

    • Author(s)
      西田紀貴、嶋田一夫
    • Organizer
      第36回分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      20131203-05
  • [Presentation] Affinity regulation mechanism of microtubule-binding domain of cytoplasmic dynein2013

    • Author(s)
      西田紀貴、宝田理、吉川雅英、嶋田一夫
    • Organizer
      Dynein2013
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      20131101-03
  • [Presentation] ゲル包埋型バイオリアクターを用いた生細胞内蛋白質間相互作用のNMR観測2013

    • Author(s)
      西田紀貴、嶋田一夫
    • Organizer
      生物物理学会 第51回年会
    • Place of Presentation
      京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
    • Invited

URL: 

Published: 2015-05-28  

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