Epigenome information profiling for molecular basis on seed epigetics

2013 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 24790137
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Environmental pharmacy
• Research Institution: National Institute of Health Sciences
• Principal Investigator: NAKAMURA Kosuke 国立医薬品食品衛生研究所, 代謝生化学部, 主任研究官 (60570926)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2014-03-31
• Keywords: 種子 / 遺伝子導入 / ゲノム / エピジェネティクス

Research Abstract

Genomic DNA and histone modifications, such as methylation, acetylation and phosphorylation, code for epigenetic information which control cellular function such as gene expression and regulation. This information is independent of the nucleic acid sequence, and is transmitted and maintained through cell division and generations. However, the epigenetic dynamisms among plants, especially dry seed to its germinal stage at individual grain level, have not been well characterized. In this study, an experimental model system was developed to analyze pattern of the genomic DNA methylation and histone modifications in genetically modified and wild-type rice. The obtained data were analyzed using multivariable statistical method. For the first time, the epigenetic information profiling showed that the genetically modified seed may differ from the wild-type seed.

Research Products

• [Journal Article] Development of pBT63, a positive control plasmid for qualitative detection of genetically modified rice (2014)
  • Author(s): Minegishi, Y., Mano, J., Takabatake, R., Nakamura, K., Kondo, K., Kato, Y., Kitta, K., Akiyama, H
  • Journal Title: Japanese Journal of Food Chemistry and Safety Volume: 21 Pages: 48-56
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Development of direct real-time PCR system applicable to a wide range of food and agricultural products (2014)
  • Author(s): Mano, J., Hatano, S., Futo, S., Minegishi, Y., Ninomiya, K., Nakamura, K., Kondo, K., Teshima, R., Takabatake, R., Kitta, K
  • Journal Title: Food Hygiene and Safety Science Volume: 55 Pages: 25-33
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification and detection method for genetically modified papaya resistant to papaya ringspot virus strains in Thailand (2014)
  • Author(s): Nakamura, K., Kondo, K., Kobayashi, T., Noguchi, A., Ohmori, K., Takabatake, R., Kitta, K., Akiyama, H., Teshima, R., Nishimaki-Mogami, T
  • Journal Title: Biological & Pharmaceutical Bulletin Volume: 37 Pages: 1-5
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Development of PCR primers designed for sensitive detection of genetically modified potato DNA in processed foods (2013)
  • Author(s): Nakamura, K., Minamitake, Y., Nakamura, K., Kobayashi, T., Noguchi, A., Takabatake, R., Kitta, K., Hashimoto, H., Kawakami, H., Kondo, K., Teshima, R., Akiyama, H
  • Journal Title: Japanese Journal of Food Chemistry and Safety Volume: 20 Pages: 161-169
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Evaluation of real-time PCR detection methods for detecting rice products contaminated by rice genetically modified with a CpTI—KDEL—T-nos transgenic construct (2013)
  • Author(s): Nakamura, K., Akiyama, H., Kawano, N., Kobayashi, T., Yoshimatsu, K., Mano, J., Kitta, K., Ohmori, K., Noguchi, A., Kondo, K., Teshima, R
  • Journal Title: Food Chemistry Volume: 141 Pages: 2619-2624
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Application of a qualitative and quantitative real-time polymerase chain reaction method for detecting genetically modified papaya line 55-1 in papaya products (2013)
  • Author(s): Nakamura, K., Akiyama, H., Takahashi, Y., Kobayashi, T., Noguchi, A., Ohmori, K., Kasahara, M., Kitta, K., Nakazawa, H., Kondo, K., Teshima, R
  • Journal Title: Food Chemistry Volume: 136 Pages: 895-901
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Comparison of DNA extraction methods for sweet corn and processed sweet corns (2013)
  • Author(s): Takabatake, R., Noritake, H., Noguchi, A., Nakamura, K., Kondo, K., Akiyama, H., Teshima, R., Mano, J., Kitta, K
  • Journal Title: Food Hygiene and Safety Science Volume: 54 Pages: 309-315
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Method of detecting genetically modified chicken containing human erythropoietin gene (2013)
  • Author(s): Nakajima, O., Nakamura, K., Kondo, K., Akiyama, H., Teshima, R
  • Journal Title: Biological & Pharmaceutical Bulletin Volume: 36 Pages: 1454-1459
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Interlaboratory validation study of an event-specific real-time polymerase chain reaction detection method for genetically modified 55-1 papaya (2013)
  • Author(s): Noguchi, A., Nakamura, K., Sakata, K., Kobayashi, T., Akiyama, H., Kondo, K., Ohmori, K., Kasahara, M., Takabatake, R., Kitta, K., Teshima, R
  • Journal Title: Journal of AOAC International Volume: 96 Pages: 1054-1058
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A novel DNA extraction and purification method using an ion-exchange resin type kit for the detection of genetically modified papaya in processed papaya products (2013)
  • Author(s): Ohmori, K., Nakamura, K., Kasahara, M., Takabatake, R., Kitta, K., Fujimaki, T., Kondo, K., Teshima, R., Akiyama, H
  • Journal Title: Food Control Volume: 32 Pages: 728-735
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Proficiency testing of unauthorized genetically modified rice using plasmid DNA test samples (2012)
  • Author(s): Kasama, K., Inoue, Y, Akiyama, H., Suzuki, T., Sakata, K., Nakamura, K., Ohshima, Y., Kojima, K., Kondo, K., Teshima, R
  • Journal Title: Japanese Journal of Food Chemistry and Safety Volume: 19 Pages: 215-222
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Quantification and identification of genetically modified maize events in non-identity preserved maize samples in 2009 using an individual kernel detection system (2012)
  • Author(s): Akiyama, H., Minegishi, Y., Makiyama, D., Mano, J., Sakata, K., Nakamura, K., Noguchi, A., Takabatake, R., Futo, S., Kondo, K., Kitta, K., Kato, Y., Teshima, R.
  • Journal Title: Food Hygiene and Safety Science Volume: 53 Pages: 157-165
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Comprehensive GMO detection using real-time PCR array : single-laboratory validation (2012)
  • Author(s): Mano, J., Harada, M., Takabatake, R., Furui, S., Kitta, K., Nakamura K., Akiyama, H., Teshima, R., Noritake, H., Hatano, S., Futo, S., Minegishi, Y., Iizuka T
  • Journal Title: Journal of AOAC International Volume: 95 Pages: 508-516
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 遺伝子組換えに汎用されるウィルスプロモーターのエピジェネティックメチル化修飾パターン解析 (2014)
  • Author(s): 中村公亮、小林友子、近藤一成、最上(西巻)知子
  • Organizer: 日本薬学会第134年会
  • Place of Presentation: 熊本
  • Year and Date: 20140300
• [Presentation] Novel monitoring scheme for authorized GM maize (2013)
  • Author(s): Kitta, K., Kondo, K., Teshima, R., Nakamura, K., Noguchi, A., Takabatake, R., Mano, J
  • Organizer: GMCC-13
  • Place of Presentation: Portugal
  • Year and Date: 20131100
• [Presentation] 安全性未承認遺伝子組換え食品検知法における感度と精度について (2013)
  • Author(s): 近藤一成、坂田こずえ、赤星千絵、黒飛希美、中村公亮、野口秋雄、小林友子、手島玲子
  • Organizer: 第50回全国衛生化学技術協議会年会
  • Place of Presentation: 富山
  • Year and Date: 20131100
• [Presentation] 安全性未承認遺伝子組換えパパイヤ(PRSV-YK)検知法の試験室間共同試験による妥当性確認 (2013)
  • Author(s): 中村公亮、近藤一成、小林友子、野口秋雄、坂田こずえ、大森清美、笠原正輝、高畠令王奈、橘田和美、手島玲子
  • Organizer: 第50回全国衛生化学技術協議会年会
  • Place of Presentation: 富山
  • Year and Date: 20131100
• [Presentation] ダイレクトリアルタイムPCRによる食品分析の可能性検証 (2013)
  • Author(s): 真野潤一、波田野修子、布藤聡、峯岸恭孝、二宮健二、中村公亮、近藤一成、手島玲子、高畠令王奈、橘田和美
  • Organizer: 第106回日本食品衛生学会学術講演会
  • Place of Presentation: 沖縄
  • Year and Date: 20131100
• [Presentation] 2010年度米国産不分別遺伝子組換えトウモロコシ試料中の系統分析 (2013)
  • Author(s): 野口秋雄、坂田こずえ、真野潤一、中村公亮、高畠令王奈、峯岸恭孝、橘田和美、穐山浩、手島玲子、近藤一成、最上(西巻)知子
  • Organizer: 第106回日本食品衛生学会学術講演会
  • Place of Presentation: 沖縄
  • Year and Date: 20131100
• [Presentation] 漂白剤処理されたドライフルーツからの内在性遺伝子の検知について (2013)
  • Author(s): 中村公亮、小林友子、真野潤一、野口秋雄、橘田和美、手島玲子、近藤一成、最上(西巻)知子
  • Organizer: 第106回日本食品衛生学会学術講演会
  • Place of Presentation: 沖縄
  • Year and Date: 20131100
• [Presentation] 熱帯・亜熱帯地域で開発の進む遺伝子組換えパパイヤの加工食品からの検出について (2013)
  • Author(s): 中村公亮、小林友子、野口秋雄、大森清美、高畠令王奈、橘田和美、穐山浩、手島玲子、近藤一成、最上(西巻)知子
  • Organizer: 第106回日本食品衛生学会学術講演会
  • Place of Presentation: 沖縄
  • Year and Date: 20131100
• [Presentation] スタック品種混入粉末試料における遺伝子組換えトウモロコシの定量法開発 (2013)
  • Author(s): 野口秋雄、穐山浩、中村公亮、坂田こずえ、真野潤一、高畠令王奈、峯岸恭孝、布藤聡、橘田和美、近藤一成、手島玲子
  • Organizer: 第50回全国衛生化学技術協議会年会
  • Place of Presentation: 富山
  • Year and Date: 20131100
• [Presentation] シリカモノリスベースによる複雑系穀物マトリックスからDNAの抽出・精製 (2013)
  • Author(s): 東城雄満、西野浩史、中村公亮、近藤一成、深谷崇、大平真義、中西和樹
  • Organizer: 第106回日本食品衛生学会学術講演会
  • Place of Presentation: 沖縄
  • Year and Date: 20131100
• [Presentation] DNAマイクロアレイによるGMOスクリーニング検査法の開発 (2013)
  • Author(s): 伊東篤志、田口朋之、田名網健雄、羽田聖治、中村公亮、近藤一成、穐山浩、手島玲子、佐々木伸大、山口友紀絵、宮原平、山田晃世、小関良宏
  • Organizer: 日本食品化学学会第19回総会・学術大会
  • Place of Presentation: 名古屋
  • Year and Date: 20130800
• [Presentation] 加工食品中の遺伝子組換えジャガイモ由来DNAを高感度に検出するためのPCRプライマー設計について (2013)
  • Author(s): 中村公亮、穐山浩、小林友子、野口秋雄、高畠令王奈、橘田和美、橋本博之、川上浩、近藤一成、手島玲子
  • Organizer: 日本食品化学学会第19回総会・学術大会
  • Place of Presentation: 名古屋
  • Year and Date: 20130800
• [Presentation] コメ加工食品に混入した未承認遺伝子組換えコメ由来の遺伝子コピー数の測定 (2013)
  • Author(s): 中村公亮、穐山浩、河野徳昭、小林友子、吉松嘉代、真野潤一、橘田和美、大森清美、野口秋雄、近藤一成、手島玲子
  • Organizer: 日本食品化学学会第19回総会・学術大会
  • Place of Presentation: 名古屋
  • Year and Date: 20130800
• [Presentation] 遺伝子組換え農産物網羅的検知法の単一試験室による妥当性確認 (2013)
  • Author(s): 真野潤一、原田美央子、波田野修子、布藤聡、峯岸恭孝、則武寛通、飯塚太由、中村公亮、穐山浩、手島玲子、高畠令王奈、古井聡、橘田和美
  • Organizer: 2013年度AOAC International日本セクション年次大会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 20130600
• [Presentation] デジタルPCRを利用した遺伝子組換え農産物の高精度定量 (2013)
  • Author(s): 真野潤一、中村公亮、近藤一成、手島玲子、高畠令王奈、橘田和美
  • Organizer: 日本食品衛生学会第105回大会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 20130500
• [Presentation] Development of a novel heterogeneous and homogeneous gene screening method for detecting unauthorized genetically modified rice in processed rice products (2013)
  • Author(s): Nakamura, K., Kobayashi, T., Nakamura, S., Kondo, K., Teshima, R
  • Organizer: Pharma-nutrition 2013
  • Place of Presentation: Singapore
  • Year and Date: 20130400
• [Presentation] ヒトエリスロポエチン遺伝子を導入された組換えニワトリに由来する肉の検知法について (2013)
  • Author(s): 中島治、中村公亮、近藤一成、穐山浩、手島玲子
  • Organizer: 日本薬学会第133年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 20130300
• [Presentation] Evaluation of real-time PCR detection methods for detecting genetically modified Bt rice lines harboring CpTI—KDEL—T-nos transgenic construct in rice product (2012)
  • Author(s): Nakamura, K., Akiyama, H., Kawano, N., Kobayashi, T., Yoshimatsu, K., Mano, J., Kitta, K., Noguchi, A., Kondo, K., Teshima, R
  • Organizer: 2012 ISNFF-Functional Foods
  • Place of Presentation: Hawaii, USA
  • Year and Date: 20121200
• [Presentation] パパイヤ加工品の遺伝子組換えパパイヤ含有に関する総合的評価法 (2012)
  • Author(s): 中村公亮、穐山浩、野口秋雄、小林友子、坂田こずえ、近藤一成、大森清美、笠原正輝、高畠令王奈、橘田和美、手島玲子
  • Organizer: 第49回全国衛生化学技術協議会年会
  • Place of Presentation: 香川
  • Year and Date: 20121100
• [Presentation] 遺伝子組換えパパイヤ55-1系統特異的検知法の妥当性評価 (2012)
  • Author(s): 野口秋雄、中村公亮、坂田こずえ、小林友子、大森清美、笠原正輝、高畠令王奈、橘田和美、穐山浩、近藤一成、手島玲子
  • Organizer: 第49回全国衛生化学技術協議会年会
  • Place of Presentation: 香川
  • Year and Date: 20121100
• [Presentation] Applicability of Qualitative and Quantitative Real-time Polymerase Chain Reaction Method for Detecting Genetically Modified Papaya Line 55-1 to Papaya Products (2012)
  • Author(s): Nakamura, K., Akiyama, H., Kobayashi, T., Noguchi, A., Ohmori, K., Kasahara, M., Kitta, K., Kondo, K., Teshima, R
  • Organizer: 126th AOAC Annual Meeting & Exposition, Las Vegas
  • Place of Presentation: USA
  • Year and Date: 20121000
• [Presentation] スタック品種混入粉末試料における遺伝子組換えトウモロコシの定量法開発(第二報) (2012)
  • Author(s): 野口秋雄、穐山浩、中村公亮、坂田こずえ、真野潤一、高畠令王奈、峯岸恭孝、布藤聡、橘田和美、近藤一成、手島玲子
  • Organizer: 第104回日本食品衛生学会学術講演会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 20120900
• [Presentation] 遺伝子組換えコメ検知法に用いる内在性遺伝子の比較検討 (2012)
  • Author(s): 小林友子、中村公亮、近藤一成、野口秋雄、小櫃冴未、峰岸恭孝、真野潤一、高畠令王奈、橘田和美、手島玲子
  • Organizer: 第104回日本食品衛生学会学術講演会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 20120900
• [Presentation] 遺伝子組換え表示対象のジャガイモ加工食品から抽出されるジャガイモDNAの断片長について (2012)
  • Author(s): 中村公亮、南竹優美、近藤一成、野口秋雄、小櫃冴未、真野潤一、高畠令王奈、橘田和美、穐山浩、川上浩、手島玲子
  • Organizer: 第104回日本食品衛生学会学術講演会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 20120900
• [Presentation] 遺伝子組換えトウモロコシグループテスティング法におけるグループ作成法及び系統判別試験法の確立 (2012)
  • Author(s): 真野潤一、高島かおり、峯岸恭孝、二宮健二、布藤聡、野口秋雄、中村公亮、近藤一成、穐山浩、手島玲子、高畠令王奈、橘田和美
  • Organizer: 第104回日本食品衛生学会学術講演会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 20120900
• [Presentation] プロリンリッチプロテイン遺伝子を標的としたコムギ内在性遺伝子検出系の開発とリアルタイムPCRアレイ法への適用 (2012)
  • Author(s): 西辻泰之、菊池洋介、真野潤一、福留真一、遠藤繁、林田拓也、川上裕之、栗本洋一、野口秋雄、中村公亮、近藤一成、穐山浩、手島玲子、高畠令王奈、橘田和美
  • Organizer: 第104回日本食品衛生学会学術講演会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 20120900
• [Presentation] 日欧で検出された安全性未審査遺伝子組換えコメ(Kefeng系統)混入に関する検知技術の開発について(第2報) (2012)
  • Author(s): 中村公亮、穐山浩、河野徳昭、吉松嘉代、野口秋雄、近藤一成、真野潤一、橘田和美、手島玲子
  • Organizer: 日本食品化学学会第18回総会・学術大会
  • Place of Presentation: 函館
  • Year and Date: 20120600
• [Presentation] 加工品を含む複数のスイートコーン試料からのDNA抽出法の検討 (2012)
  • Author(s): 高畠令王奈、則武寛通、野口秋雄、中村公亮、近藤一成、穐山浩、手島玲子、真野潤一、橘田和美
  • Organizer: 日本食品化学学会第18回総会・学術大会
  • Place of Presentation: 函館
  • Year and Date: 20120600