2012 Fiscal Year Research-status Report
ブラシカのエピゲノム解析及び、植物形質に関わる後天的な転写制御の解明に向けて
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24780002
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| Research Institution | Niigata University |
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Principal Investigator |
藤本 龍 新潟大学, 自然科学系, 助教 (60620375)
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2012-04-01 – 2014-03-31
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| Keywords | エピゲノム / アブラナ科 |
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| Research Abstract |
本研究は、日本及びアジア地域で主要な野菜であるハクサイ (Brassica rapa)を用いて、ゲノム全体のエピジェネティックな修飾状態を明らかにすることを目的としている。今年度は、転写抑制のマークである、DNAのメチル化とH3K27me3 (ヒストンH3の27番目のリジン残基のトリメチル化)についてそれぞれ、Methylated DNA Immunoprecipitation sequencing (MeDIP-seq)とChromatin Immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq)を行った。MeDIP及びChIPにより、それぞれの修飾状態を有するDNA断片が得られているかをquantitative PCR (qPCR)による確認を行った。qPCR用のプライマーは、DNAのメチル化修飾を持っていることが、自身の以前の研究で明らかにしたトランスポゾン配列中に作成した。H3K27me3においては、シロイヌナズナでH3K27me3を有していることが示されている遺伝子のオーソログ遺伝子内にプライマーを作成した。両方ともに、免疫沈降によりそれぞれの修飾を有するDNA断片の濃縮に成功していることを確認した。そこで、次世代シークエンサーを用いて、DNA断片のシークエンスを行った。MeDIP-seqにおいては、現在シークエンスを依頼中である。ChIP-seq (H3K27me3)においては、およそ2200万リード、750Mbpのシークエンス断片を決定した。現在、得られたシークエンスをリファレンス配列にマップしている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
全てで、DNAのメチル化と4つのヒストン修飾を調べる予定であり、今年度はその内の2つを行うことができた。今年度に実験技術を習得できたことから、平成25年度に残り3つのヒストン修飾においても迅速に行うことができると考える。
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| Strategy for Future Research Activity |
残りのエピジェネティクス修飾について、ChIP解析を行う。これらの結果を既に解析が進んでいるシロイヌナズナの結果と比較することで、エピジェネティック修飾の種間での相違点が明らかにできる。低温条件下や、病害感染時のエピジェネティックな修飾変化をMeDIP-seq、ChIP-seqを用いてゲノムワイドに調べる予定である。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
分子生物学研究用試薬
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