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2012 Fiscal Year Research-status Report

新規なL-アミノ酸脱水素酵素の機能と立体構造解析に基づく抗トリパノソーマ薬の開発

Research Project

Project/Area Number 24780105
Research InstitutionTokai University

Principal Investigator

米田 一成  東海大学, 農学部, 講師 (00469397)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2014-03-31
Keywords脱水素酵素 / L-スレオニン / NAD / トリパノソーマ / クローニング / 結晶化
Research Abstract

既知のL-スレオニン脱水素酵素(ThrDH)は中鎖型脱水素酵素ファミリーに属し、これまでに常温菌や真核生物由来の酵素で機能解析が、超好熱菌由来の酵素で立体構造解析が行われている。一方、南極から単離された低温菌Flavobacterium frigidimaris及び、好熱菌であるThermoplasma volcanium由来のThrDHは、既知のThrDHと1次構造上非常に低い相同性しか持たないだけでなく、既知の本酵素の活性発現に必須とされる亜鉛結合モチ-フもなく、代わりにUDP-galactose 4-epimerase (GalE)に特有のモチ-フを有する、特異な酵素であることを既に報告している。ゲノム情報を使用し、この特異なGalEタイプThrDHホモログ遺伝子の生物分布を調べた結果、バクテリアやアーキアだけでなく、ヒトやトリパノソーマなどの真核生物にも存在していることを明らかにした。さらにヒトでは、ThrDH遺伝子は偽遺伝子となっていることから、ヒトのL-スレオニンの代謝は病原性寄生原虫であるトリパノソーマとは全く異なっていると考えられる。本研究ではトリパノソーマ由来ThrDHの機能と立体構造の解析を通じて、新規な抗トリパノソーマ薬開発の基礎を築くことを目的としている。
トリパノソーマのゲノム情報からThrDH遺伝子のcDNAをオーバーラップオリゴヌクレオチドを使用し、遺伝子を合成した後、pCold TFベクターに挿入し、大腸菌を用いてIPTGによる遺伝子の発現を行った。その結果、SDS-PAGEで予測される分子量にバンドが検出され、His-tagカラムによる精製にも成功した。また、活性染色法による酵素活性の確認を行った結果、NAD依存性ThrDH活性の検出に成功した。今後、本酵素の機能解析及び、立体構造解析を目的とした結晶化、X線回折実験を行う予定である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

平成24年度の研究実施計画通り、トリパノソーマ由来ThrDH遺伝子のクローニング、作成したThrDH遺伝子の大腸菌を用いた発現、酵素の精製及び、酵素の機能解析を行うことができた。

Strategy for Future Research Activity

今後の研究推進方策は平成25年度の研究実施計画通り、トリパノソーマ由来ThrDHの結晶化及び、立体構造解析による基質複合体構造の解明を行う。得られたThrDHの立体構造を基にした阻害剤の探索、及び酵素阻害実験を行う。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

平成24年度は2件の学会で成果発表を行う予定であったが、実際助成金を使用した発表は1件しかできなかったため、繰越金が発生した。
平成25年度の研究費は遺伝子組み換え用試薬類、酵素精製用器具類、タンパク質精製用試薬類、酵素活性測定用試薬類及び、成果発表のための旅費に使用する予定である。特に遺伝子組み換え用試薬、タンパク質精製、酵素活性測定用に使用する試薬は高価であるため、平成24年度の繰越助成金を合わせて使用する予定である。

  • Research Products

    (11 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray analysis of L-serine 3-dehydrogenase complexed with NADP+ from the hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum calidifontis.2013

    • Author(s)
      K.Yoneda
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section F

      Volume: VOL. 69 Pages: 134-136

    • DOI

      doi:10.1107/S1744309112051391

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal Structure of Binary and Ternary Complexes of Archaeal UDP-galactose 4-Epimerase-like L-Threonine Dehydrogenase from Thermoplasma volcanium.2012

    • Author(s)
      K.Yoneda
    • Journal Title

      The Journal of Biological Chemistry

      Volume: VOL. 287 Pages: 12966-12974

    • DOI

      DOI 10.1074/jbc.M111.336958

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of NAD(P)H-dependent carbonyl reductase specifically expressed in thyroidectomized chicken fatty liver.2012

    • Author(s)
      K.Yoneda
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section F

      Volume: VOL. 68 Pages: 1568-1570

    • DOI

      doi:10.1107/S1744309112046453

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal Structure of Novel Dye-linked L-Proline Dehydrogenase from Hyperthermophilic Archaeon Aeropyrum pernix.2012

    • Author(s)
      H. Sakuraba
    • Journal Title

      The Journal of Biological Chemistry

      Volume: VOL. 287 Pages: 20070-20080

    • DOI

      DOI 10.1074/jbc.M111.319038

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of a UDP-glucose dehydrogenase from the hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum islandicum.2012

    • Author(s)
      H. Sakuraba
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section F

      Volume: VOL. 68 Pages: 1003-1007

    • DOI

      doi: 10.1107/S1744309112030667

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] トリパノソーマ由来NAD依存性L-スレオニン脱水素酵素の機能解析

    • Author(s)
      米田一成
    • Organizer
      日本農芸化学会2013年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)
  • [Presentation] ニワトリ脂肪肝で特異的に発現する機能未知タンパク質の機能解析

    • Author(s)
      米田一成
    • Organizer
      日本ビタミン学会第64回大会
    • Place of Presentation
      長良川国際会議場(岐阜県)
  • [Presentation] ニワトリ脂肪肝で特異的に発現するNAD(P)H依存性carbonyl reductaseの機能解析

    • Author(s)
      福田雄大
    • Organizer
      平成24年度日本農芸化学会西日本支部および日本栄養・食糧学会九州・沖縄支部合同大会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(鹿児島県)
  • [Presentation] Crystal structure and application of hyperthermophilic lysine 6-dehydrogenase as an NAD-dependent amine dehydrogenase

    • Author(s)
      T. Ohshima
    • Organizer
      12th Japan-China-Korea Joint Symposium on Enzyme Engineering
    • Place of Presentation
      金沢エクセルホテル東急(石川県)
  • [Presentation] 新規な補酵素NAD(P)依存性L-スレオニン脱水素酵素の機能と構造解析

    • Author(s)
      米田一成
    • Organizer
      第1回佐賀大学総合分析実験センターシンポジウム
    • Place of Presentation
      佐賀大学(佐賀県)
    • Invited
  • [Remarks] 生物化学研究室HP

    • URL

      http://www2.ktokai-u.ac.jp/~nougaku/Bio/yoneda/yoneda.htm

URL: 

Published: 2014-07-24  

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