インフォマティクスを活用した血中タンパク質・ペプチドリストよりの疾患マーカー探索

2013 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 24790548
• Research Institution: Chiba University
• Principal Investigator: 西村 基 千葉大学, 医学部附属病院, 助教 (80400969)
• Keywords: 国際情報交換

Research Abstract

「インフォマティクスを活用した血中タンパク質・ペプチドリストよりの疾患マーカー探索」を目標にターゲット疾患の選定・検体収集と、目標を達成するための基盤技術の構築を引き続き行っている。
基盤技術に関しては血中ApolipoproteinE(ApoE)をターゲットに、遺伝子の情報なしに質量分析計を用いたプロテオミクス技術によりほぼ全長を数ulの微量血清よりアミノ酸レベルで質量分析計を用いることにより再シーケンスできること、これを応用することにより、アルツハイマー型認知症（ＡＤ）の最大のリスク要因であるApoE4アイソフォーム含めApoEのタイピング（各アイソフォームのホモ/ヘテロ検出）・半定量を行うことを確立し英文査読誌に公表した(PLoS ONE 9(1): e85356. doi:10.1371/journal.pone.0085356)。ＡＤの例のように検査対象たんぱく質のタイピングが臨床的意義を持つ例はしばしばあり、このような応用の可能性を示したものである。
このApoEのタイピング報告には、公表後すぐに世界的な質量分析計メーカーの運営する先端研究紹介サイトに紹介されるなど（http://acceleratingscience.com/proteomics/assessing-risk-for-alzheimers-and-dyslipidemia-with-apoe-serotyping/；　申請者と利益相反の関係はない）多少の反響があった。未発表データも含めると抗体と質量分析を組み合わせることにより、任意に近い血中タンパク・ペプチドの検出同定・半定量が可能になったと考える。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ターゲット疾患の選定・検体収集としては、ApoEの例では疾患としてはＡＤ・高脂血症その他のApoE異常症となる。これらは、いわゆる生活習慣病とかなり重複しており、ターゲット検体として一般的なボランティア検体を用いて、ApoEに関する研究は行った。
本課題では新規疾患マーカー探索を念頭に置いているため、さらにターゲット疾患・検体を広げていきたい。

Strategy for Future Research Activity

当初は疾患マーカーの量的な測定のみを念頭に置いていたがApoE研究を通じ、その質（どのようなタイプのマーカーが存在するか）についても注目度が高いことを感じるようになった。質量分析による精密質量測定は、定量だけではなくそのような定性的な検出にも強みがあり、そのような方向からも臨床的に有用な疾患マーカーの掘り起こしを図りたい。申請者は日本人類遺伝学会等の認定する臨床遺伝専門医でもあり、タンパク質のタイプ別の原因となるgenotypeのvarietyについてはむしろ専門であり、量・質の面から推進をしていくように考えている。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

4,447円の次年度使用額が生じているが、これは試薬がわずかに安価で納入されたためである。
次年度で消尽する。具体的には、試薬等に充てる。

Research Products

• [Journal Article] Human apolipoprotein e resequencing by proteomic analysis and its application to serotyping. (2014)
  • Author(s): Nishimura M, Satoh M, Nishimura S, Kakinuma S, Sato K, Sawai S, Tsuchida S, Kazama T, Matsushita K, Kado S, Kodera Y, Nomura F.
  • Journal Title: PLoS One. Volume: 9 Pages: e85356
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0085356
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Application of proteomic technologies to discover and identify biomarkers for periodontal diseases in gingival crevicular fluid: A review (2014)
  • Author(s): Tsuchida S, Satoh M, Sogawa K, Kawashima Y, Kado S, Ishige T, Beppu M, Sawai S, Nishimura M, Kodera Y, Matsushita K, Nomura F.
  • Journal Title: PROTEOMICS - Clinical Applications Special Issue: Proteomics and the Eye Volume: 8 Pages: 232-240
  • DOI: 10.1002/prca.201300122
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The FLS (Fatty liver Shionogi) mouse reveals local expressions of lipocalin-2, CXCL1 and CXCL9 in the liver with non-alcoholic steatohepatitis. (2013)
  • Author(s): Semba T, Nishimura M, Nishimura S, Ohara O, Ishige T, Ohno S, Nonaka K, Sogawa K, Satoh M, Sawai S, Matsushita K, Imazeki F, Yokosuka O, Nomura F.
  • Journal Title: BMC Gastroenterol. Volume: 13 Pages: 120
  • DOI: 10.1186/1471-230X-13-120.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Application of quantitative proteomic analysis using tandem mass tags for discovery and identification of novel biomarkers in periodontal disease. (2013)
  • Author(s): Tsuchida S, Satoh M, Kawashima Y, Sogawa K, Kado S, Sawai S, Nishimura M, Ogita M, Takeuchi Y, Kobyashi H, Aoki A, Kodera Y, Matsushita K, Izumi Y, Nomura F.
  • Journal Title: Proteomics. Volume: 13 Pages: 2339-2350
  • DOI: 10.1002/pmic.201200510.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Serum fibrinogen alpha C-chain 5.9 kDa fragment (FIC 5.9) as a biomarker for early detection of hepatic fibrosis related to hepatitis C virus. (2013)
  • Author(s): Sogawa K, Noda K, Umemura H, Seimiya M, Kuga T, Tomonaga T, Nishimura M, Kanai F, Imazeki F, Takizawa H, Yoneda M, Nakajima A, Tsutsumi M, Yokosuka O, Nomura F.
  • Journal Title: Proteomics Clin Appl. Volume: 7 Pages: 424-431
  • DOI: 10.1002/prca.201200094.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Preanalytical evaluation of serum 25-hydroxyvitamin D3 and 25-hydroxyvitamin D2 measurements using LC-MS/MS. (2013)
  • Author(s): Mochizuki A, Kodera Y, Saito T, Sato M, Sogawa K, Nishimura M, Seimiya M, Kubota M, Nomura F.
  • Journal Title: Clin Chim Acta. Volume: 420 Pages: 114-120.
  • DOI: DOI: 10.1016/j.cca.2012.10.041.
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 球脊髄性筋萎縮症における遺伝カウンセリング (2013)
  • Author(s): 別府美奈子、澤井摂、宇津野恵美、新川裕美、葛田衣重、西村基、松下一之、羽田明、桑原聡、野村文夫
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第58回大会
  • Place of Presentation: 仙台市 江陽グランドホテル
  • Year and Date: 20131120-20131123
• [Presentation] 「検査室におけるソフトイオン化質量分析法の役割と方向性」 (2013)
  • Author(s): 西村 基、野村文夫
  • Organizer: 第60回日本臨床検査医学会学術集会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場
  • Year and Date: 20131031-20131103
  • Invited
• [Presentation] 「千葉大学病院におけるリンチ症候群に対するMSI(microsatellite instability)検査の立ち上げについて」 (2013)
  • Author(s): 松下一之、佐藤謙一、石毛崇之、北村浩一、澤井摂、西村基、糸賀栄、野村文夫
  • Organizer: 第60回日本臨床検査医学会学術集会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場
  • Year and Date: 20131031-20131103
• [Presentation] 「LC-MS/MSによる25OH-ビタミンDおよび1,25(OH)2-ビタミンD測定における誘導体化の有用性の検討」 (2013)
  • Author(s): 石毛崇之、佐藤守、西村基、斉藤達也、土田祥央、澤井摂、松下一之、小寺義男、野村文夫
  • Organizer: 日本臨床検査自動化学会第45回大会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 20131010-20131012
• [Presentation] 「細菌検査における MALDI-TOF MS を用いた Nocardia 属の同定について」 (2013)
  • Author(s): 瀬川俊介、西村 基、曽川一幸、村田正太、斉藤知子、宮部安規子、佐海知子、上原麻美、渡邊正治、亀井克彦、野村文夫
  • Organizer: 第38回日本医用マススペクトル学会年会
  • Place of Presentation: 神戸市産業振興センター
  • Year and Date: 20130926-20130927
• [Presentation] 「PTAD 誘導体化を用いた LC-MS/MS による 25OH-ビタミン D および 1,25(OH) 2-ビタミンD測定」 (2013)
  • Author(s): 石毛崇之、佐藤 守、西村 基，斉藤達也、土田祥央、澤井 摂、松下一之、小寺義男、野村文夫
  • Organizer: 第38回日本医用マススペクトル学会年会
  • Place of Presentation: 神戸市産業振興センター
  • Year and Date: 20130926-20130927
• [Presentation] 「歯周病患者マーカー探索と病態解析における質量分析技術の有用性」 (2013)
  • Author(s): 土田祥央、佐藤 守、曽川一幸、川島祐介、荷堂清香、荻田真弓、竹内康雄、小林宏明、青木 章、澤井 摂、西村 基、小寺義男、松下一之、和泉雄一、野村文夫
  • Organizer: 第38回日本医用マススペクトル学会年会
  • Place of Presentation: 神戸市産業振興センター
  • Year and Date: 20130926-20130927
• [Presentation] Serum Fibrinogen Alpha C-chain 5.9kDa Fragment (FIC5.9) as a Biomarkerfor Early Detectionof Hepatic Fibrosis Relatedto Hepatitis C Virus (2013)
  • Author(s): Wataru Kikuchi, Kenta Noda, KazuyukiSogawa, MotoiNishimura, Hideki Ishihara, Fumio Nomura.
  • Organizer: the 12th Human Proteome Organization Congress
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 20130914-20130918
• [Presentation] Applicationof Quantitative Proteomic Analysis Using Tandem Mass Tagsfor Discoveryand Identificationof Novel Biomarkersin Periodontal Disease (2013)
  • Author(s): Sachio Tsuchida , Mamoru Satoh, Yusuke Kawashima, Kazuyuki Sogawa, Sayaka Kado, Setsu Sawai, Motoi Nishimura, Mayumi Ogita, Yasuo Takeuchi , Hiroaki Kobyashi, Akira Aoki, Yoshio Kodera, Kazuyuki Matsushita, Yuichi Izumi, Fumio Nomura.
  • Organizer: the 12th Human Proteome Organization Congress
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 20130914-20130918
• [Presentation] 「BRCA1変異陽性HBOCに対してリスク低減予防的両側卵巣卵管全摘出術を施行し卵管漿液性上皮内腺癌(STIC)を認めた一例」 (2013)
  • Author(s): 松下一之, 宇津野恵美, 石川博士, 糸賀栄, 長田久夫, 長嶋健, 西村基, 澤井摂, 別府美奈子, 楯真一, 清川貴子, 高橋葉子, 太田聡, 中谷行雄, 生水真紀夫, 野村文夫
  • Organizer: 第37回日本遺伝カウンセリング学会学術集会
  • Place of Presentation: 川崎市産業振興会館
  • Year and Date: 20130620-20130623
• [Presentation] 「特徴的な臨床症状・画像所見がみられたアレキサンダー病の1例」 (2013)
  • Author(s): 別府美奈子, 澤井摂, 宇津野恵美, 葛田衣重, 西村基, 松下一之, 桑原聡, 野村文夫
  • Organizer: 第37回日本遺伝カウンセリング学会学術集会
  • Place of Presentation: 川崎市産業振興会館
  • Year and Date: 20130620-20130623
• [Presentation] 「千葉大学病院における遺伝カウンセリングロールプレイ実習」 (2013)
  • Author(s): 野村文夫, 澤井摂, 宇津野恵美, 長田久夫, 松下一之, 西村基, 別府美奈子, 高木敦子, 柿沼宏明, 増田健太郎, 都甲明子, 羽田明
  • Organizer: 第37回日本遺伝カウンセリング学会学術集会
  • Place of Presentation: 川崎市産業振興会館
  • Year and Date: 20130620-20130623